第一条 国立研究開発法人国立環境研究所（以下「研究所」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるものは、同法第四十六条の二第一項又は第二項の認可の申請の日（各項のただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた同法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可の申請の日）におけるその帳簿価額（現金又は預金である場合にあっては、同法第四十六条の二第一項又は第三十五条の五第一項の認可の申請の日におけるその額）が五十万円以上の財産（その性質上同法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他環境大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 研究所に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 研究所の役員及び職員
二 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、研究所の他の監事その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 研究所の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 研究所の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他研究所の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 研究所の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 研究所に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、国立研究開発法人国立環境研究所法（平成十一年法律第二百十六号）の規定に基づき環境大臣に提出する書類とする。
（業務方法書に記載すべき事項）第四条 研究所に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 国立研究開発法人国立環境研究所法（平成十一年法律第二百十六号。以下「研究所法」という。）第十一条第一項第一号に規定する調査及び研究に関する事項
二 研究所法第十一条第一項第二号に規定する情報の収集、整理及び提供に関する事項
三 研究所法第十一条第二項に規定する気候変動適応法（平成三十年法律第五十号）第十一条第一項に規定する業務に関する事項
四 業務委託の基準
五 競争入札その他契約に関する事項
六 その他研究所の業務に関し必要な事項
（中長期計画の認可申請）第五条 研究所は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（研究所の最初の事業年度の属する中長期計画については、研究所の成立後遅滞なく）、環境大臣に提出しなければならない。
２ 研究所は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。 （中長期計画に定める業務運営に関する事項）第六条 研究所に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する事項
二 人事に関する事項
三 業務に伴う環境への負荷の低減その他環境の保全に関する事項
四 研究所法第十二条第一項に規定する積立金の使途に関する事項
（業務実績等報告書）第七条 研究所に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 研究所は、前項に規定する報告書を環境大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。 （最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）第八条 研究所に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 通則法第三十五条第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ 当該期間における業務運営の状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績について研究所が評価を行った結果。 イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
第九条 研究所に係る年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ 研究所は、通則法第三十五条の八の規定により読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を環境大臣に提出しなければならない。 （会計の原則）第十条 研究所の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定中央省庁等改革の推進に関する方針に基づいて行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された独立行政法人会計基準は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （償却資産の指定等）第十一条 環境大臣は、研究所が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （資産除去債務に対応する除去費用等の指定等）第十二条 環境大臣は、研究所が業務のために保有し又は取得しようとする有形固定資産についてその資産除去債務（有形固定資産の取得、建設、開発又は通常の使用によって生じる当該有形固定資産の除去に関する法律上の義務及びこれに準ずるものをいう。）に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）第十三条 研究所に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十四条 研究所に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 研究所の目的及び業務内容
二 国の政策における研究所の位置付け及び役割
三 中期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 研究所に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）第十五条 研究所に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年間とする。
（会計監査報告の作成）第十六条 通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 研究所の役員（監事を除く。）及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び第四項において同じ。）が研究所の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等をすべての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第十七条 研究所は、通則法第四十五条第一項ただし書きの規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書きの規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書類を環境大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（譲渡取引の指定等）第十八条 環境大臣は、研究所が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引により生じた収入の額（以下「譲渡収入金額」という。）と当該財産の帳簿価額とが等しくない場合において、その譲渡取引に係る譲渡利益（譲渡収入金額が当該財産の帳簿価額を超える場合におけるその超える部分をいう。）又は譲渡損失（当該財産の帳簿価額が譲渡収入金額を超える場合におけるその超える部分をいう。）を損益計算書に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（通則法第四十八条第一項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるもの）第十九条 研究所に係る通則法第四十八条第一項に規定する重要な財産であって主務省令で定めるものは、土地、建物、工作物及び船舶（その土地に定着する物及びその建物に附属する工作物を含む。）とする。
（重要な財産の処分等の認可の申請）第二十条 研究所は、通則法第四十八条第一項の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を環境大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の具体的内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 研究所の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る申請書類）第二十一条 独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第五条第二項に規定する環境省令で定める書類は、同条第一項に規定する期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該期間最後の事業年度の損益計算書とする。
（内部組織）第二十二条 研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた研究所の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として主務大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として主務大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第二十三条 研究所に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして主務大臣が定めるものとする。
附則
この省令は、平成十三年四月一日から施行する。 研究所法附則第五条第二項及び第六条第一項の規定に基づき研究所に出資された建物、工作物及び船舶（その建物に附属する工作物を含む。）については、第十一条第一項に規定する指定があったものとみなす。附則（平成一八年三月三一日環境省令第一三号）
この省令は、独立行政法人国立環境研究所法の一部を改正する法律の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。附則（平成二二年一一月二六日環境省令第二三号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二七年四月一日環境省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 第十四条第三項の規定は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成三〇年一一月二九日環境省令第二二号）
この省令は、気候変動適応法の施行の日（平成三十年十二月一日）から施行する。附則（平成三一年三月二七日環境省令第六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。