第一章 総則
（趣旨）第一条 税関関係法令に係る手続等を、情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律（以下「情報通信技術活用法」という。）第六条及び第七条並びに税関関係法令の規定により電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信技術を利用する方法により行う場合については、他の法令に別段の定めがある場合を除き、この省令の定めるところによる。
（定義）第二条 この省令において「電子情報処理組織」とは、情報通信技術活用法第六条第一項に規定する電子情報処理組織（電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律（昭和五十二年法律第五十四号）第三条第一項の規定により当該電子情報処理組織とみなされる同法第二条第一号に規定する電子情報処理組織（以下「輸出入等関連情報処理組織」という。）を含む。）をいう。
２ 前項に規定するもののほか、この省令で使用する用語は、情報通信技術活用法で使用する用語の例による。第二章 申請等
（申請等の指定）第三条 電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律第三条第一項の規定により適用される情報通信技術活用法第六条第一項の規定により輸出入等関連情報処理組織を使用する方法により行うことができる申請等は、電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律施行令（昭和五十二年政令第二百二十号）別表に掲げる申請等とする。
２ 情報通信技術活用法第六条第一項の規定により電子情報処理組織（輸出入等関連情報処理組織を除く。次条において同じ。）を使用する方法により行うことができる申請等は、関税法施行令（昭和二十九年政令第百五十号）第五十九条第一項に規定する申請等（輸入しようとする貨物が旅客又は乗組員の携帯品であるときに限る。）及び関税定率法施行令（昭和二十九年政令第百五十五号）第十四条第一項に規定する申請等とする。 （電子情報処理組織による申請等）第三条の二 電子情報処理組織を使用して前条第二項に規定する申請等を行おうとする者は、税関長が提供した入出力用プログラムを用いて、税関の使用に係る電子計算機と電気通信回線を通じて通信できる機能を備えた電子計算機から、当該申請等に係る事項を入力して行わなければならない。
（申請等に係る電子情報処理組織）第三条の三 情報通信技術活用法第六条第一項に規定する主務省令で定める電子情報処理組織は、次の各号に掲げるものとする。
一 輸出入等関連情報処理組織
二 税関の使用に係る電子計算機と第三条第二項に規定する申請等をする者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織
（情報通信技術による手数料の納付）第三条の四 情報通信技術活用法第六条第五項に規定する電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信技術を利用する方法であって主務省令で定めるものは、第三条第一項に規定する申請等を行ったことにより得られた納付情報により納付する方法とする。
（申請等のうちに電子情報処理組織を使用する方法により行うことが困難又は著しく不適当と認められる部分がある場合）第三条の五 情報通信技術活用法第六条第六項に規定する主務省令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とする。
一 申請等をする者について対面により本人確認をする必要があると行政機関等（電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律第二条第一号に規定する税関その他の関係行政機関（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第一項に規定する港湾管理者を含む。）をいう。次号及び第七条の四において同じ。）が認める場合
二 申請等に係る書面等のうちにその原本を確認する必要があるものがあると行政機関等が認める場合
第三章 通関業者による申請等
（氏名等を明らかにする措置）第四条 通関業法（昭和四十二年法律第百二十二号）第十四条に規定する記名に代わるものであって情報通信技術活用法第六条第四項に規定する主務省令で定めるものは、電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律施行規則（昭和五十二年大蔵省令第三十号）第四条の規定による通関士識別符号の使用とする。
第四章 関税等、消費税等又は国際観光旅客税の納付手続
（輸出入等関連情報処理組織による関税等の納付に係る事前届出）第五条 関税法（昭和二十九年法律第六十一号）第九条の四ただし書、国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十七条の六第三項に規定する酒税及び消費税法（昭和六十三年法律第百八号）第八条第三項（租税特別措置法第八十六条の二第三項において準用する場合を含む。）に規定する消費税（以下「消費税等」という。）並びに国際観光旅客税の納付手続を除く。）及びとん税法施行令（昭和三十二年政令第四十八号）第二条第二項ただし書（特別とん税法施行令（昭和三十二年政令第四十九号）第二条において準用する場合を含む。）の規定により第六条に定める方法（第二号及び第三号に掲げる場合には、同条第一号に掲げる方法に限り、第四号に掲げる場合には、同条第二号に掲げる方法に限る。）による関税、内国消費税（輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律（昭和三十年法律第三十七号）第二条第一号に規定する内国消費税をいう。第三号において同じ。）並びにとん税及び特別とん税（以下「関税等」という。）の納付を行おうとする者は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める方法により、当該納付を行いたい旨をあらかじめ税関長に届け出なければならない。
一 電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律第三条第一項の規定により適用される情報通信技術活用法第六条第一項の規定に基づき関税等の納付に係る電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律第四条第一項に規定する申告等を行う場合 当該申告等を行う際に併せてその旨を入力する方法
二 関税等の納付に関する申告を書面をもって行う場合 当該書面にその旨を付記する方法
三 納付すべき関税等の額を税関長がその調査により更正し又は決定する場合（関税法第七十七条第一項及び輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第七条第一項の規定に基づき書面により通知する関税及び内国消費税を決定する場合を除く。） 当該更正又は決定を行う税関長にその旨を申し出る方法
四 関税法第九条の七第一項及び国税通則法第三十四条の五第一項第二号の規定による納付を行う場合 電子情報処理組織により納付情報を入力する際にその旨を入力する方法
２ 前項第一号に掲げる場合（第六条第一号に掲げる方法により関税等を納付する場合に限る。）において、同項第一号に定める方法による届出をすることができなかったときは、同号に規定する申請等又は申告等を受理した税関長に、同条第一号に掲げる方法による納付を行おうとする関税等を特定できる書面を添えて、当該納付を行いたい旨を届け出ることができる。 ３ 税関長は、前二項の届出がされた場合において、当該届出をした者に対し、納付番号その他の納付情報を通知するものとする。 ただし、第六条第二号に掲げる方法により関税等を納付するとき、又は関税等について納付すべき税額がないときは、この限りでない。 （輸出入等関連情報処理組織による消費税等の納付に係る事前届出）第五条の二 国税通則法第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（消費税等の納付手続に限る。）の規定により第六条の二に定める方法（国税通則法第三十四条の三第一項（第二号に係る部分に限る。）の規定により納付受託者に消費税等の納付を委託した場合には、同条第二号に掲げる方法に限る。）による消費税等の納付を行おうとする者は、同条第一号に掲げる方法による場合には、書面又は口頭により、同条第二号に掲げる方法による場合には、電子情報処理組織により納付情報を入力する際にその旨を入力する方法により、当該納付を行いたい旨をあらかじめ納付すべき消費税等の額の決定を行う税関長に届け出なければならない。
２ 税関長は、前項に規定する第六条の二第一号に掲げる方法による納付についての届出がされた場合において、当該届出をした者に対し、納付番号その他の納付情報を通知するものとする。 （輸出入等関連情報処理組織による国際観光旅客税の納付に係る事前届出）第五条の三 国税通則法第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（国際観光旅客税法（平成三十年法律第十六号）第十七条に規定する国際観光旅客税の納付手続に限る。）の規定により第六条の三に定める方法による国際観光旅客税の納付を行おうとする者は、国際観光旅客税法第十七条第二項に規定する計算書（以下単に「計算書」という。）の提出に併せて、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める方法により、当該納付を行いたい旨をあらかじめ税関長に届け出なければならない。
一 計算書を輸出入等関連情報処理組織により提出する場合 当該計算書の提出に併せてその旨を入力する方法
二 計算書を書面により提出する場合 当該計算書にその旨を付記する方法
２ 前項の規定にかかわらず、計算書の提出に併せて、同項各号に定める方法による届出をすることができなかった又はできないときは、輸出入等関連情報処理組織又は書面により、第六条の三に定める方法による国際観光旅客税の納付を行いたい旨を当該納付をするときまでに納税地を所轄する税関長に届け出ることができる。 ３ 国税通則法第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（国際観光旅客税法第十八条に規定する国際観光旅客税の納付手続に限る。）の規定により第六条の三に定める方法による国際観光旅客税の納付を行おうとする者は、輸出入等関連情報処理組織又は書面により、当該納付を行いたい旨をあらかじめ納税地を所轄する税関長に届け出なければならない。 ４ 税関長は、前三項の届出がされた場合において、当該届出をした者に対し、納付番号その他の納付情報を通知するものとする。 ただし、国際観光旅客税について納付すべき税額がないときは、この限りでない。 （輸出入等関連情報処理組織による関税等の納付手続）第六条 関税法第九条の四ただし書、国税通則法第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（消費税等及び国際観光旅客税の納付手続を除く。）及びとん税法施行令第二条第二項ただし書（特別とん税法施行令第二条において準用する場合を含む。）に規定する財務省令で定める方法は、次の各号に掲げる方法とする。
一 税関又は輸出入・港湾関連情報処理センター株式会社（以下「会社」という。）の使用に係る電子計算機と電気通信回線を通じて通信できる機能を備えた電子計算機から、関税等の納付手続に利用できるものとして金融機関が提供したプログラムを用いて納付番号その他の納付情報を入力して、納付する方法
二 第五条第一項第一号及び第四号の規定による届出をした者があらかじめ会社及び金融機関に対し通知した口座番号、当該届出をした者が納付すべき関税等の額その他の納付情報が会社の使用に係る電子計算機から電気通信回線を通じて当該金融機関に送付され、かつ、当該納付情報に基づき、口座振替により納付する方法
（輸出入等関連情報処理組織による消費税等の納付手続）第六条の二 国税通則法第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（消費税等の納付手続に限る。）に規定する財務省令で定める方法は、次の各号に掲げる方法とする。
一 会社の使用に係る電子計算機と電気通信回線を通じて通信できる機能を備えた電子計算機から、消費税等の納付手続に利用できるものとして金融機関が提供したプログラムを用いて納付番号その他の納付情報を入力して、納付する方法
二 第五条の二第一項の規定による届出をした者があらかじめ会社及び金融機関に対し通知した口座番号、当該届出をした者が納付すべき消費税等の額その他の納付情報が会社の使用に係る電子計算機から電気通信回線を通じて当該金融機関に送付され、かつ、当該納付情報に基づき、口座振替により納付する方法
（輸出入等関連情報処理組織による国際観光旅客税の納付手続）第六条の三 国税通則法第四十五条第一項の規定により読み替えて適用する同法第三十四条第一項ただし書（国際観光旅客税法第十七条又は第十八条に規定する国際観光旅客税の納付手続に限る。）に規定する財務省令で定める方法は、会社の使用に係る電子計算機と電気通信回線を通じて通信できる機能を備えた電子計算機から、国際観光旅客税の納付手続に利用できるものとして金融機関が提供したプログラムを用いて納付番号その他の納付情報を入力して、納付する方法とする。
第五章 処分通知等その他の通知
（処分通知等の指定）第七条 電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律第三条第一項の規定により適用される情報通信技術活用法第七条第一項の規定により輸出入等関連情報処理組織を使用する方法により行うことができる処分通知等は、第五条第三項、第五条の二第二項又は第五条の三第四項の規定による通知及び電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律施行令第一条第一項第二号イからトまでに掲げる教示、通知、交付又は諾否の応答とする。
（処分通知等に係る電子情報処理組織）第七条の二 情報通信技術活用法第七条第一項に規定する主務省令で定める電子情報処理組織は、輸出入等関連情報処理組織とする。
（処分通知等を受ける旨の表示の方式）第七条の三 情報通信技術活用法第七条第一項ただし書に規定する主務省令で定める方式は、輸出入等関連情報処理組織を使用して行う識別番号及び暗証番号の入力とする。
（処分通知等のうちに電子情報処理組織を使用する方法により行うことが困難又は著しく不適当と認められる部分がある場合）第七条の四 情報通信技術活用法第七条第五項に規定する主務省令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とする。
一 処分通知等を受ける者について対面により本人確認をする必要があると行政機関等が認める場合
二 処分通知等に係る書面等のうちにその原本を交付する必要があるものがあると行政機関等が認める場合
（手数料に係る納付情報の通知）第八条 税関長は、第三条第一項に規定する申請等又は第七条に規定する処分通知等に係る処分が行われることにより手数料の納付が必要となるときは、当該申請等を行った者又は当該処分通知等を受ける者に対し、その納付すべき手数料に係る納付番号その他の納付情報を、輸出入等関連情報処理組織を使用して、通知することができる。
附則
この省令は、平成十五年三月十日から施行する。 ただし、第四条第一項及び第二項並びに第五条の規定は、公布の日から施行する。附則（平成一五年三月二四日財務省令第一三号）
この省令は、平成十五年四月一日から施行する。 ただし、改正規定中別表第一〇三号に掲げる申請等に係る部分は、公布の日から施行する。附則（平成一五年七月一日財務省令第六九号）
この省令は、平成十五年七月七日から施行する。 ただし、別表第二七〇号の改正規定（同号ヘ中「石油税法」を「石油石炭税法」に改める部分に限る。）は、同年十月一日から施行する。 この省令の施行の日から平成十五年九月三十日までの間における改正後の別表第二八九号及び第二九〇号の規定の適用については、これらの規定中「石油石炭税法」とあるのは、「石油税法」とする。附則（平成一六年一月一六日財務省令第一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十六年一月十九日から施行する。
附則（平成一六年三月一九日財務省令第一一号）
この省令は、平成十六年三月二十二日から施行する。 ただし、第二条の改正規定、第七条に二項を加える改正規定、別表第五六号の次に一号を加える改正規定、同表第八〇号の次に一号を加える改正規定、同表第九八号の次に一号を加える改正規定、同表第一二四号の次に一号を加える改正規定、同表第一六一号の次に二号を加える改正規定、同表第一六二号の改正規定、同表第一六六号の次に二号を加える改正規定、同表第一六八号の次に五号を加える改正規定、同表第一六九号の次に一号を加える改正規定、同表第一七三号の次に一号を加える改正規定、同表第一七五号の次に一号を加える改正規定、同表第一七七号の次に一号を加える改正規定、同表第一八二号の次に一号を加える改正規定、同表第一八三号の次に一号を加える改正規定、同表第一八四号の次に一号を加える改正規定、同表第一八五号の次に一号を加える改正規定、同表第一八六号の次に一号を加える改正規定、同表第一八七号の次に一号を加える改正規定、同表第一八八号の次に一号を加える改正規定、同表第一八九号の次に一号を加える改正規定、同表第一九〇号の次に一号を加える改正規定、同表第一九一号の次に一号を加える改正規定、同表第一九二号の次に二号を加える改正規定、同表第一九九号の次に一号を加える改正規定、同表第二一三号の次に一号を加える改正規定、同表第二一七号の次に一号を加える改正規定、同表第二一九号の次に一号を加える改正規定、同表第二七六号の次に一号を加える改正規定、同表第二七七号の改正規定及び同表第三〇一号の次に一号を加える改正規定は、同月二十九日から施行する。附則（平成一六年三月三一日財務省令第三七号）
この省令は、平成十六年四月一日から施行する。附則（平成一七年三月二五日財務省令第一七号）
この省令は、経済上の連携の強化に関する日本国とメキシコ合衆国との間の協定に基づく関税割当制度に関する政令の施行の日から施行する。附則（平成一七年三月三一日財務省令第四一号）
この省令は、平成十七年四月一日から施行する。附則（平成一八年三月三一日財務省令第三三号）
この省令は、平成十八年三月三十一日から施行する。 ただし、第二条の規定は、同年四月一日から施行する。附則（平成一八年五月二四日財務省令第四二号）
この省令は、平成十八年六月一日から施行する。 ただし、第二条の規定は、経済上の連携に関する日本国政府とマレーシア政府との間の協定に基づく関税割当制度に関する政令の施行の日から施行する。附則（平成一八年九月二一日財務省令第五八号）
この省令は、平成十九年一月一日から施行する。附則（平成一八年一一月一〇日財務省令第七一号）
この省令は、平成十九年二月一日から施行する。附則（平成一九年三月三一日財務省令第二八号）
この省令は、平成十九年四月一日から施行する。 ただし、第五条中税関関係法令に係る行政手続等における情報通信の技術の利用に関する省令別表第一第一一四号の改正規定は同年六月一日から施行する。附則（平成一九年九月二〇日財務省令第五〇号）
この省令は、平成十九年十月一日から施行する。附則（平成二〇年三月三一日財務省令第一九号）
この省令は、平成二十年四月一日から施行する。附則（平成二〇年六月二七日財務省令第四四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十年十月一日から施行する。
附則（平成二〇年一二月一日財務省令第七八号）
この省令は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成二十年十二月一日）から施行する。附則（平成二一年三月三一日財務省令第二一号）
この省令は、平成二十一年四月一日から施行する。附則（平成二二年一月二六日財務省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十二年二月二十一日から施行する。 ただし、第二条の規定並びに附則第五条及び第六条の規定は、平成二十二年二月二十二日から施行する。
（処分通知等に関する経過措置）
第二条 前条ただし書に規定する日前にされた第二条の規定による改正前の税関関係法令に係る行政手続等における情報通信の技術の利用に関する省令（以下この条において「旧省令」という。）第三条第一項に規定する申請等に対してする処分通知等（行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律第二条第七号に定める処分通知等をいう。）に係る旧省令第九条第一項の規定は、第二条の規定にかかわらず、同日以後も、なおその効力を有する。
附則（平成三〇年四月一八日財務省令第三九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年一月七日から施行する。
附則（平成三一年三月三〇日財務省令第二六号）
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。附則（令和元年一二月一三日財務省令第三八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、情報通信技術の活用による行政手続等に係る関係者の利便性の向上並びに行政運営の簡素化及び効率化を図るための行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年十二月十六日）から施行する。