第一条 国立研究開発法人科学技術振興機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項又は第四十六条の三第一項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他文部科学大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 機構の子法人（通則法第十九条第七項に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 前二号に掲げる者のほか、監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、国立研究開発法人科学技術振興機構法（平成十四年法律第百五十八号。以下「機構法」という。）、国立研究開発法人科学技術振興機構法施行令（平成十五年政令第四百三十九号。第四十条において「令」という。）及びこの省令の規定に基づき文部科学大臣に提出する書類とする。
（業務方法書に記載すべき事項）第四条 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 機構法第二十三条第一項第一号に規定する基礎研究及び基盤的研究開発に関する事項
二 機構法第二十三条第一項第二号に規定する企業化開発に関する事項
三 機構法第二十三条第一項第三号に規定する成果の普及及び成果の活用の促進に関する事項
四 機構法第二十三条第一項第四号に規定する企業化開発のあっせんに関する事項
五 機構法第二十三条第一項第五号に規定する国立大学寄託金の運用に関する事項
六 機構法第二十三条第一項第六号に規定する大学に対する研究環境の整備充実等に関する助成に関する事項
七 機構法第二十三条第一項第七号に規定する科学技術情報の収集、整理、保管、提供及び閲覧に関する事項
八 機構法第二十三条第一項第八号に規定する研究者の交流の促進及び研究開発を共同して行うことについてのあっせんに関する事項
九 機構法第二十三条第一項第九号に規定する人的及び技術的援助並びに資材及び設備の提供に関する事項
十 機構法第二十三条第一項第十号に規定する知識の普及並びに国民の関心及び理解の増進に関する事項
十一 機構法第二十三条第一項第十一号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項
十二 機構法第二十三条第一項第十二号に規定する附帯業務に関する事項
十三 機構法第二十三条第二項に規定する業務に関する事項
十四 業務委託の基準
十五 競争入札その他契約に関する基本的事項
十六 その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可申請）第五条 機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中長期計画については、機構の成立後遅滞なく）、文部科学大臣に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。 （中長期計画に定める業務運営に関する事項）第六条 機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 人事に関する計画
三 中長期目標の期間を超える債務負担
四 積立金の使途
（業務実績等報告書）第七条 機構に係る通則法第三十五条の六第三項に規定する報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構は、前項に規定する報告書を文部科学大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）第八条 機構に係る通則法第三十五条の六第四項に規定する報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ 当該期間における業務運営の状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。 イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
第九条 機構に係る通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項に規定する年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を文部科学大臣に提出しなければならない。 （会計の原則）第十条 機構の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第二十一条第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （会計処理）第十一条 文部科学大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （開発委託金又は開発委託金回収債権に係る会計処理の特例）第十二条 文部科学大臣は、機構が政府からの出資金により取得しようとしている開発委託金又は開発委託金回収債権について、それぞれの取得までの間に限り、当該開発委託金又は開発委託金回収債権を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた開発委託金又は開発委託金回収債権から生ずる費用に相当する額については、費用は計上せず、当該費用に相当する額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 ３ 運営費交付金を財源として取得した開発委託金又は開発委託金回収債権については、当該開発委託金を取得した時点においては、その取得に要した金額に相当する額を資産見返運営費交付金として計上するものとし、当該開発委託金又は開発委託金回収債権の償却に要する費用が発生した時点においては、当該費用に相当する額を資産見返運営費交付金戻入として収益に振り替え、当該開発委託金の返還又は当該開発委託金回収債権の償還を受けた時点においては、資産見返運営費交付金を運営費交付金債務に振り替えるものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない承継資産）第十三条 文部科学大臣は、機構が承継する開発委託金、開発委託金回収債権並びに敷金及び保証金（以下「開発委託金等」という。）について当該開発委託金等から生ずる費用に相当する額（以下「費用相当額」という。）に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その承継までの間に限り、当該開発委託金等を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた開発委託金等に係る費用相当額については、費用は計上せず、費用相当額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十四条 文部科学大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（助成勘定に係る会計処理の特例）第十五条 文部科学大臣が機構法第二十三条第一項第六号及び同条第二項の規定による大学に対する助成（以下この条において「大学助成」という。）に充てる金額を定めた場合には、助成勘定における通則法第四十四条第三項の規定により主務大臣の承認を受けた金額又は機構法第三十二条第三項に規定する文部科学大臣の承認を受けた金額（以下この項及び次項において「目的積立金」という。）から大学助成に充てる金額（目的積立金が大学助成に充てる金額に満たない場合は目的積立金の全額）を貸借対照表の負債の部に振り替えるものとする。
２ 助成勘定における目的積立金のうち、将来の費用の発生に備えるため又は将来の欠損金の補てんに充てるための金額は、前項の規定にかかわらず、目的積立金の承認を受けたときに、当該金額を資本剰余金に振り替えるものとする。 ３ 第一項の規定により貸借対照表の負債の部に振り替えた金額（次項において「大学助成費債務」という。）は、大学助成に充てるための費用が発生した時点において当該費用に相当する額を大学助成費収益として収益に振り替えるものとする。 ４ 大学助成に充てるための費用が発生した場合に、大学助成費債務が不足するときは、第二項の規定により資本剰余金に振り替えた金額（次項において「大学助成等準備金」という。）の範囲内で当該不足金額の全部又は一部を大学助成費債務に振り替え、その費用に充てることができる。 ５ 前項のほか、助成勘定における通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同項の規定による繰越欠損金がある場合には、大学助成等準備金の全部又は一部を取り崩して補てんすることができる。 （譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十六条 文部科学大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項又は第四十六条の三第三項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（財務諸表）第十七条 機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）第十八条 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第十九条 機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類）第二十条 機構に係る通則法第三十八条第四項の主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）第二十一条 通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人
三 前二号に掲げる者のほか、会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付する必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第二十二条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 借入れ又は借換えを必要とする理由
二 借入れ又は借換えの額
三 借入先又は借換先
四 借入れ又は借換えの利率
五 償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）第二十三条 機構は、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 不要財産であると認められる理由
三 当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四 当該不要財産の取得に係る出資の内容（通則法第四十六条の三に規定する出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合）
五 催告の内容
六 当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七 通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八 前号の場合における譲渡の方法
九 第七号の場合における譲渡の予定時期
十 その他必要な事項
２ 文部科学大臣は、前項の申請に係る払戻しの方法が通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第一項の認可をしたときは、次に掲げる事項を機構に通知するものとする。一 通則法第四十六条の三第一項の規定により、当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分
二 通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）第二十四条 機構は、通則法第四十四条第三項の中長期計画において通則法第三十五条の五第二項第五号の計画を定めた場合において、通則法第四十六条の三第一項の規定により、民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第一項各号に掲げる事項を文部科学大臣に通知しなければならない。
２ 文部科学大臣は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。 （催告の方法）第二十五条 通則法第四十六条の三第一項に規定する主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 通則法第四十六条の三第一項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として文部科学大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三 通則法第四十六条の三第一項に規定する払戻しについて、次に掲げる方法のうち何れの方法によるかの別 イ 当該不要財産の払戻しをすること
ロ 通則法第四十六条の三第三項に規定する主務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること
四 当該払戻しを行う予定時期
五 第三号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
２ 前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が前項第三号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。 （民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）第二十六条 機構は、通則法第四十六条の三第三項の規定により民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を文部科学大臣に提出するものとする。
一 当該不要財産の内容
二 譲渡によって得られた収入の額
三 譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四 譲渡した時期
五 通則法第四十六条の三第二項の規定により払戻しを請求された持分の額
２ 前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。 ３ 文部科学大臣は、第一項の報告書の提出を受けたときは、通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める基準に従い算定した金額（当該算定した金額が第一項第五号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち通則法第四十六条の三第三項の規定により文部科学大臣が定める額の持分を含む。）を機構に通知するものとする。 ４ 機構は、前項の通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第一項第五号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により文部科学大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。 （資本金の減少の報告）第二十七条 機構は、通則法第四十六条の三第四項の規定により資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を文部科学大臣に報告するものとする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第二十八条 機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物（企業化開発の委託に係るものを除く。）並びに文部科学大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第二十九条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する主務省令で定める内部組織）第三十条 機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として文部科学大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として文部科学大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する主務省令で定める管理又は監督の地位）第三十一条 機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして文部科学大臣が定めるものとする。
（増資の認可の申請）第三十二条 機構は、機構法第六条第二項の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 増資金額
二 増資の理由
三 募集の方法
四 増資により取得する金額の使途
五 払込みの方法
（合同運用に係る資金の管理）第三十三条 機構は、国立大学寄託金、助成勘定に属する資金及び寄託金運用業務に係る業務上の余裕金を合同して運用する場合にあっては、合同して運用することとした資金（以下この条において「合同運用資金」という。）を時価により合理的に評価した額を、寄託金運用勘定及び助成勘定の各勘定から合同運用資金に受け入れた金額により分し、それぞれこれらの勘定に帰属させ、管理するものとする。
（助成資金運用の基本方針に記載すべき事項等）第三十四条 機構法第二十九条第一項に規定する文部科学省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一 助成資金運用における運用の目標（運用収入の目標を含む。）及び手法、損失の危険の管理その他の運用の方針
二 助成資金運用における資産の構成に関する事項
三 助成資金運用における資産の積立て及びその取崩しに関する事項
四 助成資金運用に必要な資金の機構における調達に関する事項（資金の調達に係る債務の確実な償還のために必要な事項を含む。）
五 助成資金運用における信託契約及び投資一任契約の相手方（以下この項及び次条において「運用受託機関等」という。）の選任及び評価に関する事項
六 運用受託機関等が遵守すべき事項その他の運用受託機関等の業務に関し必要な事項
七 その他助成勘定に属する資金の適切な運用に関し必要な事項
２ 機構は、機構法第二十九条第一項の規定により基本方針の認可を受けようとするときは、基本方針を記載した申請書に次に掲げる書類を添えて、文部科学大臣に提出しなければならない。一 当該基本方針が機構法第二十条第二項第四号の規定による議を経たものであることを証する書類
二 その他必要な書類
３ 機構は、機構法第二十九条第一項後段の規定により基本方針の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書に前項各号に掲げる書類を添えて、文部科学大臣に提出しなければならない。 （運用受託機関等への提示）第三十五条 機構は、機構法第二十九条第四項の規定により、運用受託機関等に対し、同条第一項の認可を受けた基本方針の趣旨に沿って契約を履行すべきことを示すときは、次に掲げる事項を記載した運用指針を作成し、これを交付するものとする。
一 運用の手法、運用の対象となる資産、遵守すべき事項その他の当該運用受託機関等の業務に関し必要な事項
二 運用受託機関等の評価に関し必要な事項
（共通事項の経理）第三十六条 機構は、機構法第三十一条第一項又は第三項の規定により区分して経理する場合において、経理すべき事項が当該経理に係る勘定以外の勘定において経理すべき事項と共通の事項であるため、当該勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、文部科学大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して経理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより経理することができる。
（業務概況書）第三十七条 機構は、各事業年度の通則法第三十八条第一項の規定による同項の財務諸表の提出後遅滞なく、助成資金運用について、当該事業年度における資金の額及びその構成割合並びに運用収入の額その他の資金の運用の状況に関する事項を記載した業務概況書を作成し、文部科学大臣に提出するとともに、これを公表しなければならない。
（長期借入金の認可の申請）第三十八条 機構は、機構法第三十三条第一項の規定により長期借入金の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（償還計画の認可の申請）第三十九条 機構は、機構法第三十五条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、通則法第三十五条の八において準用する通則法第三十一条第一項前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先
二 科学技術振興機構債券の総額及び当該事業年度における発行見込額並びに発行の方法
三 長期借入金及び科学技術振興機構債券の償還の方法及び期限
四 その他必要な事項
（積立金の処分に係る申請書の添付書類）第四十条 令第十五条第三項に規定する文部科学省令で定める書類は、次に掲げる書類とする。
一 令第十五条第一項の期間最後の事業年度（以下この条において「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二 期間最後の事業年度の損益計算書
三 期間最後の事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類
四 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（成立の際の会計処理の特例）
第二条 機構の成立の際機構法附則第三条第一項及び第二項の規定により機構に出資されたものとされる資産のうち償却資産については、第十一条第一項の指定があったものとみなす。
（科学技術振興事業団法施行規則及び科学技術振興事業団の財務及び会計に関する省令の廃止）
第三条 次に掲げる省令は、廃止する。
附則（平成二二年一一月二六日文部科学省令第二一号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二六年二月一七日文部科学省令第七号）
この省令の規定は、次の各号に掲げる区分に応じ、それぞれ当該各号に定める日から施行する。一 附則第二条の次に一条を加える改正規定 公布の日
二 第一条の二の改正規定 平成二十六年四月一日
附則（平成二七年三月三〇日文部科学省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務実績等報告書の作成に係る経過措置）
第二条 通則法改正法附則第八条第一項の規定により旧通則法第二十九条第一項の中期目標が新通則法第三十五条の四第一項の規定により指示した同項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の次に掲げる省令の規定の適用については、これらの省令の規定中「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（以下この表において「旧通則法」という。）第二十九条第二項第三号」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から」とあるのは「旧通則法第二十九条第二項第二号から」と、「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が通則法第三十五条の四第二項第二号」とあるのは「期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該項目が旧通則法第二十九条第二項第三号」とする。
（業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、通則法改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る業務報告書又は事業報告書から適用する。
附則（平成三一年一月一七日文部科学省令第一号）
この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。附則（令和元年六月一三日文部科学省令第四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。
附則（令和元年一二月二七日文部科学省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産に係る特例）
第二条 国立研究開発法人科学技術振興機構の成立の際、国立研究開発法人科学技術振興機構法（平成十四年法律第百五十八号）附則第三条第二項の規定により国立研究開発法人科学技術振興機構に出資されたものとされる資産のうち開発委託金、開発委託金回収債権並びに敷金及び保証金については、国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令の一部を改正する省令（令和三年文部科学省令第八号）による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十四条第一項の指定を受けたものとみなす。
附則（令和二年七月二二日文部科学省令第二七号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表の作成に係る経過措置）
第二条 国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令の一部を改正する省令（令和三年文部科学省令第八号）による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十五条及び第十八条の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。
附則（令和三年二月二二日文部科学省令第八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、国立研究開発法人科学技術振興機構法の一部を改正する法律の施行の日（令和三年二月二十三日）から施行する。
（業務概況書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第三十五条の規定は、令和四年四月一日以後に開始する事業年度に係る業務概況書から適用する。
附則（令和四年三月二五日文部科学省令第八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十二条の規定は、令和三年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用する。
（現に存する開発委託金又は開発委託金回収債権に係る特例）
第三条 この省令の施行の際現に存する国立研究開発法人科学技術振興機構に出資されたものとされる資産のうち開発委託金又は開発委託金回収債権については、この省令による改正後の国立研究開発法人科学技術振興機構に関する省令第十二条第一項の指定を受けたものとみなす。
（現に存する資産見返運営費交付金に関する特例）
第四条 この省令の施行の際現に存する資産見返運営費交付金（開発委託金の返還又は開発委託金回収債権の償還を受けていない当該開発委託金又は開発委託金回収債権に係る金額を除く）については、運営費交付金債務に振り替えるものとする。
附則（令和四年三月三一日文部科学省令第一七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和四年一一月一一日文部科学省令第三七号）
（施行期日）
第一条 この省令は、法の施行の日（令和四年十一月十五日）から施行する。