第一章 総則
（特定施設）第一条 独立行政法人水資源機構法（以下「法」という。）第二条第四項の政令で定める施設は、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第八条の規定による河川工事としてその新築又は改築が行われる施設とする。
第二章 業務の実施方法
（事業実施計画の記載事項）第二条 法第十三条第一項の事業実施計画には、当該事業実施計画に係る法第十二条第一項第一号の業務に関し、次の事項を記載しなければならない。
一 事業の名称
二 事業の目的
三 施設の位置及び概要
四 貯水、放流、取水又は導水に関する計画
五 かんがい排水に係る業務にあっては、その受益地の区域
六 工期
七 費用及びその負担方法
八 その他業務に関する重要事項
（事業実施計画に関する意見の聴取及び同意の方式）第三条 法第十三条第三項の規定による意見の聴取及び同意は、書面により行わなければならないものとし、土地改良区にあっては、その同意の書面には、同条第四項の規定による総会又は総代会の議決があったことを証する書面及び同項の三分の二以上の同意を得たことを証する書面が添付されていなければならないものとする。
第四条 法第十三条第四項の規定による同意は、書面又は電磁的方法（電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって、農林水産省令・経済産業省令・国土交通省令で定めるものをいう。）により行わなければならないものとする。
（事業実施計画に関する同意徴集手続の簡素化の要件）第五条 法第十三条第四項の政令で定める要件は、次のとおりとする。
一 当該改築に係る施設を利用して現に流水をかんがいの用に供する者が、当該改築を行った後においても、引き続き当該施設を利用して流水をかんがいの用に供することができること。
二 当該改築を行うことにより、法第十六条第一項又は第二項の施設管理規程について第十三条第二号に掲げる事項その他管理に関する重要事項で主務大臣が定めるものの変更を要することとならないこと。
三 当該改築に係る施設を利用して現に流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が次に掲げる費用について負担することとなる金額が、当該土地改良区が当該施設の管理に現に要する費用及び当該改築を行わないものとすれば当該施設の管理に要することとなる費用について負担する金額を考慮して、相当と認められること。
イ 当該改築に要する費用
ロ 当該改築を行った後の当該施設の管理に要する費用
（事業実施計画の認可に関する公示の方法）第六条 法第十三条第五項又は第十四条第三項の規定による公示は、官報に掲載してするものとする。
（事業の廃止時の協議等の内容）第七条 独立行政法人水資源機構（以下「機構」という。）は、法第十三条第六項の規定により協議し、及び認可を受けようとするときは、費用及びその負担方法その他事業の廃止に関する重要事項を明らかにしてしなければならない。
（事業の廃止に関する意見の聴取及び同意の方式）第八条 法第十三条第七項の規定による意見の聴取及び同意は、書面により行わなければならないものとする。
第九条 削除
（国庫納付金）第十条 法第十四条第八項の規定により機構が国庫に納付しなければならない金額（次項において「国庫納付金」という。）は、同条第三項に規定する国の水資源開発事業であって同条第四項の規定により機構がその業務として行うこととなったもの（以下「機構が承継した国の水資源開発事業」という。）を行うにつき国が要した費用で、同項の規定により機構が当該事業をその業務として行うこととなる前に国が一般会計において支出したもの（国庫が負担すべきものを除く。）について算定される法第二十五条第一項又は第二十六条第一項の規定による負担金の額とする。
２ 国庫納付金の納付の方法は、主務大臣が国土交通大臣及び財務大臣と協議して定める。 （操作特定施設）第十一条 法第十六条第一項の政令で定める特定施設は、河川法施行令（昭和四十年政令第十四号）第八条各号に掲げる施設に該当するものとする。
（操作特定施設に係る施設管理規程に関する協議）第十二条 操作特定施設に係る施設管理規程を作成し、又は変更しようとする場合における法第十六条第一項の規定による関係都道府県知事又は関係都道府県知事及び関係市町村長との協議は、河川法第四条第一項に規定する一級河川の操作特定施設に係るものにあっては関係都道府県知事と、同法第五条第一項に規定する二級河川の操作特定施設に係るものにあっては関係都道府県知事及び関係市町村長とするものとする。
（施設管理規程の記載事項）第十三条 法第十六条第一項又は第二項の施設管理規程には、当該施設管理規程に係る法第十二条第一項第二号の業務に関し、操作を伴う施設に係るものにあっては次に掲げる事項、その他の施設に係るものにあっては第一号、第二号、第五号及び第八号から第十号までに掲げる事項を定めなければならない。
一 施設の名称
二 貯水、放流、取水又は導水に関する計画
三 施設の操作の方法に関する事項（操作特定施設にあっては、その操作の基準となる水位、流量等に関する事項を含む。）
四 放流の際にとるべき措置
五 施設の点検及び整備に関する事項
六 施設を操作するため必要な機械器具等の点検及び整備に関する事項
七 水象又は気象の観測に関する事項
八 管理を他の者に委託するときは、その委託に関する事項
九 費用及びその負担方法
十 その他管理に関する重要事項
（機構が行う特定施設の工事に係る河川管理者の権限等）第十四条 機構が行う特定施設の新築若しくは改築又は当該新築若しくは改築に係る特定施設の管理に関しては、機構は、河川法第十七条から第十九条まで、第二十一条、第六十六条から第六十八条まで、第七十四条、第八十九条及び第九十九条の規定に基づく河川管理者の権限を行うものとする。
２ 前項の規定により機構が負担させる河川法第六十七条又は第六十八条第二項の規定に基づく負担金は、機構の収入とし、機構は、同法第七十四条第三項の納付義務者が負担金等及び延滞金を納付しない場合においては、国税滞納処分の例により、滞納処分をすることができる。 ３ 第一項の規定により機構が河川管理者の権限を行う場合において、河川法第十八条の他の工事の施行者若しくは他の行為の行為者、同法第十九条の他の工事の目的である工作物の管理者又は同法第六十七条若しくは第六十八条第二項の費用を負担する者が国又は地方公共団体であるときは、機構は、あらかじめ、これらの者に協議しなければならない。 （特定施設の工事に関する公示の方法）第十五条 法第十七条第三項の規定による公示は、官報に掲載してするものとする。
（指揮に関する国土交通大臣の権限の委任）第十六条 法第十八条第一項の指揮に関する国土交通大臣の権限は、特定施設の所在地を管轄する地方整備局長又は北海道開発局長が行う。 ただし、国土交通大臣が自らその権限を行使することを妨げない。
（危害防止のための通知等）第十七条 機構は、水資源開発施設又は愛知豊川用水施設（以下この条において「水資源開発施設等」という。）の操作に関し、法第十九条の規定により関係都道府県知事、関係市町村長及び関係警察署長に通知するときは、水資源開発施設等を操作する日時のほか、その操作によって放流される流水の量又はその操作によって上昇する下流の水位の見込みを示してこれを行い、同条の規定により一般に周知させるときは、農林水産省令・経済産業省令・国土交通省令で定めるところにより、その操作を行う水資源開発施設等の名称及び位置その他の農林水産省令・経済産業省令・国土交通省令で定める事項について、立札による掲示を行うとともに、電気通信回線に接続して行う自動公衆送信（公衆によって直接受信されることを目的として公衆からの求めに応じ自動的に送信を行うことをいい、放送又は有線放送に該当するものを除く。）により公衆の閲覧に供するほか、サイレン、警鐘、拡声機その他の方法により警告しなければならない。
（機構が行う特定改築等工事）第十七条の二 法第十九条の二第一項の政令で定める特定改築等工事は、ダムに関する工事とする。
（機構が行う特定河川工事に係る河川管理者の権限等）第十七条の三 機構が行う特定河川工事に関しては、機構は、河川法第十七条から第十九条まで、第二十一条、第三十七条、第六十六条から第六十八条まで、第七十条第一項、第七十条の二（第三項を除く。）、第七十四条及び第八十九条に規定する権限並びに水道原水水質保全事業の実施の促進に関する法律（平成六年法律第八号。以下この条において「水道原水水質保全事業法」という。）第十四条第一項及び第十六条に規定する権限を都道府県知事等（法第十九条の二第一項の都道府県知事等をいう。以下この条並びに第四十二条の二第三項及び第五項において同じ。）に代わって行うものとする。
２ 前項に規定する機構の権限は、次条の規定により公示された河川の区間につき、同条の規定により公示された工事の開始の日から工事の完了又は廃止の日までに限り行うことができるものとする。 ただし、河川法第二十一条、第六十六条から第六十八条まで、第七十条第一項、第七十条の二（第三項を除く。）、第七十四条並びに第八十九条第八項及び第九項並びに水道原水水質保全事業法第十四条第一項及び第十六条に規定する権限については、工事の完了又は廃止の日後においても行うことができる。 ３ 第一項の規定により機構が負担させる河川法第六十七条、第六十八条第二項、第七十条第一項若しくは第七十条の二第一項又は水道原水水質保全事業法第十四条第一項の規定に基づく負担金は、機構の収入とし、機構は、河川法第七十四条第三項の納付義務者又は水道原水水質保全事業法第十六条第三項に規定する者が負担金及び延滞金を納付しない場合においては、国税滞納処分の例により、滞納処分をすることができる。 ４ 第一項の規定により機構が都道府県知事等に代わって権限を行う場合において、河川法第十八条の他の工事の施行者若しくは他の行為の行為者、同法第十九条の他の工事の目的である工作物の管理者又は同法第六十七条、第六十八条第二項若しくは第七十条第一項の費用を負担する者が国又は地方公共団体であるときは、機構は、あらかじめ、これらの者に協議しなければならない。 ５ 第一項の規定により機構が負担させる河川法第七十条第一項の規定に基づく負担金の徴収を受ける者の範囲及びその徴収方法又は同法第七十条の二第一項の規定に基づく負担金の徴収方法については同法第七十条第二項又は第七十条の二第三項の規定に基づく都道府県知事等が統括する都道府県又は指定都市（以下この項において「都道府県等」という。）の条例の規定を、第一項の規定により機構が負担させる水道原水水質保全事業法第十四条第一項の規定に基づく負担金の徴収方法については同条第三項の規定に基づく都道府県等の条例の規定を、それぞれ準用する。 ６ 機構は、河川法第十八条、第六十六条又は第七十条の二第一項に規定する権限を都道府県知事等に代わって行ったときは、遅滞なく、その旨を当該都道府県知事等に通知しなければならない。 （特定河川工事に関する公示の方法）第十七条の四 法第十九条の二第三項又は同条第四項（法第十九条の四第二項において準用する場合を含む。）の規定による公示は、工事を行う河川の名称及び区間、工事の内容並びに工事の開始の日又は工事の完了若しくは廃止の日を官報に掲載してするものとする。 ただし、緊急の必要がある場合において官報に掲載して公示をするいとまがないときは、他の適当な方法によることができる。
第三章 業務の実施に要する費用
（特定多目的ダム方式負担割合等）第十八条 この章において「特定多目的ダム方式負担割合」とは、特定多目的ダム法施行令（昭和三十二年政令第百八十八号）第一条の二から第六条までの規定の例による方法により算定する割合をいう。 この場合において、特定施設以外の水資源開発施設にあっては、同令第一条の二第五項、第二条第一項第二号及び第二項、第三条第二項並びに第六条中「国土交通大臣」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第三十七条第二項に規定する主務大臣」と読み替えるものとする。
２ この章において「不要支出額」とは、水資源開発施設の新築又は改築に関する事業の縮小があった場合において、当該新築又は改築に要する費用の額と、当該事業の縮小後の水資源開発施設が有する効用と同等の効用を有する水資源開発施設の新築又は改築に要する推定の費用の額との差額をいう。 ３ この章において「投資可能限度額」とは、水資源開発施設の新築又は改築に関する事業の目的である各用途について特定多目的ダム法施行令第五条の規定の例により算出した金額又は同令第六条の規定の例により算出した金額のうちいずれか少ない金額から、当該水資源開発施設の効用を全うするため必要な水路、建物、機械その他の施設又は工作物で専ら当該用途に供されるものの新築又は改築に要する費用の額を控除した金額をいう。 この場合において、特定施設以外の水資源開発施設にあっては、同条中「国土交通大臣」とあるのは、「独立行政法人水資源機構法第三十七条第二項に規定する主務大臣」と読み替えるものとする。 （国が機構に交付する費用）第十九条 法第二十一条第一項及び第二十二条第一項の政令で定める費用は、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進に係る費用とする。
（特定施設の新築又は改築に要する費用の範囲）第二十条 法第二十一条第一項の費用の範囲は、実施計画調査費、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。
（特定施設の新築又は改築に係る交付金の額の算出方法等）第二十一条 法第二十一条第一項の交付金の額は、特定施設の新築又は改築に要する費用で前条に規定するものの額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、洪水調節、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進のための用途（以下「治水関係用途」という。）に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）とする。
一 本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費に係る前条の利息の額
二 当該特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）
三 法第十三条第一項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該特定施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（第一号に掲げる額を除く。）
四 法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
五 河川法第六十六条、第六十七条又は第六十八条第二項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額
六 当該特定施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
２ 特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（治水関係用途に係る部分の縮小に伴う場合に限る。）における法第二十一条第一項の交付金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とする。 ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。一 治水関係用途に係る部分の縮小のみがあった場合 次に掲げる額を合算した額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）
イ 当該事業の縮小に係る不要支出額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）
ロ 当該事業の縮小後において、流水を水道又は工業用水道の用に供する者の当該特定施設に係る費用の負担についての第三十条第一項第二号に掲げる額に当該者に当該特定施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額の合計額からその額に含まれる機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額を加えた額が、当該者の投資可能限度額を超える場合にあっては当該超える額（当該投資可能限度額を超える者が二以上あるときは、当該超える額の合計額）、当該投資可能限度額を超えない場合にあっては零
二 治水関係用途に係る部分の縮小と併せて水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退があった場合 次の式により算出した額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）
３ 特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、治水関係用途について第一項の規定により算出した額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）が、当該用途に係る投資可能限度額（治水関係用途に係る部分の縮小があったときは、当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該用途に係る投資可能限度額）を超える場合には、法第二十一条第一項の交付金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）に相当する額を控除した額とする。 ４ 法第二十四条第一項の負担金について同項に規定する者が負担すべき利息がある場合における法第二十一条第一項の交付金の額は、前三項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額に当該利息の額を加えた額とする。 ５ 特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合における法第二十一条第一項の交付金の額は、前各項の規定にかかわらず、特定施設の新築又は改築に要した費用（当該事業の廃止に伴い追加的に必要となる費用を含む。）で前条に規定するものの額（次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、治水関係用途に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する同条の利息の額並びに法第二十四条第一項に規定する者が負担することとされていた利息の額とする。 ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。一 本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費に係る前条の利息の額
二 当該事業の廃止前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該特定施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（前号に掲げる額を除く。）
三 河川法第六十六条、第六十七条又は第六十八条第二項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額
四 当該特定施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
６ 機構が承継した国の水資源開発事業に係る法第二十一条第一項の交付金の額は、前各項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該機構が承継した国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額を控除した額とする。 ７ 法第二十一条第一項の交付金は、当該特定施設の新築又は改築が完了するまでの間（当該特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止されたときは、その廃止に伴う追加的な工事が完了するまでの間）において、毎年度、国土交通大臣の定めるところにより機構に交付するものとする。 ただし、当該交付金の額のうち法第二十四条第一項の規定により同項に規定する者が負担すべき費用の額に相当する金額については、同条第二項の規定による都道府県知事の納付の状況に応じて、別に国土交通大臣が財務大臣に協議して定めるところによる。 （特定施設の新築又は改築に係る都道府県の負担金）第二十二条 法第二十一条第三項の規定により同条第一項の交付金の一部を負担する都道府県は、当該交付金に係る特定施設の新築又は改築で治水関係用途に係るものにより利益を受ける都道府県とする。
２ 法第二十一条第三項の規定により当該都道府県が負担する負担金の額は、当該特定施設に係る同条第一項の交付金の額（法第二十四条第一項の負担金があるときは、当該負担金の額を控除した額。次項において同じ。）から事務取扱費の額を控除した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める割合を乗じて得た額とする。一 前項の都道府県が一である場合 三分の一。
二 前項の都道府県が二以上である場合 国土交通大臣が当該特定施設の新築又は改築で治水関係用途に係るものにより当該都道府県の受ける利益の程度を勘案し、かつ、当該都道府県知事の意見を聴いて、当該都道府県につき定める割合に三分の一（当該都道府県が適用団体であるときは、前号ただし書の割合）を乗じて得た割合
３ 法第二十一条第三項の規定による都道府県の負担金が河川法施行令第三十六条の二各号に掲げる施設に該当する特定施設に係るものである場合において、当該特定施設に係る法第二十一条第一項の交付金の額が百二十億円を超えるものであるときは、前項各号中「三分の一」とあるのは「十分の三」と、同項第一号中「２／３」とあるのは「７／１０」として、同項の規定を適用するものとする。 ４ 法第二十一条第三項の規定による都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額が、当該事業のうち既に国土交通大臣が行った事業に要した費用で治水関係用途に係るものの額を超えるものであるときは、第二項中「当該負担金の額を控除した額。次項において同じ。）」とあるのは、「当該負担金の額を控除した額。次項において同じ。）に、当該特定施設の新築又は改築の工事で機構が承継した国の水資源開発事業に係るものにつき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額から、当該工事のうち既に国土交通大臣が行った工事に要した費用で治水関係用途に係るものの額を控除した額を加えて得た額」として、同項（前項において読み替えて適用する場合を含む。次項において同じ。）の規定を適用するものとする。 ５ 法第二十一条第三項の規定による都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該都道府県が当該事業に係る河川法第六十条第一項の負担金を納付しており、かつ、当該納付した額が、当該事業のうち既に国土交通大臣が行った事業につき同項の規定により当該都道府県が負担すべき負担金の額を超えているときは、当該都道府県の法第二十一条第三項の規定による負担金の額は、第二項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額から当該超えている額を控除した額とする。 ６ 法第二十一条第三項の規定による都道府県の負担金の納付の方法は、国土交通大臣が定めるところによる。 （特定施設の管理及び災害復旧工事に要する費用の範囲）第二十三条 法第二十二条第一項の特定施設の操作、維持、修繕その他の管理に要する費用の範囲は、操作費、維持修繕費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費とし、同項の特定施設についての災害復旧工事に要する費用の範囲は、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費とする。
２ 前項に規定する特定施設についての災害復旧工事に要する費用には、国土交通大臣が特別の事情があると認める応急工事費、応急工事に使用した材料で復旧工事に使用できるものに要した費用及び仮締切、瀬替えその他復旧工事に必要な仮設工事に要する費用を含むものとする。 （特定施設の管理及び災害復旧工事に係る交付金の額の算出方法）第二十四条 法第二十二条第一項の交付金の額は、次の式により算出した額とする。 ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣は、関係行政機関の長に協議して、別に法第二十二条第一項の交付金の額を定めることができる。
（特定施設の災害復旧工事に係る都道府県の負担金）第二十五条 法第二十二条第三項の規定により同条第一項の交付金の一部を負担する都道府県は、当該特定施設に係る法第二十一条第一項の交付金の一部を負担する都道府県とする。
２ 法第二十二条第三項の規定により都道府県が負担する負担金の額は、同条第一項の交付金（当該特定施設の災害復旧工事で公共土木施設災害復旧事業費国庫負担法（昭和二十六年法律第九十七号。以下この項、次条及び第四十二条の三第二項において「負担法」という。）第二条第一項に規定する災害に係るもの（次条第二号から第六号までに掲げるものを除く。）に要する費用に限る。）の額から事務取扱費の額を控除した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める割合を乗じて得た額とする。一 前項の都道府県が一である場合 当該都道府県についての負担法第四条第一項（負担法第四条の二の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定による国の負担率を一から減じた割合
二 前項の都道府県が二以上である場合 当該特定施設に関し国土交通大臣が第二十二条第二項第二号の規定により当該都道府県につき定める割合に当該都道府県についての負担法第四条第一項（負担法第四条の二の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定による国の負担率を一から減じた割合を乗じて得た割合
３ 法第二十二条第三項の規定による都道府県の負担金の納付の方法は、国土交通大臣が定めるところによる。 （負担法の災害復旧事業費の総額に含まれない費用）第二十六条 法第二十二条第五項の政令で定める費用は、次に掲げる災害復旧工事に要する費用とする。
一 負担法第二条第一項に規定する災害以外の災害に係るもの
二 一箇所の工事の費用が五百万円に満たないもの
三 工事の費用に比してその効果が著しく小さいもの
四 河川の埋そくに係るもの（維持上又は公益上特に必要と認められるものを除く。）
五 災害復旧工事以外の工事の施行中に生じた災害に係るもの
六 直高一メートル未満の小堤その他国土交通大臣が定める小規模な工作物に係るもの
（特定施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の負担金）第二十七条 法第二十四条第一項の規定により同項の流水をかんがいの用に供する者が負担する負担金の額は、国土交通大臣の定めるところにより、その者の受ける利益の程度に応じて、次の式により算出した額を都道府県知事が配分した金額及びその金額に対応する利息の額とする。
第二十八条 法第二十四条第一項の負担金は、元利均等年賦支払の方法（当該負担金の徴収を受ける者の申出があるときは、その負担金の全部又は一部について、一時支払の方法）により支払わせるものとする。
２ 前項の元利均等年賦支払の支払期間は、当該特定施設の新築又は改築の工事が完了した年度（当該特定施設の利用に係るかんがい施設の新設又は拡張であって機構の業務又は土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）による国営土地改良事業若しくは都道府県営土地改良事業として行われるものがある場合において、当該かんがい施設の新設又は拡張の工事が当該年度までに完了しないときは、当該かんがい施設の新設又は拡張の工事が完了した年度）の翌年度から起算して十五年を下らない範囲内で国土交通大臣が定める期間とし、その利子率は、当該特定施設の新築又は改築に要する費用の財源とされる借入金の利子率を基礎として国土交通大臣が定める率とする。 ただし、当該特定施設の新築又は改築の工事及び当該かんがい施設の新設又は拡張の工事が完了する以前において、当該特定施設を利用して流水をかんがいの用に供することにより受けるべき利益のすべてを受けている者があるときは、当該負担金に係る元利均等年賦支払の支払期間は、その利益のすべてが発生した年度の翌年度以後において都道府県知事が指定する年度から起算するものとする。 ３ 前二項に規定するもののほか、法第二十四条第一項の負担金の徴収に関し必要な事項は、当該負担金を徴収する都道府県知事が定めるものとする。 （水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の範囲）第二十九条 法第二十五条第一項の水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の範囲は、実施計画調査費、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（これらの費用につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。
（水道等負担金及び水道等撤退負担金）第三十条 法第二十五条第一項の規定により水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供する者が当該水資源開発施設の新築又は改築につき負担する負担金（以下「水道等負担金」という。）の額は、次に掲げる額を合算した額にその者に当該水資源開発施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額を加えた額並びにその額に対応する前条の利息の額とする。
一 水道又は工業用水道の用途に専ら供される施設（以下「水道等専用施設」という。）に係る費用の額（消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）。 この場合において、水道等専用施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供する者が二以上あるときは、当該費用の額に、当該二以上の者の特定多目的ダム方式負担割合の合計に対するその者の特定多目的ダム方式負担割合の割合を乗じて得た額とする。
イ 水道等専用施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）
ロ 法第十三条第一項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の水道等専用施設に係る費用の負担について次項の規定により算出した額
ハ 水道等専用施設に係る水資源開発施設が水道又は工業用水道の用途に専ら供されるものである場合において、法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
二 水道又は工業用水道の用途を含む二以上の用途に併せ供される施設（以下「水道等共同施設」という。）に係る費用の額（消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、その者の特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額
イ 水道等共同施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）
ロ 法第十三条第一項の事業実施計画の変更の場合であって当該変更前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の水道等共同施設に係る費用の負担について次項の規定により算出した額
ハ 法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
ニ 河川法第六十六条、第六十七条又は第六十八条第二項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額
ホ 水道等共同施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
２ 水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、水道又は工業用水道の用途に係る部分を縮小した者の水道等負担金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とし、法第二十五条第一項の規定により事業からの撤退をした者が当該水資源開発施設の新築又は改築につき負担する負担金（以下「水道等撤退負担金」という。）の額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。 ただし、これらにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。一 水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退のみがあった場合 イ又はロに掲げる額とハに掲げる額とを合算した額及びその額に対応する前条の利息の額
イ 水道等専用施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合にあっては、当該事業の縮小に係る不要支出額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）。
ロ 水道等専用施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合にあっては、当該事業の廃止までに水道等専用施設の新築又は改築に要した費用及び当該事業の廃止に伴い追加的に必要となる費用の額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）。
ハ 水道等共同施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合にあっては、次に掲げる額を合算した額（当該水道等共同施設に関し水道若しくは工業用水道の用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をした者が二以上あるときは、当該合算した額に、当該二以上の者のそれぞれが単独で当該用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合における（１）に掲げる額の合計額に対するその者が単独で当該用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合における（１）に掲げる額の割合を乗じて得た額）
二 水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退と併せて治水関係用途に係る部分の縮小又はかんがい排水の用途に係る部分の縮小があった場合 前号イ又はロに掲げる額と次の式により算出した額（水道等共同施設に関し水道若しくは工業用水道に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をした者が二以上あるときは、当該算出した額に、当該二以上の者のそれぞれが単独で当該用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合における同号ハ（１）に掲げる額の合計額に対するその者が単独で当該用途に係る部分を縮小し又は事業からの撤退をしたものと仮定した場合における同号ハ（１）に掲げる額の割合を乗じて得た額）とを合算した額及びその額に対応する前条の利息の額
３ 水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合において、流水を水道又は工業用水道の用に供する者の水道等共同施設に係る費用の負担についての第一項第二号に掲げる額に当該者に当該水道等共同施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額の合計額からその額に含まれる機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額を加えた額が、当該者の投資可能限度額（当該者が水道又は工業用水道の用途に係る部分を縮小したときは、当該者の当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該者の投資可能限度額）を超えるときは、当該者に係る水道等負担金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額及びその額に対応する前条の利息の額に相当する額を控除した額とする。 ４ 機構が承継した国の水資源開発事業に係る水道等負担金又は水道等撤退負担金の額は、当該水道等負担金又は水道等撤退負担金を負担すべき者が当該事業につき国に納付した金額があるときは、前三項の規定にかかわらず、これらの規定により算定した額から当該国に納付した額を控除した額とする。 ５ 法第三十五条の規定による補助金がある場合における水道等負担金又は水道等撤退負担金の額は、前各項の規定にかかわらず、これらに規定する額から当該補助金でその者に係るものの額を控除した額とする。第三十一条 水道等負担金の支払方法は、当該負担金の全部又は一部につき割賦支払、一時支払又は当該年度支払の方法のうちから、水道等撤退負担金の支払方法は、割賦支払又は一時支払の方法のうちから、機構が定めるものとする。
２ 機構は、前項の規定により割賦支払の方法によることとするときは、併せて支払期間及びその始期、元利支払の方法並びに利子率を定めなければならない。 ３ 機構は、第一項の規定により水道等負担金の一部を割賦支払、一時支払又は当該年度支払の方法によることとするときは、併せて当該方法により支払う部分（一時支払の方法にあっては、当該方法により支払う部分及びその支払時期）を定めなければならない。 ４ 機構は、前三項の規定により支払方法その他の事項を定めようとするときは、あらかじめ、水道等負担金又は水道等撤退負担金を負担すべき者と協議するとともに、国土交通大臣及び主務大臣の認可を受けなければならない。 これらを変更するときも、同様とする。 （水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合の負担金）第三十二条 水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合において、法第二十五条第二項の規定により流水を水道又は工業用水道の用に供しようとしていた者（当該事業の廃止前に事業からの撤退をした者を除く。以下この条において同じ。）が同項に規定する費用につき負担する負担金の額は、次に掲げる額を合算した額及びその額に対応する第二十九条の利息の額（法第三十五条の規定による補助金があるときは、当該補助金でその者に係るものの額を控除した額）とする。 ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。
一 水道等専用施設に係る費用の額（当該事業の廃止前に事業からの撤退をした者がある場合には、当該者の当該水道等専用施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額を控除した額）。 この場合において、水道等専用施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとしていた者が二以上あるときは、当該費用の額に、当該二以上の者の特定多目的ダム方式負担割合の合計に対するその者の特定多目的ダム方式負担割合の割合を乗じて得た額とする。
二 水道等共同施設に係る費用の額（次に掲げる費用の額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、その者の特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額
イ 当該事業の廃止前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の水道等共同施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額
ロ 河川法第六十六条、第六十七条又は第六十八条第二項の規定により機構以外の者が負担すべき費用の額
ハ 水道等共同施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
２ 前条第一項（水道等撤退負担金に係る部分に限る。）、第二項及び第四項の規定は、前項の負担金の支払方法について準用する。 この場合において、同条第四項中「水道等負担金又は水道等撤退負担金」とあるのは、「次条第一項の負担金」と読み替えるものとする。 （土地改良区負担金）第三十三条 法第二十五条第一項の規定により水資源開発施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該水資源開発施設の新築又は改築につき負担する負担金（以下「土地改良区負担金」という。）の額は、当該土地改良区の地区をその区域に含む都道府県に係る都道府県農業分担額（当該新築又は改築について法第三十五条の規定による補助金があるときは、当該補助金で当該都道府県に係るものの額を控除した額）から、当該新築又は改築についての法第二十六条第一項の規定による当該都道府県の負担金の額（第二十九条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額（当該都道府県の区域内にその地区がある土地改良区で土地改良区負担金を負担すべきものが二以上ある場合においては、その額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該水資源開発施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第二十九条の利息の額とする。
２ 前項の都道府県農業分担額は、法第二十六条第一項の規定により水資源開発施設の新築又は改築に要する費用を負担すべき都道府県ごとに定められるものとし、その都道府県ごとの額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。一 当該都道府県が一である場合 次に掲げる額を合算した額
イ かんがい排水の用途に専ら供される施設（以下「かんがい排水専用施設」という。）に係る費用の額（次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）
ロ かんがい排水の用途を含む二以上の用途に併せ供される施設（以下「かんがい排水等共同施設」という。）に係る費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、かんがい排水の用途に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額
二 当該都道府県が二以上ある場合 機構が当該都道府県の区域内の当該水資源開発施設による受益地の受益の程度を勘案し、かつ、当該都道府県知事と協議し、当該都道府県ごとに前号に定める額を分して定めた額
３ 水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（かんがい排水の用途に係る部分の縮小に伴う場合に限る。）における第一項の都道府県農業分担額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とする。 ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。一 かんがい排水の用途に係る部分の縮小のみがあった場合 次に掲げる額を合算した額
イ かんがい排水専用施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合にあっては、当該事業の縮小に係る不要支出額（第二十九条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）
ロ かんがい排水等共同施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合にあっては、次に掲げる額を合算した額
二 かんがい排水の用途に係る部分の縮小と併せて水道若しくは工業用水道の用途に係る部分の縮小又は事業からの撤退があった場合 前号イに掲げる額と次の式により算出した額とを合算した額
４ 水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、かんがい排水の用途について第二項第一号ロの規定により算出した額が、当該用途に係る投資可能限度額（かんがい排水の用途に係る部分の縮小があったときは、当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該用途に係る投資可能限度額）を超える場合には、第一項の都道府県農業分担額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額に相当する額を控除した額とする。 ５ 土地改良区負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき、当該土地改良区負担金を負担すべき土地改良区が土地改良法第九十条第四項の規定により都道府県に納付した額（当該土地改良区の組合員が同条第二項の規定により都道府県に納付した額を含む。以下「土地改良区等納付金」という。）があるときは、当該土地改良区負担金の額は、第一項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額から当該土地改良区等納付金を控除した額とする。第三十四条 土地改良区負担金の支払方法は、元利均等年賦支払の方法（据置期間中の各年度に係る利息については、当該年度支払の方法）とする。 ただし、当該負担金を負担する土地改良区の申出があるときは、その負担金の全部又は一部につき一時支払又は当該年度支払の方法によるものとする。
２ 前項の元利均等年賦支払の支払期間（据置期間を含む。）は、当該水資源開発施設の新築又は改築の工事が完了した年度の翌年度から起算して機構が定める期間とし、その利子率は、機構が定めるものとする。 ３ 機構は、前項の規定により支払期間及び利子率を定めようとするときは、あらかじめ、土地改良区負担金を負担する土地改良区と協議するとともに、国土交通大臣及び主務大臣の認可を受けなければならない。 これらを変更するときも、同様とする。 ４ 第二項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合には、当該各号に規定する部分の負担金についての元利均等年賦支払の支払期間は、それぞれ当該各号に定める年度から起算するものとする。一 水資源開発施設の新築又は改築の工事が完了する以前において、土地改良区負担金を負担する土地改良区の組合員のうち当該水資源開発施設により受けるべき利益のすべてを受けている者があり、かつ、当該土地改良区に当該土地改良区負担金のうちその利益のすべてを受けている者に係る部分の額を負担させることが適当であると主務大臣が認める場合 その利益のすべてが発生した年度の翌年度以降において主務大臣の指定する年度
二 水資源開発施設の新築又は改築の工事が完了する以前において、指定工事（当該新築又は改築の工事のうち早期に完了すべきものとして法第十三条第一項の事業実施計画においてあらかじめ指定した部分の工事をいう。以下この号及び次項において同じ。）が完了し、かつ、土地改良区負担金を負担する土地改良区に当該土地改良区負担金のうち当該指定工事に係る部分の額を負担させることが適当であると主務大臣が認める場合 当該指定工事が完了した年度の翌年度以降において主務大臣の指定する年度
三 水資源開発施設の新築又は改築の工事が完了する以前において、土地改良区負担金を負担する土地改良区から既に完了した部分の工事に係る部分の負担金の支払を開始したい旨の申出があり、かつ、当該申出に係る部分の工事の規模等からみて当該申出に係る部分の負担金を他の負担金の部分と分けて支払わせることが適当であると主務大臣が認める場合（前二号に掲げる場合を除く。） 当該土地改良区が支払期間の始期として申し出た年度
５ 前項第二号の規定により指定工事を指定する場合には、法第十三条第一項の事業実施計画において、当該指定工事に関し、施設の位置及び概要、受益地の区域、工期並びに費用及びその負担方法を記載しなければならない。 ６ 第二項の規定にかかわらず、土地改良区負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業を行うにつき国が要した費用のうちに国が一般会計において支出した費用（国庫が負担すべきものを除く。）があるときは、当該土地改良区負担金のうちその費用の額に応じ主務大臣が定めた額の負担金の利子率は、国債の利率を基礎として主務大臣が定める率とする。 （水資源開発施設等の管理及び災害復旧工事に要する費用の範囲）第三十五条 法第二十五条第一項の水資源開発施設の管理に要する費用及び同条第三項の愛知豊川用水施設の管理に要する費用の範囲は、操作費、維持修繕費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（これらの費用につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とし、同条第一項の水資源開発施設についての災害復旧工事に要する費用及び同条第三項の愛知豊川用水施設についての災害復旧工事に要する費用の範囲は、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費（これらの費用につき支払うべき利息があるときは、当該利息を含む。）とする。
２ 第二十三条第二項の規定は、前項の災害復旧工事に要する費用について準用する。 この場合において、同条第二項中「国土交通大臣」とあるのは、「主務大臣」と読み替えるものとする。 （水資源開発施設等の管理及び災害復旧工事に要する費用の負担）第三十六条 法第二十五条第一項の規定により水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供する者が当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、次の式により算出した額にその者のために行う当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事につき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額を加えた額並びにその額に対応する前条第一項の利息の額とする。 ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、主務大臣は、関係行政機関の長に協議し、かつ、当該負担金を負担する者の意見を聴いて、別に負担金の額を定めることができる。
２ 法第二十五条第三項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道又は工業用水道の用に供する者が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、次の式により算出した額にその者のために行う当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額を加えた額並びにその額に対応する前条第一項の利息の額とする。第三十七条 前条の規定により水資源開発施設又は愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の支払方法については、第三十一条（水道等負担金に係る部分に限る。）の規定を準用する。
第三十八条 法第二十五条第一項の規定により水資源開発施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、次の式により算出した額（当該土地改良区の地区を含む都道府県の区域内に当該管理又は災害復旧工事についての同項の規定による負担金を負担すべき土地改良区が二以上ある場合においては、当該算出した額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該水資源開発施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
２ 法第二十五条第三項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の組織する土地改良区が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額は、当該土地改良区の地区をその区域に含む県に係る災害復旧工事等県農業分担額（当該管理又は災害復旧工事について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）から、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十六条第一項の規定による当該県の負担金の額（第三十五条第一項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額（当該県の区域内にその地区のある土地改良区で当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第三項の規定による負担金を負担すべきものが二以上ある場合においては、その額に、それぞれの土地改良区の組合員が当該愛知豊川用水施設により受ける利益を勘案して、当該土地改良区につき機構が定める割合を乗じて得た額）及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。 ３ 前項の災害復旧工事等県農業分担額は、法第二十六条第一項の規定により愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき県ごとに定められるものとし、その県ごとの額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額とする。一 当該県が一である場合 当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に要する費用で第三十五条に規定するものの額（同条第一項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）から、法第二十五条第三項の規定により愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道又は工業用水道の用に供する者が当該愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事につき負担する負担金の額（第三十五条第一項の利息の額があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除するほか、その者が法附則第十条に規定する契約により負担する費用があるときは、当該費用の額（当該費用に利息があるときは、当該利息の額を控除した額）を控除した額
二 当該県が二以上ある場合 機構が当該県の区域内の当該愛知豊川用水施設による受益地の受益の程度を勘案し、かつ、当該県知事と協議して、当該県ごとに前号の額を按分して定めた額
４ 第三十四条第一項から第三項までの規定は、第一項又は第二項の負担金の支払方法について準用する。 この場合において、同条第三項中「土地改良区負担金」とあるのは、「第三十八条第一項又は第二項の負担金」と読み替えるものとする。 （かんがい排水に係る都道府県の負担金）第三十九条 法第二十六条第一項の都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の新築又は改築に係るものの額は、当該都道府県に係る第三十三条第一項の都道府県農業分担額（同条第三項に規定する場合にあっては、農林水産大臣が当該都道府県知事の意見を聴いて定める額に限り、当該新築又は改築について法第三十五条の規定による補助金があるときは、第五十三条第三項の規定により算定された補助金で当該都道府県に係るものの額を控除した額）に百分の六十九（当該都道府県が、当該新築又は改築についての法第二十五条第一項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額（当該都道府県が適用団体である場合には、第五十三条第四項の規定により加算される補助金の額で当該都道府県に係るものの額を控除した額）及びその額に対応する第二十九条の利息の額とする。
２ 前項に規定する都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき土地改良区等納付金があるときは、当該都道府県の負担金の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に当該土地改良区等納付金を加算した額とする。 ３ 第一項に規定する都道府県の負担金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合において、当該事業につき当該都道府県が国に納付した金額があるときは、当該都道府県の負担金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から当該国に納付した額を控除した額とする。 ４ 第三十四条第一項から第五項までの規定は、第一項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。 この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、並びに同条第三項及び第四項第三号中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは「第三十九条第一項から第三項までの負担金を負担する都道府県」と、同号中「当該土地改良区」とあるのは「当該都道府県」と読み替えるものとする。 ５ 法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の新築又は改築に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。第四十条 法第二十六条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、次の式により算出した額に百分の五十（当該都道府県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第一項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
２ 前項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合は、当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に対する当該都道府県に係る第三十三条第一項の都道府県農業分担額の割合とする。 ただし、その割合によることが、当該水資源開発施設に係る他の用途との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係行政機関の長と協議して別に定める割合、法第二十六条第一項の規定により当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき他の都道府県との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係都道府県知事の意見を聴いて別に定める割合とする。一 当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用に係る第二十九条の利息の額
二 当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）
三 当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該水資源開発施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（第一号に掲げる額を除く。）
四 法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
３ 第三十四条第一項から第三項までの規定は、第一項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。 この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第三項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第四十条第一項の負担金を負担する都道府県」と読み替えるものとする。 ４ 法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。第四十一条 法第二十六条第一項の規定により県に負担させる負担金で愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、管理に係るものにあっては第一号に掲げる額に、災害復旧工事に係るものにあっては第二号に掲げる額に、それぞれ百分の五十（当該県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第三項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
一 当該愛知豊川用水施設の管理に係る第三十八条第二項の災害復旧工事等県農業分担額のうち、農林水産大臣が当該県知事の意見を聴いて定める施設の管理に要する費用に対応する部分の額（その施設の管理について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）
二 当該愛知豊川用水施設の災害復旧工事に係る第三十八条第二項の災害復旧工事等県農業分担額（当該災害復旧工事について国の補助金があるときは、当該補助金で当該県に係るものの額を控除した額）
２ 第三十四条第一項から第三項までの規定は、前項の県の負担金の支払方法について準用する。 この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第三項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第四十一条第一項の負担金を負担する県」と読み替えるものとする。 ３ 法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で愛知豊川用水施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。 （受益者負担金の徴収を受ける者の範囲及び徴収の方法）第四十二条 法第二十七条の負担金を徴収する場合における負担金の徴収を受ける者の範囲及び徴収の方法については、特定多目的ダム法施行令第十一条の二から第十一条の五までの規定により特定多目的ダム法（昭和三十二年法律第三十五号）第九条第一項の負担金を徴収する場合の例による。
（特定河川工事に要する費用の範囲等）第四十二条の二 法第三十条の二第一項の費用の範囲は、次の各号に掲げる費用の区分に応じ、当該各号に定めるものとする。
一 河川管理施設の改築に要する費用 実施計画調査費、本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費
二 河川管理施設の修繕に要する費用 維持修繕費、事務取扱費及び附属諸費
三 河川管理施設の災害復旧工事に要する費用 本工事費、附帯工事費、用地費、補償費、機械器具費、事務取扱費及び附属諸費
２ 前項第三号に規定する費用には、国土交通大臣が特別の事情があると認める応急工事費、応急工事に使用した材料で復旧工事に使用できるものに要した費用及び仮締切、瀬替えその他復旧工事に必要な仮設工事に要する費用を含むものとする。 ３ 法第三十条の二第四項の規定により都道府県又は指定都市が支払うべき額（二級河川の修繕に係るものを除く。）は、第一項の費用の額（第十七条の三第三項に規定する負担金があるときは、当該負担金の額を控除した額。以下この項において「負担基本額」という。）から、当該都道府県又は指定都市を統括する都道府県知事等が自ら特定河川工事を行うこととした場合に国が当該負担基本額を基準として当該都道府県又は指定都市に交付すべき負担金又は補助金の額を控除した額とする。 ４ 法第三十条の二第四項の規定により都道府県又は指定都市が支払うべき額（二級河川の修繕に係るものに限る。）は、第一項の費用の額（河川法第六十七条、第六十八条第二項又は第七十条の二第一項の規定に基づく負担金があるときは、当該負担金の額を控除した額）に相当する額とする。 ５ 法第三十条の二第四項の規定による支払の方法は、機構が都道府県知事等と協議して定めるものとする。 （特定河川工事の実施に要する費用について適用する法律の規定）第四十二条の三 法第三十条の二第三項の規定により機構を補助事業者等とみなして適用する補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）の規定は、同法第十条第三項及び第二十五条の規定以外の規定とする。
２ 法第三十条の二第三項の規定により機構を地方公共団体とみなして適用する負担法の規定は、負担法第三条から第四条の二まで、第九条第二項、第十一条第三項及び第十三条の規定以外の規定とする。第四章 水資源債券
（形式）第四十三条 水資源債券は、無記名利札付きとする。
（発行の方法）第四十四条 水資源債券の発行は、募集の方法による。
（水資源債券申込証）第四十五条 水資源債券の募集に応じようとする者は、水資源債券申込証に、その引き受けようとする水資源債券の数並びにその氏名又は名称及び住所を記載しなければならない。
２ 社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号。以下「社債等振替法」という。）の規定の適用がある水資源債券（次条第二項において「振替水資源債券」という。）の募集に応じようとする者は、前項の記載事項のほか、自己のために開設された当該水資源債券の振替を行うための口座（同条第二項において「振替口座」という。）を水資源債券申込証に記載しなければならない。 ３ 水資源債券申込証は、機構が作成し、これに次に掲げる事項を記載しなければならない。一 水資源債券の名称
二 水資源債券の総額
三 各水資源債券の金額
四 水資源債券の利率
五 水資源債券の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 水資源債券の発行の価額
八 社債等振替法の規定の適用があるときは、その旨
九 社債等振替法の規定の適用がないときは、無記名式である旨
十 募集又は管理の委託を受けた会社があるときは、その商号
（引受け）第四十六条 前条の規定は、政府若しくは地方公共団体が水資源債券を引き受ける場合又は水資源債券の募集の委託を受けた会社が自ら水資源債券を引き受ける場合においては、その引き受ける部分については、適用しない。
２ 前項の場合において、振替水資源債券を引き受ける政府若しくは地方公共団体又は振替水資源債券の募集の委託を受けた会社は、その引受けの際に、振替口座を機構に示さなければならない。 （成立の特則）第四十七条 水資源債券の応募総額が水資源債券の総額に達しないときでも水資源債券を成立させる旨を水資源債券申込証に記載したときは、その応募額をもって水資源債券の総額とする。
（払込み）第四十八条 水資源債券の募集が完了したときは、機構は、遅滞なく、各水資源債券についてその全額の払込みをさせなければならない。
（債券の発行）第四十九条 機構は、前条の払込みがあったときは、遅滞なく、債券を発行しなければならない。 ただし、水資源債券につき社債等振替法の規定の適用があるときは、この限りでない。
２ 各債券には、第四十五条第三項第一号から第六号まで、第九号及び第十号に掲げる事項並びに番号を記載し、機構の理事長がこれに記名押印しなければならない。 （水資源債券原簿）第五十条 機構は、主たる事務所に水資源債券原簿を備えて置かなければならない。
２ 水資源債券原簿には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 水資源債券の発行の年月日
二 水資源債券の数（社債等振替法の規定の適用がないときは、水資源債券の数及び番号）
三 第四十五条第三項第一号から第六号まで、第八号及び第十号に掲げる事項
四 元利金の支払に関する事項
（利札が欠けている場合）第五十一条 水資源債券を償還する場合において、欠けている利札があるときは、これに相当する金額を償還額から控除する。 ただし、既に支払期が到来した利札については、この限りでない。
２ 前項の利札の所持人がこれと引換えに控除金額の支払を請求したときは、機構は、これに応じなければならない。 （発行の認可）第五十二条 機構は、法第三十二条第一項の規定により水資源債券の発行の認可を受けようとするときは、水資源債券の募集の日の二十日前までに次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
一 水資源債券の発行を必要とする理由
二 第四十五条第三項第一号から第八号までに掲げる事項
三 水資源債券の募集の方法
四 水資源債券の発行に要する費用の概算額
五 第二号に掲げるもののほか、債券に記載しようとする事項
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 作成しようとする水資源債券申込証
二 水資源債券の発行により調達する資金の使途を記載した書面
三 水資源債券の引受けの見込みを記載した書面
第五章 補助金
第五十三条 水道に係る法第三十五条の規定による補助金の額は、当該水資源開発施設を利用して流水を水道の用に供し、又は供しようとしていた者について第三十条第一項から第三項まで又は第三十二条第一項の規定により算出した額（第三十条第二項又は第三十二条第一項の規定により算出した額にあっては、国土交通大臣が財務大臣と協議して定める額に限る。）から当該補助金の交付の決定の日までに本工事費、附帯工事費、用地費及び補償費につき生ずる第二十九条の利息以外の利息の額を控除した額を基礎とし、国土交通大臣が財務大臣と協議して定める基準により算定した額を合算した額の三分の一の額とする。 ただし、当該水資源開発施設を利用して流水を水道の用に供する者につき、その者の負担すべき同項の負担金を減ずる必要があると認められる特別の事情がある場合は、二分の一の額とする。
２ 工業用水道に係る法第三十五条の規定による補助金の額は、当該水資源開発施設を利用して流水を工業用水道の用に供し、又は供しようとしていた者について第三十条第一項から第三項まで又は第三十二条第一項の規定により算出した額（第三十条第二項又は第三十二条第一項の規定により算出した額にあっては、経済産業大臣が財務大臣と協議して定める額に限る。）から当該補助金の交付の決定の日までに本工事費、附帯工事費、用地費及び補償費につき生ずる第二十九条の利息以外の利息の額を控除した額を合算した額の百分の四十以内の額とする。 ３ かんがい排水に係る法第三十五条の規定による補助金で水資源開発施設（かんがい特定施設を除く。）の新築又は改築に係るものの額は、法第二十六条第一項の規定により当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用を負担すべき都道府県に係る第三十三条第一項の都道府県農業分担額（同条第三項に規定する場合にあっては、農林水産大臣が財務大臣と協議して定める額に限る。次項において同じ。）を合算した額に、百分の七十を超えない範囲内で農林水産大臣が財務大臣と協議して定める割合を乗じて得た額とする。 ４ 前項の水資源開発施設の新築又は改築につき法第二十六条第一項の規定により当該新築又は改築に要する費用を負担する都道府県に適用団体であるものがある場合においては、前項の規定による補助金の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により算定した額に、次の式により算出した額を加算した額とする。 ただし、その額を加算したことにより、当該適用団体である都道府県について第三十九条第一項の規定により算出された負担金の額（第二十九条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）の当該適用団体である都道府県に係る都道府県農業分担額に対する割合が十分の一以下となる場合においては、当該適用団体である都道府県に係る加算額は、当該割合が十分の一となるように算定される額とする。 ５ 第三項に規定する補助金が機構が承継した国の水資源開発事業に係るものである場合においては、当該補助金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算定された額から、当該機構が承継した国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用の額のうち農林水産大臣が財務大臣と協議して定める額を控除した額とする。 ６ かんがい排水に係る法第三十五条の規定による補助金で当該水資源開発施設（かんがい特定施設を除く。）の災害復旧工事に係るものの額は、法第二十六条第一項の規定により当該水資源開発施設の災害復旧工事に要する費用を負担すべき都道府県ごとに当該費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、当該都道府県が同項の規定により負担すべき当該水資源開発施設の災害復旧工事に要する費用に係る第三十五条第一項の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）に当該都道府県に係る第四十条第一項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合を乗じて得た額を合算した額に、百分の六十五以上において農林水産大臣が財務大臣と協議して定める割合を乗じて得た額とする。 ７ 前各項に規定する補助金の交付の方法は、第一項に規定する補助金に係るものにあっては国土交通大臣、第二項に規定する補助金に係るものにあっては経済産業大臣、第三項から前項までに規定する補助金に係るものにあっては農林水産大臣が定める。第五十四条 法第三十五条の規定による補助金で愛知豊川用水施設の災害復旧工事に係るものの額は、法第二十六条第一項の規定により当該愛知豊川用水施設の災害復旧工事に要する費用を負担すべき県ごとの第三十八条第二項の災害復旧工事等県農業分担額を合算した額に、百分の六十五以上において農林水産大臣が財務大臣と協議して定める割合を乗じて得た額とする。
２ 前項に規定する補助金の交付の方法は、農林水産大臣が定める。第六章 雑則
（主務大臣等）第五十五条 法第三十七条第二項第二号の政令で定める多目的用水路は、法第二条第四項の多目的ダムと一体として新築、改築、管理その他の業務が行われる多目的用水路とする。
２ 法第三十七条第二項第四号に規定する業務に関する主務大臣は、当該業務の目的に従って、当該業務の対象となる施設ごとに、農林水産省令・経済産業省令・国土交通省令で定めるところにより、農林水産大臣、経済産業大臣又は国土交通大臣とする。 （他の法令の準用）第五十六条 次の法令の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。
一 建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第十八条（同法第八十七条第一項、第八十七条の四、第八十八条第一項から第三項まで又は第九十条第三項において準用する場合を含む。）
二 土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）第十一条第一項ただし書、第十五条第一項、第十七条第一項第一号（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第二十一条（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第八十二条第五項及び第六項（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第八十三条第三項（同法第八十四条第三項（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）及び第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）、第百二十二条第一項ただし書（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）並びに第百二十五条第一項ただし書（同法第百三十八条第一項において準用する場合を含む。）
三 森林法（昭和二十六年法律第二百四十九号）第十条の二第一項第一号
四 自然公園法（昭和三十二年法律第百六十一号）第六十八条第一項、第三項及び第四項並びに第七十九条第二項
五 公共用地の取得に関する特別措置法（昭和三十六年法律第百五十号）第五条ただし書（同法第四十五条において準用する場合を含む。）及び同法第八条（同法第四十五条において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第二十一条
六 宅地造成及び特定盛土等規制法（昭和三十六年法律第百九十一号）第十五条第一項（同法第十六条第三項において準用する場合を含む。）及び第三十四条第一項（同法第三十五条第三項において準用する場合を含む。）
七 河川法第九十五条（同法第百条第一項において準用する場合を含む。）
八 首都圏近郊緑地保全法（昭和四十一年法律第百一号）第七条第三項
九 近畿圏の保全区域の整備に関する法律（昭和四十二年法律第百三号）第八条第三項
十 都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第五十二条第三項、第五十八条の七第一項、第五十九条第三項、第六十三条第一項及び第八十条第一項
十一 急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律（昭和四十四年法律第五十七号）第七条第四項及び第十三条
十二 林業種苗法（昭和四十五年法律第八十九号）第三十一条
十三 自然環境保全法（昭和四十七年法律第八十五号）第二十一条（同法第三十条において準用する場合を含む。）、第二十五条第十項第三号、第二十六条第三項第五号、第二十七条第九項第三号、第二十八条第六項第四号及び第五十条
十四 都市緑地法（昭和四十八年法律第七十二号）第八条第七項及び第八項、第十四条第八項並びに第三十七条第二項
十五 集落地域整備法（昭和六十二年法律第六十三号）第六条第一項第三号
十六 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成四年法律第七十五号）第十二条第一項第八号及び第五十四条
十七 大深度地下の公共的使用に関する特別措置法（平成十二年法律第八十七号）第九条において準用する土地収用法第十一条第一項ただし書及び第十五条第一項並びに大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第十一条第一項第一号、第十八条及び第三十九条ただし書
十八 建設工事に係る資材の再資源化等に関する法律（平成十二年法律第百四号）第十一条
十九 特定都市河川浸水被害対策法（平成十五年法律第七十七号）第三十五条（同法第三十七条第四項及び第三十九条第四項において準用する場合を含む。）
二十 景観法（平成十六年法律第百十号）第十六条第五項及び第六項、第二十二条第四項並びに第六十六条第一項から第三項まで及び第五項
二十一 不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）第十六条及び第百十五条から第百十七条まで（これらの規定を船舶登記令（平成十七年政令第十一号）第三十五条第一項及び第二項において準用する場合を含む。）並びに第百十八条第二項（同条第三項において準用する場合を含む。）
二十二 高齢者、障害者等の移動等の円滑化の促進に関する法律（平成十八年法律第九十一号）第十五条第二項
二十三 地域における歴史的風致の維持及び向上に関する法律（平成二十年法律第四十号）第十五条第六項及び第七項並びに第三十三条第一項第三号
二十四 建築物のエネルギー消費性能の向上等に関する法律（平成二十七年法律第五十三号）第十三条、第十四条第二項、第十六条第三項、第二十条及び附則第三条第七項から第九項まで
二十五 所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法（平成三十年法律第四十九号）第六条ただし書、第八条第一項並びに第四十三条第三項及び第五項並びに同法第三十五条第一項（同法第三十七条第四項において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第八十四条第三項において準用する同法第八十三条第三項
二十六 農業用ため池の管理及び保全に関する法律（平成三十一年法律第十七号）第四条第一項及び第四項並びに第八条第三項
二十七 都市計画法施行令（昭和四十四年政令第百五十八号）第三十六条の五、第三十六条の九、第三十七条の二及び第三十八条の三
二十八 文化財保護法施行令（昭和五十年政令第二百六十七号）第四条第五項及び第六項第一号
二十九 大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法施行令（昭和五十年政令第三百六号）第三条及び第十一条
三十 地方拠点都市地域の整備及び産業業務施設の再配置の促進に関する法律施行令（平成四年政令第二百六十六号）第六条
三十一 被災市街地復興特別措置法施行令（平成七年政令第三十六号）第三条
三十二 不動産登記令（平成十六年政令第三百七十九号）第七条第一項第六号（同令別表の七十三の項に係る部分に限る。）及び第二項並びに第十六条第四項、第十七条第二項、第十八条第四項及び第十九条第二項（これらの規定を船舶登記令第三十五条第一項及び第二項において準用する場合を含む。）
三十三 景観法施行令（平成十六年政令第三百九十八号）第二十二条第二号（同令第二十四条において準用する場合を含む。）
三十四 船舶登記令第十三条第一項第五号（同令別表一の三十二の項に係る部分に限る。）及び第二項並びに第二十七条第一項第四号（同令別表二の二十二の項に係る部分に限る。）及び第二項
２ 前項の規定により次の表の上欄に掲げる法令の規定を準用する場合においては、これらの規定中の字句で同表の中欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄の字句と読み替えるものとする。第五十七条 勅令及び政令以外の命令であって国土交通省令で定めるものについては、国土交通省令で定めるところにより、機構を国の行政機関とみなして、これらの命令を準用する。
（事務の区分）第五十八条 第二十七条並びに第二十八条第二項ただし書及び第三項の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
附則
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。 ただし、附則第八条から第四十三条までの規定及び附則第四十四条の規定（国土交通省組織令（平成十二年政令第二百五十五号）第七十八条第四号の改正規定に係る部分に限る。）は、平成十五年十月一日から施行する。
（承継資産に係る評価委員の任命等）
第二条 法附則第二条第七項の評価委員は、次に掲げる者につき国土交通大臣が任命する。 法附則第二条第七項の規定による評価は、同項の評価委員の過半数の一致によるものとする。 法附則第二条第七項の規定による評価に関する庶務は、国土交通省土地・水資源局水資源部水資源政策課において処理する。
（承継した積立金の処分）
第三条 機構は、法附則第二条第九項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち国土交通大臣の承認を受けた金額を、機構の成立後最初の通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この項において「中期目標の期間」という。）に係る通則法第三十条第一項の認可を受けた中期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該最初の中期目標の期間における法第十二条及び附則第四条第一項に規定する業務の財源に充てることができる。 国土交通大臣は、前項の規定による承認をしようとするときは、あらかじめ、国土交通省の独立行政法人評価委員会の意見を聴くとともに、主務大臣（国土交通大臣を除く。）及び財務大臣に協議しなければならない。
（水資源開発公団の解散の登記の嘱託等）
第四条 法附則第二条第一項の規定により水資源開発公団（以下「公団」という。）が解散したときは、国土交通大臣は、遅滞なく、その解散の登記を登記所に嘱託しなければならない。 登記官は、前項の規定による嘱託に係る解散の登記をしたときは、その登記用紙を閉鎖しなければならない。
（土地改良区負担金等の支払方法の特例）
第五条 特定施設以外の水資源開発施設（かんがい排水の用途に供される施設を含むものに限る。以下「かんがい排水等施設」という。）の新築又は改築の工事で当該かんがい排水等施設を利用して流水をかんがいの用に供する者の農業経営の状況からみて当該新築又は改築の工事に係る土地改良区負担金の全部又は一部を元利均等年賦支払以外の年賦支払の方法により支払わせることを相当と認めて主務大臣が指定するものについての第三十四条第一項及び第二項（第三十九条第四項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、当分の間、これらの規定中「元利均等年賦支払」とあるのは、「主務大臣の定める年賦支払」とする。
（土地改良区負担金等の支払期間の始期の特例）
第六条 主務大臣は、当分の間、第三十四条第二項（第三十九条第四項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、水資源開発公団法施行令の一部を改正する政令（平成二年政令第三百十八号。次項において「平成二年改正令」という。）の施行の際現に公団が行っていたかんがい排水等施設の新築又は改築の工事であって法附則第二条第一項の規定により機構が承継して行うものにつきその一部が完了した場合において、当該新築又は改築の工事に係る土地改良区負担金及び法第二十六条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金のうちその完了した工事の部分に応ずる負担金の部分を当該新築又は改築の工事が完了する以前に負担させることが適当であると認めるときは、当該新築又は改築の工事の一部が完了した年度の翌年度以降の年度を当該負担金の部分についての支払期間の始期として指定することができる。 この場合には、主務大臣は、あらかじめ、当該土地改良区及び当該都道府県の同意を得なければならない。 都道府県は、当分の間、第三十九条第五項の規定にかかわらず、平成二年改正令の施行の際現に公団が行っていたかんがい排水等施設の新築又は改築の工事であって法附則第二条第一項の規定により機構が承継して行うものにつきその一部が完了した場合において、当該新築又は改築の工事に係る法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金のうちその完了した工事の部分に応ずる負担金の部分を当該新築又は改築の工事が完了する以前に負担させることが適当であると認めるときは、当該新築又は改築の工事の一部が完了した年度の翌年度以降の年度を当該負担金の部分についての支払期間の始期として指定することができる。 この場合には、当該都道府県は、あらかじめ、当該市町村の同意を得なければならない。
（国の無利子貸付け等）
第七条 法附則第五条第二項の規定により国が機構に対し貸付けを行った場合は、第三十条第五項、第三十八条第一項及び第四十条第一項中「補助金がある場合」とあるのは「補助金又は法附則第五条第二項の規定による貸付金について償還すべき金額（同条第七項に規定する場合にあっては、同項の規定により償還が行われたものとみなされるまでの間における当該償還に係る金額を含む。以下この項において同じ。）がある場合」と、「当該補助金」とあるのは「当該補助金又は当該償還すべき金額」と、第三十二条第一項後段、第三十三条第一項、第三十八条第二項並びに第四十一条第一項第一号及び第二号中「補助金があるときは、当該補助金」とあるのは「補助金があるとき、又は法附則第五条第二項の規定による貸付金について償還すべき金額（同条第七項に規定する場合にあっては、同項の規定により償還が行われたものとみなされるまでの間における当該償還に係る金額を含む。以下この項において同じ。）があるときは、当該補助金又は当該償還すべき金額」と、第三十九条第一項中「補助金があるときは、第五十三条第三項の規定により算定された補助金」とあるのは「補助金又は法附則第五条第二項の規定による貸付金について償還すべき金額（同条第七項に規定する場合にあっては、同項の規定により償還が行われたものとみなされるまでの間における当該償還に係る金額を含む。以下この項において同じ。）があるときは、当該補助金又は当該償還すべき金額のうち第五十三条第三項の規定により算出された額に相当するもの」と、「第五十三条第四項の規定により加算される補助金の額」とあるのは「当該補助金又は当該償還すべき金額のうち第五十三条第四項の規定により加算される額に相当するもの」とする。 法附則第五条第三項の政令で定める期間は、五年（二年の据置期間を含む。）とする。 前項の期間は、日本電信電話株式会社の株式の売払収入の活用による社会資本の整備の促進に関する特別措置法（昭和六十二年法律第八十六号）第五条第一項の規定により読み替えて準用される補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第六条第一項の規定による貸付けの決定（以下「貸付決定」という。）ごとに、当該貸付決定に係る法附則第五条第一項及び第二項の規定による国の貸付金（以下「国の貸付金」という。）の交付を完了した日（その日が当該貸付決定があった日の属する年度の末日の前日以後の日である場合には、当該年度の末日の前々日）の翌日から起算する。 国の貸付金の償還は、均等年賦償還の方法によるものとする。 国は、国の財政状況を勘案し、相当と認めるときは、国の貸付金の全部又は一部について、前三項の規定により定められた償還期限を繰り上げて償還させることができる。 法附則第五条第七項の政令で定める場合は、前項の規定により償還期限を繰り上げて償還を行った場合とする。
（水資源開発公団法施行令及び水資源開発債券令の廃止）
第八条 次に掲げる政令は、廃止する。
（水資源開発公団法施行令の廃止に伴う経過措置）
第九条 前条の規定による廃止前の水資源開発公団法施行令（以下「旧水公団法施行令」という。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、この政令中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
第十条 附則第八条の規定の施行前に公団が旧水公団法施行令第九条第一項の規定により作成した河川法第十四条第一項の操作規則は、法第十六条の規定により作成された施設管理規程の一部とみなす。
第十一条 附則第八条の規定の施行前に旧水公団法施行令第二十一条第二項の規定により算出した額に乗ずべき割合が百分の十を超えるものとされていた流水をかんがいの用に供する者の負担金の額については、第二十七条中「１／１０」とあるのは、「附則第八条の規定による廃止前の水資源開発公団法施行令第二十一条第二項に規定する算出した額に乗ずべき割合」として、同項の規定を適用する。
第十二条 附則第八条の規定の施行前に次の表の上欄に掲げる規定により国土交通大臣及び主務大臣が定めた負担金の支払期間、利子率その他支払方法に関する事項は、それぞれ、同条の規定の施行後においても、機構がこれらに代わるものとして同表の下欄に掲げる規定により負担金の支払期間、利子率その他支払方法に関する事項を定めるまでの間は、なおその効力を有する。 前項の規定にかかわらず、附則第八条の規定の施行前に旧水公団法施行令附則第六項の規定により主務大臣が指定したかんがい排水等施設の新築又は改築の工事については、同項の規定により読み替えて適用する旧水公団法施行令第二十四条の二第五項本文（旧水公団法施行令第二十六条の三第四項において準用する場合を含む。）に規定する支払期間を、第三十四条第二項（第三十九条第四項において準用する場合を含む。）の規定に基づき機構が定めた支払期間とみなす。
第十三条 附則第八条の規定の施行前に旧水公団法施行令第二十四条の二第二項の規定により主務大臣が定めた都道府県農業分担額の都道府県ごとの按分額は、第三十三条第二項第二号の規定により機構が定めたものとみなす。 附則第八条の規定の施行前に旧水公団法施行令第二十六条の二第三項の規定により農林水産大臣が定めた災害復旧工事等県農業分担額の県ごとの按分額は、第三十八条第三項第二号の規定により機構が定めたものとみなす。
（水資源開発債券令の廃止に伴う経過措置）
第十四条 公団が法附則第六条の規定による廃止前の水資源開発公団法（昭和三十六年法律第二百十八号）第三十九条第一項の規定により発行した水資源開発債券に係る水資源開発債券原簿及び利札の取扱いについては、附則第八条の規定の施行後においても、同条の規定による廃止前の水資源開発債券令第八条及び第九条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、同令第八条第一項中「公団は、主たる事務所に」とあるのは「独立行政法人水資源機構は、その水資源開発債券原簿に係る水資源開発債券の償還及びその利息の支払を完了するまでの間、主たる事務所に」と、同条第二項第三号中「第三条第二項第一号」とあるのは「独立行政法人水資源機構法施行令附則第八条の規定による廃止前の水資源開発債券令第三条第二項第一号」と、同令第九条第二項中「公団」とあるのは「独立行政法人水資源機構」とする。
（平成二十二年度の特例）
第十五条 平成二十二年度における法第二十二条第三項の規定により都道府県が負担する負担金の額は、第二十五条第二項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次に掲げる設備の更新又は工事に係る法第二十二条第一項の交付金の額から事務取扱費を控除した額に、第二十五条第一項の都道府県が一である場合にあっては百分の四十五を、同項の都道府県が二以上である場合にあっては当該特定施設に関し国土交通大臣が第二十二条第二項第二号の規定により当該都道府県につき定める割合に百分の四十五を乗じて得た割合を、乗じて得た額を加えた額とする。
附則（平成一六年二月二五日政令第二七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
附則（平成一六年四月二一日政令第一六八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日（平成十六年五月十五日）から施行する。
附則（平成一六年一二月一五日政令第三九六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、都市緑地保全法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成十六年十二月十七日。以下「施行日」という。）から施行する。
（処分、手続等の効力に関する経過措置）
第四条 改正法附則第二条から第五条まで及び前二条に規定するもののほか、施行日前に改正法による改正前のそれぞれの法律又はこの政令による改正前のそれぞれの政令の規定によってした処分、手続その他の行為であって、改正法による改正後のそれぞれの法律又はこの政令による改正後のそれぞれの政令に相当の規定があるものは、これらの規定によってした処分、手続その他の行為とみなす。
附則（平成一六年一二月一五日政令第三九九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、景観法の施行の日（平成十六年十二月十七日）から施行する。
附則（平成一七年二月一八日政令第二四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。
附則（平成一七年四月一日政令第一一八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
附則（平成一七年五月二五日政令第一八二号）
この政令は、景観法附則ただし書に規定する規定の施行の日（平成十七年六月一日）から施行する。附則（平成一七年七月二九日政令第二六二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、農業経営基盤強化促進法等の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年九月一日）から施行する。
附則（平成一八年六月八日政令第二一三号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
附則（平成一八年一二月八日政令第三七九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日（平成十八年十二月二十日）から施行する。
附則（平成一九年三月三一日政令第一二四号）
（施行期日等）
第一条 この政令は、平成十九年四月一日から施行し、平成十九年度の予算から適用する。
附則（平成一九年一二月一四日政令第三六九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十年一月四日から施行する。
附則（平成二〇年二月二九日政令第四〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、特別会計に関する法律の一部の施行の日（平成二十年四月一日）から施行する。
附則（平成二〇年七月四日政令第二一九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、株式等の取引に係る決済の合理化を図るための社債等の振替に関する法律等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日から施行する。
附則（平成二〇年一〇月三一日政令第三三八号）
この政令は、地域における歴史的風致の維持及び向上に関する法律の施行の日（平成二十年十一月四日）から施行する。附則（平成二一年一二月一一日政令第二八五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、農地法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十一年十二月十五日）から施行する。
附則（平成二二年二月一五日政令第一三号）
（施行期日）
第一条 この政令は、自然公園法及び自然環境保全法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十二年四月一日）から施行する。
附則（平成二二年三月三一日政令第七八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十二年四月一日から施行する。
（経過措置）
第三条 第四条、第六条、第九条、第十二条及び第十三条の規定による改正後の次の各号に掲げる政令の規定は、当該各号に定める国の負担（当該国の負担に係る都道府県又は市町村の負担を含む。以下この条及び次条において同じ。）について適用し、平成二十一年度以前の年度における事務又は事業の実施により平成二十二年度以降の年度に支出される国の負担、平成二十一年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十二年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担及び平成二十一年度以前の年度の歳出予算に係る国の負担で平成二十二年度以降の年度に繰り越されたものについては、なお従前の例による。 前項に規定する国庫債務負担行為が前条各号に掲げる契約に係るものである場合における同項の規定の適用については、同項中「負担、平成二十一年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十二年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担」とあり、同項第一号中「負担及び平成二十一年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十二年度に支出すべきものとされた国の負担」及び「負担、平成二十二年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十三年度以降の年度に支出すべきものとされる国の負担」とあり、同条第二号中「負担及び平成二十一年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十二年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担」とあり、並びに同項第三号中「負担及び平成二十二年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十三年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担」とあるのは、「負担」とする。
第四条 第三条、第五条、第八条、第十条、第十一条及び第十三条の規定による改正後の次に掲げる政令の規定は、平成二十二年度以降の年度の予算に係る国の負担又は補助について適用し、平成二十一年度以前の年度の歳出予算に係る国の負担又は補助で平成二十二年度以降の年度に繰り越されたものについては、なお従前の例による。
附則（平成二三年五月二日政令第一一九号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（平成二六年三月二八日政令第九二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十六年四月一日から施行する。
附則（平成二七年三月一八日政令第七四号）
この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。附則（平成二七年一一月二六日政令第三九二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、行政不服審査法の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
附則（平成二八年三月三一日政令第一六九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
附則（平成二八年一一月三〇日政令第三六四号）
この政令は、建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成二十九年四月一日）から施行する。附則（平成二九年六月一四日政令第一五六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、都市緑地法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十九年六月十五日）から施行する。 ただし、第一条の規定、第二条中都市公園法施行令第十条を同令第十条の二とし、同令第二章中同条の前に一条を加える改正規定並びに第五条から第十六条まで及び第十八条から第二十二条までの規定は、同法附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日（平成三十年四月一日）から施行する。
附則（平成二九年六月一四日政令第一五八号）
この政令は、水防法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二十九年六月十九日）から施行する。 第三条の規定による改正前の独立行政法人水資源機構法施行令第三十六条第一項又は第二項に規定する負担金で、この政令の施行前に第三条の規定による改正前の同令第三十七条第一項の規定に基づきその支払が開始されたものについては、その支払方法を当該年度支払の方法によることとすることにつき、この政令の施行の日において第三条の規定による改正後の同令第三十七条において準用する同令第三十一条第四項の認可を受けたものとみなす。附則（平成三〇年一月三一日政令第一九号）
この政令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年六月一日）から施行する。附則（平成三〇年一一月九日政令第三〇八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日（平成三十年十一月十五日）から施行する。
（地方住宅供給公社法施行令等の一部改正に伴う経過措置）
第十四条 経過期間における附則第五条の規定による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令第二十八条第一項第二十五号、附則第六条の規定による改正後の独立行政法人水資源機構法施行令第五十六条第一項第二十四号、附則第七条の規定による改正後の国立大学法人法施行令第二十五条第一項第四十八号、附則第八条の規定による改正後の独立行政法人国立高等専門学校機構法施行令第二条第一項第二十六号、附則第十条の規定による改正後の独立行政法人国立病院機構法施行令第十六条第一項第三十四号、附則第十一条の規定による改正後の独立行政法人都市再生機構法施行令第三十四条第一項第二十七号及び附則第十二条の規定による改正後の高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人に関する法律施行令第十六条第一項第二十五号の規定の適用については、これらの規定中「第六条ただし書、第八条第一項並びに第三十九条第三項及び第五項並びに同法第三十五条第一項（同法第三十七条第四項において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第八十四条第三項において準用する同法第八十三条第三項」とあるのは、「第三十九条第三項及び第五項」とする。
附則（令和元年六月七日政令第二二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
附則（令和元年六月一九日政令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、建築基準法の一部を改正する法律の施行の日（令和元年六月二十五日）から施行する。
附則（令和元年一一月七日政令第一五〇号）
この政令は、建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（令和元年十一月十六日）から施行する。附則（令和二年九月四日政令第二六八号）
この政令は、都市再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日（令和二年九月七日）から施行する。附則（令和二年一二月二三日政令第三六三号）
この政令は、令和三年一月一日から施行する。附則（令和三年一〇月二九日政令第二九六号）
この政令は、特定都市河川浸水被害対策法等の一部を改正する法律の施行の日（令和三年十一月一日）から施行する。附則（令和四年八月三一日政令第二八二号）
この政令は、令和四年九月一日から施行する。附則（令和四年一〇月二八日政令第三三五号）
この政令は、所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法の一部を改正する法律の施行の日（令和四年十一月一日）から施行する。附則（令和四年一二月二三日政令第三九三号）
この政令は、宅地造成等規制法の一部を改正する法律の施行の日（令和五年五月二十六日）から施行する。附則（令和五年九月一三日政令第二八〇号）
この政令は、脱炭素社会の実現に資するための建築物のエネルギー消費性能の向上に関する法律等の一部を改正する法律附則第一条第四号に掲げる規定の施行の日（令和六年四月一日）から施行する。附則（令和六年三月二九日政令第一〇二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、令和六年四月一日から施行する。