第一条 農林中央金庫についての銀行等の株式等の保有の制限等に関する法律（以下「法」という。）第三条第一項の主務省令で定める特殊の関係のある会社は、次に掲げる者とする。
一 農林中央金庫の子法人等（農林中央金庫法施行令（平成十三年政令第二百八十五号）第六条第二項に規定する子法人等をいう。以下同じ。）であって、特定子会社等でない者
二 農林中央金庫の関連法人等（農林中央金庫法施行令第六条第三項に規定する関連法人等をいう。以下同じ。）であって、特定子会社等でない者
２ 前項に規定する「特定子会社等」とは、農林中央金庫の子法人等又は関連法人等である者のうち、次に掲げる者をいう。一 金融商品取引法（昭和二十三年法律第二十五号）第二条第九項に規定する金融商品取引業者
二 次に掲げる行為により他の株式会社に対しその事業に必要な資金を供給する業務（前号に掲げる者が行う業務に該当するものを除く。）を営む者 イ 株式に係る配当を受け取り、又は株式に係る売却益を得ることを目的として当該会社の発行する株式を取得すること。
ロ 当該会社の発行する社債を取得すること。
ハ イ又はロに掲げる行為を行うことを目的とする民法（明治二十九年法律第八十九号）第六百六十七条に規定する組合契約又は投資事業有限責任組合契約に関する法律（平成十年法律第九十号）第三条第一項に規定する投資事業有限責任組合契約を締結すること。
三 前二号に掲げる者が営む業務に相当し、又は類似する業務を営む外国の会社
（保有の制限から除かれる株式）第二条 農林中央金庫についての法第三条第一項の主務省令で定める保有の制限から除かれる株式は、次に掲げる株式とする。
一 農林中央金庫の子会社等（法第三条第一項に規定する子会社等をいう。以下同じ。）及び特定子会社等（第一条第二項に規定する特定子会社等をいう。以下同じ。）の発行する株式
二 農林中央金庫又はその子会社等が金銭又は有価証券の信託に係る信託財産として所有する株式（元本補てん等契約のある信託に係るものを除く。）
三 金融商品取引法第二条第十六項に規定する金融商品取引所若しくはこれに類似するものであって外国に所在するものに上場されている株式の発行者である会社又は同法第六十七条の十一第一項に規定する店頭売買有価証券登録原簿若しくはこれに類似するものであって外国に備えられるものに登録されている株式の発行者である会社以外の会社が発行する株式
四 農林中央金庫又はその子会社等の取引先である会社との間の合理的な経営改善のための計画に基づき取得した当該会社の発行する株式（農林中央金庫又はその子会社等に対する当該会社の債務を消滅させるために取得したものであって、当該株式の取得によって相当の期間内に当該会社の経営の状況が改善されることが見込まれるものに限り、当該計画に定められた当該会社の合理的な経営改善に必要とされる期間が経過した後のものを除く。）
２ 前項第二号に規定する「元本補てん等契約」とは、金融機関の信託業務の兼営等に関する法律（昭和十八年法律第四十三号）第六条に規定する契約をいう。 （株式に準ずるもの）第三条 農林中央金庫についての法第三条第一項の株式に準ずるものとして主務省令で定めるものは、次に掲げるものとする。
一 金融商品取引法第二条第十六項に規定する金融商品取引所に上場されている協同組織金融機関の優先出資に関する法律（平成五年法律第四十四号）に規定する優先出資
二 次のいずれにも該当する信託財産（株式（前条第一項第一号、第三号及び第四号に掲げる株式を除く。）又は前号に掲げる優先出資により運用する部分に限る。） イ 農林中央金庫又はその子会社等が受益者であり、かつ、当該受益者である農林中央金庫又はその子会社等が委託者であること。
ロ その運用を共同しない他の委託者の信託財産と合同して行うものでないこと。
ハ その運用を委託者である農林中央金庫又はその子会社等の指図に基づき行うこと。
ニ 元本補てん等契約（前条第二項に規定する元本補てん等契約をいう。）のある信託に係るものでないこと。
第四条 法第三条第一項の規定による農林中央金庫及びその子会社等の保有する株式等（同項に規定する株式等をいう。以下同じ。）の合算は、次の各号に掲げる者が当該各号に定める額の株式等を保有するものとみなして、当該額を合計することにより行うものとする。
一 農林中央金庫及びその子法人等であって、特定子会社等でない者
保有する株式等の額
二 農林中央金庫の子会社等（前号に掲げる者を除く。）
保有する株式等の額に持分法（連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則（昭和五十一年大蔵省令第二十八号）第二条第八号に規定する持分法をいう。）により計算した当該子会社等の損益のうち農林中央金庫に帰属する部分の価額をその損益の価額で除して得た数を乗じた金額
第五条 農林中央金庫についての法第三条第一項の自己資本に相当する額として主務省令で定めるところにより計算した額は、農林中央金庫法（平成十三年法律第九十三号）第五十六条第二号に掲げる基準に従い算出される自己資本の額について農林水産大臣及び金融庁長官が定めるところにより必要な調整を加えた額とする。
（株式等保有限度額を超えて株式等を保有することができる理由等）第六条 農林中央金庫についての銀行等の株式等の保有の制限等に関する法律施行令第一条第四号の主務省令で定める理由は、農林中央金庫又はその子法人等が、他の会社、組合その他これらに準ずる事業体（外国におけるこれらに相当するものを含む。）をその子法人等とし、又はその関連法人等とすることとする。
２ 農林中央金庫は、法第三条第二項の規定による株式等保有限度額（同条第一項に規定する株式等保有限度額をいう。以下同じ。）を超える額の株式等を保有することの承認を受けようとするときは、承認申請書に次に掲げる書類を添付して農林水産大臣及び金融庁長官に提出しなければならない。一 理由書
二 当該承認に係る株式等の保有者、主たる株式等の発行者その他当該承認に係る株式等の状況に関する書類
三 当該承認に係る株式等のうちその株式等保有限度額を超えて保有する部分の株式等の処分の方法及び期限その他処分に関する方針を記載した書類
四 その他次項に規定する審査をするため参考となるべき事項を記載した書類
３ 農林水産大臣及び金融庁長官は、前項の規定による承認の申請があったときは、当該申請をした農林中央金庫及びその子会社等が株式等保有限度額を超える額の株式等を保有することについてやむを得ないと認められる理由があるかどうかを審査するものとする。附則
（施行期日）
第一条 この命令は、平成十八年九月三十日から施行する。 ただし、次条及び附則第三条の規定は、公布の日から施行する。
第二条 削除
（法施行前における株式等保有限度額を超えて株式等を保有することの承認の予備審査）
第三条 農林中央金庫は、この命令の施行前においても、法第三条第二項の承認について、第六条第二項の規定の例により、承認申請書その他の書類を農林水産大臣及び金融庁長官に提出して予備審査を求めることができる。
附則（平成一六年一月三〇日内閣府・農林水産省令第一号）
この命令は、平成十六年四月一日から施行する。附則（平成一六年四月二八日内閣府・農林水産省令第三号）
この命令は、中小企業等投資事業有限責任組合契約に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成十六年四月三十日）から施行する。附則（平成一六年七月一四日内閣府・農林水産省令第六号）
この命令は、公布の日から施行する。附則（平成一六年一二月二八日内閣府・農林水産省令第一〇号）
この命令は、信託業法の施行の日（平成十六年十二月三十日）から施行する。附則（平成一九年七月一三日内閣府・農林水産省令第八号）
この命令は、信託法（平成十八年法律第百八号）の施行の日から施行する。附則（平成一九年八月一五日内閣府・農林水産省令第九号）
（施行期日）
第一条 この命令は、証券取引法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成十九年九月三十日）から施行する。