第一条 独立行政法人農畜産業振興機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項の主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（同条第一項ただし書又は第二項ただし書に規定する場合にあっては、当該財産の処分に関する計画についての通則法第三十条第一項の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他農林水産大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 機構に係る通則法第十九条第四項の規定による監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 機構に係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、独立行政法人農畜産業振興機構法（平成十四年法律第百二十六号。以下「機構法」という。）の規定に基づき農林水産大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）第四条 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 機構法第十条第一号の業務及びこれに附帯する業務に関する次の事項 イ 肉用牛及び肉豚についての交付金の交付に関する事項
ロ 機構法第十条第一号イの業務に附帯して行う畜産経営の安定に関する法律（昭和三十六年法律第百八十三号。第二号ロにおいて「畜産経営安定法」という。）第三条第一項第一号ロに規定する支払に関する事項
ハ 加工原料乳についての生産者補給交付金及び生産者補給金並びに集送乳調整金の交付に関する事項
ニ 指定乳製品等の輸入に関する事項
ホ ニの業務に係る指定乳製品等の買入れ、交換及び売渡しに関する事項
ヘ ホの業務に伴う指定乳製品等の保管に関する事項
ト 機構以外の者の輸入に係る指定乳製品等の買入れ及び売戻しに関する事項
二 機構法第十条第二号及びこれに附帯する業務に関する次の事項 イ 機構法第十条第二号の規定による補助に関する事項
ロ 機構法第十条第二号の業務に附帯して行う独立行政法人農畜産業振興機構法施行規則（平成十五年農林水産省令第百三号。以下「機構法施行規則」という。）第一条第五号に規定する肉用牛の生産の合理化のための事業、同条第十三号に規定する加工原料乳（畜産経営安定法第二条第二項に規定する加工原料乳をいう。）の取引価格の変動により生ずる損失を利用者の積立金により補塡する事業及び同条第二十一号に規定する豚肉の取引価格又は生産費の変動により生ずる損失の補塡を受けるために機構に資金を拠出する事業に必要な資金の交付であって、政府以外の者から拠出された資金を財源として行うものに関する事項
三 機構法第十条第三号の業務に関する次の事項 イ 野菜生産出荷安定法（昭和四十一年法律第百三号）第十条第一項の登録に関する事項
ロ 生産者補給交付金及び生産者補給金の交付に関する事項
ハ 機構法第十条第三号ロの規定による交付金の交付に関する事項
ニ 第十二条第二項の規定による負担金の徴収に関する事項
ホ 機構法第十条第三号ハの規定による補助に関する事項
四 機構法第十条第四号及びこれに附帯する業務に関する次の事項 イ 機構法第十条第四号の規定による補助に関する事項
ロ 機構法第十条第四号の業務に附帯して行う機構法施行規則第二条第二号に規定する野菜の需給の調整に関する事業に必要な資金の交付であって、政府以外の者から拠出された資金を財源として行うものに関する事項
五 機構法第十条第五号の業務に関する次の事項 イ 輸入に係る指定糖の買入れ及び売戻しに関する事項
ロ 異性化糖等の買入れ及び売戻しに関する事項
ハ 輸入加糖調製品の買入れ及び売戻しに関する事項
ニ 甘味資源作物交付金及び国内産糖交付金の交付に関する事項
ホ 輸入に係る指定でん粉等の買入れ及び売戻しに関する事項
ヘ でん粉原料用いも交付金及び国内産いもでん粉交付金の交付に関する事項
六 機構法第十条第六号の規定による畜産物、野菜、砂糖及びその原料作物並びにでん粉及びその原料作物の生産及び流通に関する情報の収集、整理及び提供に関する事項
七 機構法附則第六条第一項の規定による補助に関する事項
八 機構法附則第八条の株式又は持分の管理及び処分に関する事項
九 業務委託の基準
十 競争入札その他契約に関する基本的事項
十一 その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中期計画の認可の申請）第五条 機構は、通則法第三十条第一項の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、中期計画を記載した申請書を、当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、農林水産大臣に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。 （中期計画に定めるべき業務運営に関する事項）第六条 機構に係る通則法第三十条第二項第八号の主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 職員の人事に関する計画（人員及び人件費の効率化に関する目標を含む。）
三 積立金の処分に関する事項
四 その他当該中期目標を達成するために必要な事項
（年度計画に定めるべき事項等）第七条 年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を定めなければならない。
２ 機構は、通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第八条 機構に係る通則法第三十二条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構に係る通則法第三十二条第二項の規定による公表は、同項の規定による報告書の提出後、速やかに、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。 （企業会計原則）第九条 機構の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （区分経理等）第十条 機構は、機構法第十二条第一項に規定する勘定として、同項第一号の業務に係る経理については畜産勘定を、同項第二号の業務に係る経理については補給金等勘定を、同項第三号の業務に係る経理については野菜勘定を、同項第四号の業務に係る経理については砂糖勘定を、同項第五号の業務に係る経理についてはでん粉勘定を設けなければならない。
２ 機構は、畜産勘定においては次条第一項の畜産業振興資金の増減に関する経理を、野菜勘定においては第十二条第一項の野菜生産出荷安定資金の増減に関する経理を、砂糖勘定においては砂糖及びでん粉の価格調整に関する法律（昭和四十年法律第百九号）第十一条第一項又は第二項の規定による売渡し及び同法第十四条第一項の規定による売戻しに係る異性化糖等についての当該売渡しの対価と当該売戻しの対価との差額の合計額、同法第十八条の二第一項の規定による売渡し及び同法第十八条の五第一項の規定による売戻しに係る輸入加糖調製品についての当該売渡しの対価と当該売戻しの対価との差額並びに附則第二条第一項の砂糖生産振興資金の増減に関する経理をそれぞれ整理しなければならない。 ３ 機構は、機構法第十二条第一項の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、農林水産大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。 （畜産業振興資金等）第十一条 機構は、畜産勘定に畜産業振興資金を置くものとする。
２ 機構は、機構法第十条第一号イ及び第二号の業務（これらに附帯する業務を含む。第四項において同じ。）に必要な経費の財源に充てるために通則法第四十六条第一項の規定により政府から交付された金額及び機構法第十二条第二項の規定により繰り入れた金額並びに及び第四条第一号ロの支払及び同条第二号ロの交付に必要な経費の財源に充てるために政府以外の者から拠出された金額を畜産業振興資金に充てるものとする。 ３ 畜産業振興資金の運用によって生じた利子その他当該資金の運用又は使用に伴い生ずる収入は、畜産業振興資金に充てるものとする。 ４ 畜産業振興資金は、通則法第四十六条の二の規定により国庫に納付する場合及び通則法第四十七条の規定により運用する場合のほか、機構法第十条第一号イ及び第二号の業務に必要な経費に充てる場合に限り、使用することができる。 ５ 機構は、翌事業年度における肉用子牛生産安定等特別措置法（昭和六十三年法律第九十八号。以下この条において「特別措置法」という。）第三条第一項に規定する業務又は機構法第十条第一号ロからヘまでに規定する業務の財源に不足を生ずる場合には、特別措置法第十四条第二項に規定する資金の運用によって生じた利子その他当該資金の運用又は使用に伴い生ずる収入の額又は見込額の全部又は一部を、当該不足に相当する額として農林水産大臣が定める額を限度として、特別措置法第十六条第二項の規定による繰入れに必要な経費の財源に充てるための引当金として積み立てるものとする。 ６ 機構は、特別措置法第十四条第二項に規定する資金の運用によって生じた利子その他当該資金の運用又は使用に伴い生ずる収入の額又は見込額から前項に規定する引当金の金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を畜産業振興資金に充てるものとする。 （野菜生産出荷安定資金等）第十二条 機構は、野菜勘定に野菜生産出荷安定資金を置くものとする。
２ 機構は、機構法第十条第三号イの生産者補給交付金若しくは生産者補給金又は同号ロの交付金（以下「生産者補給交付金等」という。）の交付に充てるために野菜生産出荷安定法第十条第一項の登録出荷団体（以下この項において「登録出荷団体」という。）又は同項の登録生産者（以下この項において「登録生産者」という。）から徴収した負担金並びに登録出荷団体及び登録生産者以外の者から生産者補給交付金等の交付に充てることを条件として交付された金銭並びに機構法第十条第三号ハ及び第四号の業務（これらの業務に附帯する業務を含む。）に必要な経費の財源に充てるために通則法第四十六条第一項の規定により政府から交付された金額並びに第四条第四号ロの交付に必要な経費の財源に充てるために政府以外の者から拠出された金額を野菜生産出荷安定資金に充てるものとする。 ３ 野菜生産出荷安定資金の運用によって生じた利子その他野菜生産出荷安定資金の運用又は使用に伴い生ずる収入は、人件費、事務費その他の業務費に充てるほか、野菜生産出荷安定資金に充てることができる。 ４ 野菜生産出荷安定資金は、通則法第四十六条の二の規定により国庫に納付する場合及び通則法第四十七条の規定により運用する場合のほか、生産者補給交付金等の交付に必要な経費に充てる場合並びに機構法第十条第三号ハ及び第四号の規定による補助金の交付に必要な経費に充てる場合並びに第四条第四号ロの交付に必要な経費に充てる場合に限り、使用することができる。 （償却資産の指定等）第十三条 農林水産大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十四条 農林水産大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十五条 農林水産大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）第十六条 機構に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）第十七条 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表（通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）第十八条 機構に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）第十九条 機構に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）第二十条 機構に係る通則法第三十九条第一項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第二十一条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）第二十二条 機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第二十三条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）第二十四条 機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第二項の農林水産省令で定める書類は、同条第一項に規定する期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該事業年度の損益計算書とする。
（内部組織）第二十五条 機構に係る通則法第五十条の六第一号の主務省令で定める内部組織は、現に存する理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第二十六条 機構に係る通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十五年十月一日から施行する。 ただし、附則第五条及び第六条の規定は、公布の日から施行する。
（砂糖生産振興資金）
第二条 機構は、当分の間、機構法附則第六条第二項の規定により読み替えて適用される機構法第十二条第三号の業務に係る勘定に、砂糖生産振興資金を置くものとする。 砂糖生産振興資金の運用によって生じた利子その他当該資金の運用又は使用に伴い生ずる収入は、砂糖生産振興資金に充てるものとする。 砂糖生産振興資金は、通則法第四十六条の二の規定により国庫に納付する場合及び通則法第四十七条の規定により運用する場合のほか、機構法第十二条第三号の業務に係る勘定において前事業年度から繰り越された損失がある場合にその補てんに充てる場合に限り、使用することができる。
（債務保証勘定に係る読替え）
第三条 機構法附則第七条第一項の規定により機構が同項に規定する業務を行う場合には、第十条第三項中「機構法第十二条」とあるのは「機構法第十二条及び機構法附則第七条第二項」とする。
（野菜供給安定基金の財務及び会計に関する省令等の廃止）
第四条 次に掲げる省令は、廃止する。
（経過措置）
第五条 機構法附則第三条第一項の規定により機構が農畜産業振興事業団（以下「事業団」という。）の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構法附則第九条の規定による廃止前の農畜産業振興事業団法（平成八年法律第五十三号。以下「旧事業団法」という。）第三十八条第一項の資金として管理されている金額は、第十条第一項の畜産業振興資金として管理するものとする。 機構法附則第三条第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧事業団法第三十九条第一項の蚕糸業振興資金として管理されている金額は、第十二条第一項の蚕糸業振興資金として管理するものとする。 機構法附則第三条第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、旧事業団法附則第十三条第一項の砂糖生産振興資金として管理されている金額は、附則第二条第一項の砂糖生産振興資金として管理するものとする。 機構法附則第四条第一項の規定により機構が野菜供給安定基金の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構法附則第十一条の規定による改正前の野菜生産出荷安定法第十九条の資金として管理されている金額は、第十一条第一項の野菜生産出荷安定資金として管理するものとする。
第六条 機構の設立の際機構法附則第三条第六項の規定により政府から出資があったものとされる資産のうち旧事業団法第三十一条第一項第四号の業務に係る勘定に属する償却資産については、第十三条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
附則（平成一八年九月二八日農林水産省令第七九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十九年四月一日から施行する。 ただし、第一条の規定は、平成十八年十月一日から施行する。
附則（平成一八年一二月一五日農林水産省令第九二号）
この省令は、平成十九年四月一日から施行する。 ただし、第二条の規定は、公布の日から施行する。附則（平成二〇年四月一一日農林水産省令第三一号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二〇年八月一日農林水産省令第五三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二二年五月一四日農林水産省令第三九号）
この省令は、公布の日から施行し、改正後の独立行政法人農畜産業振興機構法施行規則第二条並びに独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令第一条第二号及び第四号並びに第十条第二項及び第四項の規定は、平成二十二年度の事業年度から適用する。附則（平成二二年一一月二六日農林水産省令第五八号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二三年三月三一日農林水産省令第一四号）
この省令は、平成二十三年四月一日から施行する。附則（平成二五年四月一日農林水産省令第二八号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二七年三月二七日農林水産省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第二条 独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（次条において「新省令」という。）第八条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第二十九条第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第二十九条第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
（事業報告書の作成に関する経過措置）
第三条 新省令第十七条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二八年四月一日農林水産省令第二九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（野菜農業振興資金の廃止に伴う経過措置）
第二条 独立行政法人農畜産業振興機構は、この省令の施行の日において、この省令による改正前の独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十二条第一項の野菜農業振興資金を廃止するものとし、その廃止の際当該野菜農業振興資金に属する資産及び負債については、この省令による改正後の独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十二条第一項の野菜生産出荷安定資金に帰属させるものとする。
附則（平成二九年一月二五日農林水産省令第五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、環太平洋パートナーシップ協定の締結及び環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定の締結に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十八年法律第百八号）の施行の日から施行する。
附則（平成二九年一月二五日農林水産省令第六号）
この省令は、環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定が日本国について効力を生ずる日から施行する。 ただし、附則第二項の規定は、環太平洋パートナーシップ協定が日本について効力を生ずる日の前日から施行する。 環太平洋パートナーシップ協定が日本国について効力を生ずる日が環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定が日本国について効力を生ずる日前となる場合には、第一条のうち砂糖及びでん粉の価格調整に関する法律施行規則第二条の改正規定及び附則第一項中「環太平洋パートナーシップに関する包括的及び先進的な協定」とあるのは、「環太平洋パートナーシップ協定」とする。附則（平成二九年一〇月二七日農林水産省令第六一号）
この省令は、平成三十年四月一日から施行する。附則（平成三〇年三月二六日農林水産省令第一三号）
この省令は、平成三十年三月三十一日から施行する。附則（平成三〇年七月二三日農林水産省令第四七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成三〇年七月二三日農林水産省令第四九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成三一年三月二九日農林水産省令第二五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。