平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成十三年法律第一号）第一条及び第二条の規定に基づき、平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律施行規則を次のように定める。
（一時所得に係る収入金額とみなされる補償金の金額等）第一条 平成十二年度の水田農業経営確立助成補助金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成十三年法律第一号。以下「法」という。）第一条に規定する財務省令で定める金額は、当該個人が、全国の区域を地区とする農業協同組合連合会から当該個人に係る同条に規定する平成十二年度のとも補償に係る事業のとも補償事業費補助金の金額に相当する金額として交付を受けた金額とする。
２ 法第一条に規定する財務省令で定める損失又は費用は、次の各号に掲げる農地の区分に応じ当該各号に定める損失又は費用で、同条の規定の適用がないものとしたならば所得税法（昭和四十年法律第三十三号）の規定により平成十二年分の同法第二条第一項第三十五号に規定する農業所得の金額の計算上、必要経費に算入されるべきものとする。一 法第一条の農地を米穀（飼料の用に供するものを除く。）以外の作物の生産若しくは栽培の用に供し、又は畜舎その他の農業生産に必要な施設の敷地、山林若しくは養魚池の用に供した場合における当該農地
次に掲げる損失又は費用
イ 当該農地に係るけい畔、水利施設その他所得税法第二条第一項第十八号に規定する固定資産又は同項第二十号に規定する繰延資産に係る資産の取壊し又は除却による損失
ロ イに規定する取壊し又は除却に付随する費用
ハ 当該米穀以外の作物の生産又は栽培をしたことに伴い特別に支出する費用
二 法第一条の農地で前号に掲げるもの以外のもの
当該農地に係る公租公課、農薬費、雇人費、減価償却費その他当該農地の維持又は管理に要する費用
第二条 法第二条に規定する財務省令で定める金額は、当該法人が、全国の区域を地区とする農業協同組合連合会から当該法人に係る同条に規定する平成十二年度のとも補償に係る事業のとも補償事業費補助金の金額に相当する金額として交付を受けた金額とする。