第一条 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他文部科学大臣が定める財産とする。
（会計の原則）第二条 機構の会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２ 金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。 ３ 平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第七条の三第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。 （会計処理）第三条 文部科学大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）第四条 文部科学大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）第五条 文部科学大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産）第五条の二 文部科学大臣は、機構が承継する前払費用及び為替予約について当該前払費用及び為替予約から生ずる費用に相当する額（以下「費用相当額」という。）に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その承継までの間に限り、当該前払費用及び為替予約を指定することができる。
２ 前項の指定を受けた前払費用及び為替予約に係る費用相当額については、費用は計上せず、費用相当額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。 （財務諸表）第六条 機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）第六条の二 機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 機構の目的及び業務内容
二 国の政策における機構の位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 機構に関する基礎的な情報
（財務諸表の閲覧期間）第七条 機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。
（通則法第三十八条第四項に規定する主務省令で定める書類）第七条の二 機構に係る通則法第三十八条第四項に規定する主務省令で定める書類は、連結貸借対照表、連結損益計算書、連結純資産変動計算書、連結キャッシュ・フロー計算書及び連結附属明細書とする。
（会計監査報告の作成）第七条の三 通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２ 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。一 機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 前号に掲げる者のほか、会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３ 会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項 イ
ロ
ハ
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五 追記情報
六 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七 会計監査報告を作成した日
４ 前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付する必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。一 会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（短期借入金の認可の申請）第八条 機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の借入れの認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 借入れ又は借換えを必要とする理由
二 借入れ又は借換えの額
三 借入先又は借換先
四 借入れ又は借換えの利率
五 償還の方法及び期限
六 利息の支払いの方法及び期限
七 その他必要な事項
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産）第九条 機構に係る通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物並びに文部科学大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第四十八条に規定する主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）第十条 機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を文部科学大臣に提出しなければならない。
一 処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る申請書の添付書類）第十一条 機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項において準用する同条第二項に規定する文部科学省令で定める書類は、同条第三項において準用する同条第一項に規定する中長期目標の期間の最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該年度の損益計算書とする。
附則
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十三年四月一日から施行する。 ただし、第十六条の規定は、公布の日から施行する。
（成立の際の会計処理の特例）
第二条 研究所の成立の際研究所法附則第五条第二項の規定により研究所に出資されたものとされる財産のうち償却資産については、第九条第一項の指定があったものとみなす。
附則（平成一八年三月三一日文部科学省令第二四号）
この省令は、平成十八年四月一日から施行する。附則（平成二二年一一月二六日文部科学省令第二一号）
この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十二年十一月二十七日）から施行する。附則（平成二四年九月一四日文部科学省令第三二号）
この省令は、原子力規制委員会設置法（平成二十四年法律第四十七号）の施行の日（平成二十四年九月十九日）から施行する。附則（平成二七年三月三〇日文部科学省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（以下「通則法改正法」という。）の施行の日（平成二十七年四月一日）から施行する。
（業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第三条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、通則法改正法の施行の日以後に開始する事業年度に係る業務報告書又は事業報告書から適用する。
附則（平成二八年三月三一日文部科学省令第二二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。
（資産除去債務に係る特定の除去費用等の会計処理の特例）
第二条 国立研究開発法人放射線医学総合研究所法の一部を改正する法律（次条において「改正法」という。）附則第二条第一項の規定により機構が承継する有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分及び時の経過による資産除去債務の調整額については、この省令による改正後の国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令（次条において「量子機構財会省令」という。）第四条の指定があったものとみなす。
（償却資産に係る会計処理の特例）
第三条 改正法附則第二条第三項の規定により機構に出資されたものとされる資産のうち償却資産については、量子機構財会省令第三条第一項の指定があったものとみなす。
附則（令和元年六月一三日文部科学省令第四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（財務諸表及び業務報告書又は事業報告書の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成三十一年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書から適用し、同日前に開始する事業年度に係る財務諸表及び業務報告書又は事業報告書については、なお従前の例による。
附則（令和元年一二月二七日文部科学省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（対応する収益の獲得が予定されない承継資産に係る特例）
第二条 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の成立の際、国立研究開発法人放射線医学総合研究所法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第五十一号）附則第二条第三項の規定により国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構に出資されたものとされる資産のうち前払費用及び為替予約については、この省令による改正後の国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令第五条の二第一項の指定を受けたものとみなす。
附則（令和三年三月二四日文部科学省令第一〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は公布の日から施行する。
（財務諸表の作成に係る経過措置）
第二条 この省令による改正後の国立研究開発法人物質・材料研究機構に関する省令第十条及び第十一条の二、国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構の財務及び会計に関する省令第六条及び第七条の二並びに国立研究開発法人理化学研究所に関する省令第十一条の二の規定は、令和二年四月一日以後に開始する事業年度に係る財務諸表について適用し、同日前に開始する事業年度に係るものについては、なお従前の例による。