第一条 有明海・八代海等総合調査評価委員会（以下「委員会」という。）は、委員二十人以内で組織する。
２ 委員会に、特別の事項を調査審議させるため必要があるときは、臨時委員を置くことができる。 ３ 委員会に、専門の事項を調査させるため必要があるときは、専門委員を置くことができる。 （臨時委員等の任命）第二条 臨時委員は、環境の保全及び改善又は水産資源の回復等に関し十分な知識と経験を有する者のうちから、主務大臣と協議の上、環境大臣が任命する。
２ 専門委員は、当該専門の事項に関し十分な知識と経験を有する者のうちから、主務大臣と協議の上、環境大臣が任命する。 （委員長）第三条 委員会に、委員長を置き、委員の互選により選任する。
２ 委員長は、会務を総理し、委員会を代表する。 ３ 委員長に事故があるときは、あらかじめその指名する委員が、その職務を代理する。 （委員の任期等）第四条 委員の任期は、二年とし、再任されることを妨げない。
２ 臨時委員は、その者の任命に係る当該特別の事項に関する調査審議が終了したときは、解任されるものとする。 ３ 専門委員は、その者の任命に係る当該専門の事項に関する調査が終了したときは、解任されるものとする。 ４ 委員、臨時委員及び専門委員は、非常勤とする。 （部会）第五条 委員会は、その定めるところにより、部会を置くことができる。
２ 部会に属すべき委員、臨時委員及び専門委員は、委員長が指名する。 ３ 部会に部会長を置き、委員長の指名する委員がこれに当たる。 ４ 部会長は、部会の事務を掌理する。 ５ 第三条第三項の規定は、部会長に準用する。 ６ 委員会は、その定めるところにより、部会の決議をもって委員会の決議とすることができる。 （議事）第六条 委員会は、委員及び議事に関係のある臨時委員の過半数の出席がなければ、会議を開き、議決をすることができない。
２ 委員会の議事は、出席した委員及び議事に関係のある臨時委員の過半数をもって決し、可否同数のときは、委員長の決するところによる。 ３ 前二項の規定は、部会に準用する。 （幹事）第七条 委員会に、幹事を置く。
２ 幹事は、関係行政機関の職員のうちから、環境大臣が任命する。 ３ 幹事は、委員会の所掌事務について、委員及び臨時委員を補佐する。 ４ 幹事は、非常勤とする。 （庶務）第八条 委員会の庶務は、環境省水・大気環境局海洋環境課において処理する。
（雑則）第九条 前各条に定めるもののほか、委員会の運営に関し必要な事項は、委員長が委員会に諮って定める。
附則
この政令は、公布の日から施行する。附則（平成一七年六月二九日政令第二二八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十七年十月一日から施行する。
（処分、申請等に関する経過措置）
第十六条 この政令の施行前に環境大臣が法律の規定によりした登録その他の処分又は通知その他の行為（この政令による改正後のそれぞれの政令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。以下「処分等」という。）は、相当の地方環境事務所長がした処分等とみなし、この政令の施行前に法律の規定により環境大臣に対してした申請、届出その他の行為（この政令による改正後のそれぞれの政令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。以下「申請等」という。）は、相当の地方環境事務所長に対してした申請等とみなす。 この政令の施行前に法律の規定により環境大臣に対し報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項（この政令による改正後のそれぞれの政令の規定により地方環境事務所長に委任された権限に係るものに限る。）で、この政令の施行前にその手続がされていないものについては、これを、当該法律の規定により地方環境事務所長に対して報告、届出、提出その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、当該法律の規定を適用する。