第一条 国立研究開発法人水産研究・教育機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項の主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（同条第一項ただし書又は第二項ただし書に規定する場合にあっては、当該財産の処分に関する計画についての通則法第三十五条の五第一項の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他農林水産大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 機構に係る通則法第十九条第四項の規定による監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員及び職員
二 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 機構に係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、国立研究開発法人水産研究・教育機構法（平成十一年法律第百九十九号。以下「機構法」という。）の規定に基づき農林水産大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）第四条 機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 機構法第十二条第一項第一号に規定する試験及び研究、調査、分析、鑑定並びに講習に関する事項
二 機構法第十二条第一項第二号に規定する種苗及び標本の生産及び配布に関する事項
三 機構法第十二条第一項第三号に規定する技術の開発に関する事項
四 機構法第十二条第一項第四号に規定するさけ類及びます類のふ化及び放流に関する事項
五 機構法第十二条第一項第五号に規定する学理及び技術の教授に関する事項
六 機構法第十二条第一項第六号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項
七 機構法第十二条第二項第一号に規定する海洋水産資源の開発及び利用の合理化のための調査に関する事項
八 機構法第十二条第二項第二号に規定する新漁業生産方式の企業化のための調査に関する事項
九 機構法第十二条第二項第三号に規定する情報及び資料の収集及び提供に関する事項
十 機構法第十二条第二項第四号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項
十一 機構法第十二条第四項に規定する立入り、質問、検査及び収去に関する事項
十二 業務委託の基準
十三 競争入札その他契約に関する基本的事項
十四 その他機構の業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の許可の申請）第五条 機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、農林水産大臣に提出しなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。 （中長期計画に定めるべき業務運営に関する事項）第六条 機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号の主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 職員の人事に関する計画（人員及び人件費の効率化に関する目標を含む。）
三 積立金の処分に関する事項
四 その他当該中長期目標を達成するために必要な事項
（年度計画に定めるべき事項等）第七条 年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を定めなければならない。
２ 機構は、通則法第三十五条の八において読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第八条 機構に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ 機構に係る通則法第三十五条の六第三項の規定による公表は、同項の規定による報告書の提出後、速やかに、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。 （最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）第九条 機構に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ 当該期間における業務運営の状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。 イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
第十条 機構法第十三条の規定による調査結果の報告は、その調査に係る航海終了後二月以内に、次の各号に掲げる事項を記載した書面を農林水産大臣に提出してしなければならない。
一 調査の対象となった漁業種類及び魚種並びに海域
二 調査に使用した船舶の構造、性能及び装備
三 操業期間、ひき網回数その他の操業状況
四 漁獲数量
五 調査の結果に対する所見その他参考となるべき事項
２ 機構法第十三条の規定による調査結果の公表は、前項各号に掲げる事項の概要を記載した書面を機構の主たる事務所に備え置き縦覧に供するとともに、インターネットを利用することにより行わなければならない。 （企業会計原則）第十一条 機構の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （区分経理の方法）第十二条 機構は、機構法第十四条に規定する勘定として、同条第一号の業務に係る経理については研究・教育勘定を、同条第二号の業務に係る経理については海洋水産資源開発勘定を設けなければならない。
２ 機構は、機構法第十四条の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、農林水産大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。 （償却資産の指定等）第十三条 農林水産大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十四条 農林水産大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十五条 農林水産大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）第十六条 機構に係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十七条 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表（通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）第十八条 機構に係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（会計監査報告の作成）第十九条 通則法第三十九条第一項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第二十条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）第二十一条 機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、次に掲げるものとする。
一 土地及び建物
二 総トン数五十トン以上の船舶
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第二十二条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）第二十三条 機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項において準用する同条第二項の農林水産省令で定める書類は、同条第一項に規定する期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該事業年度の損益計算書とする。
（内部組織）第二十四条 機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号の主務省令で定める内部組織は、現に存する理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第二十五条 機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附則
この省令は、公布の日から施行する。 センターの成立の際センター法附則第五条第二項の規定により、政府から出資があったものとされる同項の財産のうち建物（その建物に附属する工作物を含む。）、工作物及び船舶については、第九条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。 センター法附則第五条第三項及び第六条第二項の規定による評価に関する庶務は、水産庁増殖推進部研究指導課において処理する。附則（平成一五年九月一〇日農林水産省令第九〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十五年十月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 独立行政法人水産総合研究センター法の一部を改正する法律附則第二条第二項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産のうち建物（その建物に附属する工作物を含む。）及び工作物については、第九条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。
（海洋水産資源開発センターの業務方法書に記載すべき事項を定める省令等の廃止）
第三条 次に掲げる省令は廃止する。
附則（平成一六年一月二二日農林水産省令第六号）
この省令は、遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律の施行の日から施行する。附則（平成一八年三月三一日農林水産省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
附則（平成一九年三月二六日農林水産省令第一三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二二年一一月二六日農林水産省令第五八号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二七年三月二七日農林水産省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第二条 独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の国立研究開発法人水産総合研究センターの業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（次条において「新省令」という。）第八条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
（事業報告書に関する経過措置）
第三条 新省令第十七条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成二八年三月三〇日農林水産省令第二一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（国立研究開発法人水産研究・教育機構の内部組織に関する経過措置）
第五条 整備法附則第十三条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた旧水産大学校の内部組織として主務省令で定めるものは、施行日の前日に存していた旧水産大学校の理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（以下「旧水産大学校解散時内部組織」という。）であって再就職者が離職前五年間に在職していたものとする。 施行日の前日前に存していた旧水産大学校の理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を旧水産大学校解散時内部組織（当該内部組織が旧水産大学校解散時内部組織である場合にあっては、他の旧水産大学校解散時内部組織）が行っていた場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該旧水産大学校解散時内部組織に在職していたものとみなす。 整備法附則第十三条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する国立研究開発法人水産研究・教育機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織のうち、旧水産大学校解散時内部組織が行っていた業務を行うものとして農林水産大臣が定めるものとする。
（国立研究開発法人水産研究・教育機構の管理又は監督の地位に関する経過措置）
第六条 国立研究開発法人水産研究・教育機構に係る整備法附則第十三条の規定により読み替えて適用する通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附則（平成三一年一月一七日農林水産省令第三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
（経過措置）
第三条 第三条の規定による改正後の国立研究開発法人国際農林水産業研究センターの業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第一号（国立研究開発法人国際農林水産業研究センター法（平成十一年法律第百九十七号）第十一条第三号に掲げる業務に係る部分に限る。）、第四条の規定による改正後の国立研究開発法人森林研究・整備機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第五号並びに第五条の規定による改正後の国立研究開発法人水産研究・教育機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第六号及び第十号の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
附則（平成三一年三月二九日農林水産省令第二五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。