第一条 国立研究開発法人国際農林水産業研究センター（以下「センター」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項の主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（同条第一項ただし書又は第二項ただし書に規定する場合にあっては、当該財産の処分に関する計画についての通則法第三十五条の五第一項の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他農林水産大臣が定める財産とする。
（監査報告の作成）第二条 センターに係る通則法第十九条第四項の規定による監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
２ 監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 センターの役員及び職員
二 その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。 ４ 監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、センターの他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。 ５ 監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 監事の監査の方法及びその内容
二 センターの業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三 センターの役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他センターの業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四 センターの役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五 監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六 監査報告を作成した日
（監事の調査の対象となる書類）第三条 センターに係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター法（平成十一年法律第百九十七号。以下「センター法」という。）の規定に基づき農林水産大臣に提出する書類とする。
（業務方法書の記載事項）第四条 センターに係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める業務方法書に記載すべき事項は、次のとおりとする。
一 センター法第十一条第一号から第三号までに掲げる業務に関する事項
二 業務委託の基準
三 競争入札その他契約に関する基本的事項
四 その他センターの業務の執行に関して必要な事項
（中長期計画の認可の申請）第五条 センターは、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、農林水産大臣に提出しなければならない。
２ センターは、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。 （中長期計画に定めるべき業務運営に関する事項）第六条 センターに係る通則法第三十五条の五第二項第八号の主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一 施設及び設備に関する計画
二 職員の人事に関する計画（人員及び人件費の効率化に関する目標を含む。）
三 センター法第十二条第一項に規定する積立金の処分に関する事項
四 その他当該中長期目標を達成するために必要な事項
（年度計画に定めるべき事項等）第七条 年度計画においては、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２ センターは、通則法第三十五条の八の規定において読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。 （業務実績等報告書）第八条 センターに係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。
２ センターに係る通則法第三十五条の六第三項の規定による公表は、同項の規定による報告書の提出後、速やかに、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。 （最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）第九条 センターに係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。 イ 当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ 当該期間における業務運営の状況
ハ 当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ 当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二 前号に掲げる業務の実績についてセンターが評価を行った結果。 イ 中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
第十条 センターの会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第十四条において「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （償却資産の指定等）第十一条 農林水産大臣は、センターが業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第十二条 農林水産大臣は、センターが通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第十三条 農林水産大臣は、センターが業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）第十四条 センターに係る通則法第三十八条第一項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。
（事業報告書の作成）第十五条 センターに係る通則法第三十八条第二項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 センターの目的及び業務内容
二 国の政策におけるセンターの位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表（通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 センターに関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）第十六条 センターに係る通則法第三十八条第三項の主務省令で定める期間は、五年とする。
（短期借入金の認可の申請）第十七条 センターは、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次の事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）第十八条 センターに係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物とする。
（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第十九条 センターは、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 処分等の種類並びに当該処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 センターの業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）第二十条 センターに係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項において準用する同条第二項の農林水産省令で定める書類は、同条第一項に規定する期間最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該事業年度の損益計算書とする。
（内部組織）第二十一条 センターに係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号の主務省令で定める内部組織は、現に存する理事長の直近下位の内部組織として農林水産大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２ 直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として農林水産大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。 （管理又は監督の地位）第二十二条 センターに係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号の主務省令で定める管理又は監督の地位は、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして農林水産大臣が定めるものとする。
附則
この省令は、公布の日から施行する。 センターの成立の際センター法附則第五条第二項の規定により政府から出資があったものとされる同項の財産のうち建物（その建物に附属する工作物を含む。）及び工作物については、第九条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。 センター法附則第五条第三項の規定による評価に関する庶務は、農林水産省農林水産技術会議事務局において処理する。附則（平成一八年三月三一日農林水産省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
附則（平成一九年三月二六日農林水産省令第一三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二二年一一月二六日農林水産省令第五八号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二七年三月二七日農林水産省令第二四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十七年四月一日から施行する。
（業務実績等報告書に関する経過措置）
第二条 独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）附則第八条第一項の規定により改正法による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第一項の中期目標が改正法による改正後の独立行政法人通則法第三十五条の四第一項の中長期目標とみなされる場合におけるこの省令による改正後の国立研究開発法人国際農林水産業研究センターの業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（次条において「新省令」という。）第八条第一項の規定の適用については、同項の表中「通則法第三十五条の四第二項第二号に」とあるのは「独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）による改正前の通則法（次号において「旧法」という。）第二十九条第二項第三号に」と、「同項第三号から第五号まで」とあるのは「同項第二号、第四号及び第五号」と、「通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号」とあるのは「旧法第二十九条第二項第二号から第五号」とする。
（事業報告書に関する経過措置）
第三条 新省令第十五条第三項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則（平成三一年一月一七日農林水産省令第三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十一年一月十七日）から施行する。
（経過措置）
第三条 第三条の規定による改正後の国立研究開発法人国際農林水産業研究センターの業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第一号（国立研究開発法人国際農林水産業研究センター法（平成十一年法律第百九十七号）第十一条第三号に掲げる業務に係る部分に限る。）、第四条の規定による改正後の国立研究開発法人森林研究・整備機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第五号並びに第五条の規定による改正後の国立研究開発法人水産研究・教育機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第四条第六号及び第十号の規定は、この省令の施行の日から起算して六月間は、適用しない。
附則（平成三一年三月二九日農林水産省令第二五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成三十一年三月三十一日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。