少年院及び少年鑑別所組織規程（昭和二十四年法務府令第五号）の全部を次のように改正する。
第一条 少年院の名称及び位置は、別表第一のとおりとする。
（院長及び次長）第二条 少年院に、院長及び次長一人を置く。
２ 院長は、少年院の事務を掌理する。 ３ 次長は、院長を助け、少年院の事務を整理し、院長に事故のあるとき、又は院長が欠けたときは、その職務を代理する。 （少年院に置く部）第三条 東日本少年矯正医療・教育センターに、医療部を置く。
（少年院の医療部の所掌事務）第四条 医療部は、保健、衛生、防疫、医療及び薬剤に関する事務をつかさどる。
（少年院に置く課等）第五条 少年院（東日本少年矯正医療・教育センターを除く。）に、次の二課を置く。
２ 東日本少年矯正医療・教育センターに、医療部に置くもののほか、庶務課を置く。 ３ 医療部に、次の二課を置く。 ４ 前三項に掲げる課のほか、少年院に、首席専門官一人（北海少年院、東北少年院、多摩少年院、瀬戸少年院、浪速少年院、広島少年院及び福岡少年院にあっては二人、東日本少年矯正医療・教育センターにあっては三人）を置く。 （少年院の庶務課の所掌事務）第六条 少年院の庶務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
二 人事に関すること。
三 経理に関すること。
四 統計に関すること。
五 給養に関すること。
六 領置に関すること。
七 少年院視察委員会の庶務に関すること。
八 前各号に掲げるもののほか、少年院の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（少年院の医務課の所掌事務）第七条 少年院の医務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 心身の保健指導に関すること。
二 健康診断及び防疫に関すること。
三 医療及び看護に関すること。
四 養護のための措置等に関すること。
五 薬剤及び医用器材に関すること。
（少年院の保健課の所掌事務）第八条 少年院の保健課は、前条第一号及び第二号に掲げる事務をつかさどる。
（少年院の医療課の所掌事務）第九条 少年院の医療課は、第七条第三号から第五号までに掲げる事務をつかさどる。
（少年院の首席専門官の職務）第十条 少年院の首席専門官は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 入院、仮退院及び退院に関すること。
二 特性及び環境の調査に関すること。
三 矯正教育に関すること。
四 社会復帰支援に関すること。
五 保安に関すること。
六 外部交通に関すること。
七 前各号に掲げるもののほか、処遇に関すること。
２ 北海少年院、東北少年院、多摩少年院、瀬戸少年院、浪速少年院、広島少年院及び福岡少年院の首席専門官二人は、それぞれ教育担当及び支援担当とし、教育担当の首席専門官は前項第三号及び第五号から第七号までに掲げる事務を、支援担当の首席専門官は同項第一号、第二号及び第四号に掲げる事務をつかさどる。 ３ 東日本少年矯正医療・教育センターの首席専門官三人は、それぞれ教育第一担当、教育第二担当及び支援担当とし、教育第一担当及び教育第二担当の首席専門官は第一項第三号及び第五号から第七号までに掲げる事務を、支援担当の首席専門官は同項第一号、第二号及び第四号に掲げる事務をつかさどる。 （教育調査官）第十一条 東日本少年矯正医療・教育センターに教育調査官二人を、多摩少年院、瀬戸少年院及び浪速少年院にそれぞれ教育調査官一人を置く。
２ 教育調査官は、命を受けて、矯正教育に関する事務のうち特定事項に係るものを調査し、企画する事務をつかさどる。 （分院の名称及び位置）第十二条 少年院の分院の名称及び位置は、別表第二のとおりとする。
（分院長）第十三条 分院に、分院長を置く。
（分院の首席専門官）第十四条 分院に、首席専門官一人を置く。
２ 分院の首席専門官は、第十条第一項各号に掲げる事務をつかさどる。 （少年院の統括専門官）第十五条 少年院及びその分院を通じて統括専門官百三十八人以内を置く。
２ 少年院及びその分院の統括専門官の配置は、法務大臣が定める。 ３ 統括専門官は、第十条第一項各号に掲げる事務のうち、院長の指定する分担に係る事務を統括する。 （少年鑑別所の名称及び位置）第十六条 少年鑑別所の名称及び位置は、別表第三のとおりとする。
（所長及び次長）第十七条 少年鑑別所に、所長を置く。
２ 所長は、少年鑑別所の事務を掌理する。 ３ 札幌少年鑑別所、仙台少年鑑別所、さいたま少年鑑別所、千葉少年鑑別所、東京少年鑑別所、東京西少年鑑別所、横浜少年鑑別所、名古屋少年鑑別所、京都少年鑑別所、大阪少年鑑別所、神戸少年鑑別所、広島少年鑑別所、高松少年鑑別所、福岡少年鑑別所及び那覇少年鑑別所に、それぞれ次長一人を置く。 ４ 次長は、所長を助け、少年鑑別所の事務を整理し、所長に事故のあるとき、又は所長が欠けたときは、その職務を代理する。 （少年鑑別所に置く課等）第十八条 少年鑑別所に、庶務課を置く。
２ 前項の課のほか、少年鑑別所（旭川少年鑑別所、青森少年鑑別所、秋田少年鑑別所、松江少年鑑別所、徳島少年鑑別所及び高知少年鑑別所を除く。）に、それぞれ首席専門官一人を置く。 （少年鑑別所の庶務課の所掌事務）第十九条 少年鑑別所の庶務課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一 公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
二 人事に関すること。
三 経理に関すること。
四 統計に関すること。
五 給養に関すること。
六 領置に関すること。
七 少年鑑別所視察委員会の庶務に関すること。
八 前各号に掲げるもののほか、少年鑑別所の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。
（少年鑑別所の首席専門官の職務）第二十条 少年鑑別所の首席専門官は、次に掲げる事務（第二十一条第一項に掲げる少年鑑別所に置かれる首席専門官にあっては、第一号、第二号及び第四号に掲げる事務）をつかさどる。
一 鑑別に関すること。
二 観護処遇に関すること（次号に該当するものを除く。）。
三 保健、衛生、防疫、医療及び薬剤に関すること。
四 非行及び犯罪の防止に関する援助に関すること。
（少年鑑別所の次席専門官）第二十条の二 名古屋少年鑑別所に、次席専門官一人を置く。
２ 次席専門官は、命を受けて、首席専門官を助け、その事務のうち、所長の指定に係る事務を整理する。 （医務課を置く少年鑑別所及びその所掌事務）第二十一条 第十八条の課のほか、札幌少年鑑別所、仙台少年鑑別所、さいたま少年鑑別所、千葉少年鑑別所、東京少年鑑別所、東京西少年鑑別所、横浜少年鑑別所、名古屋少年鑑別所、京都少年鑑別所、大阪少年鑑別所、神戸少年鑑別所、福岡少年鑑別所、熊本少年鑑別所及び那覇少年鑑別所に、医務課を置く。
２ 医務課は、第二十条第三号に掲げる事務をつかさどる。 （地域非行防止調整官）第二十二条 東京少年鑑別所及び大阪少年鑑別所にそれぞれ地域非行防止調整官三人を、札幌少年鑑別所、仙台少年鑑別所、さいたま少年鑑別所、千葉少年鑑別所、東京西少年鑑別所、横浜少年鑑別所、静岡少年鑑別所、名古屋少年鑑別所、京都少年鑑別所、神戸少年鑑別所、岡山少年鑑別所、広島少年鑑別所、高松少年鑑別所及び福岡少年鑑別所にそれぞれ地域非行防止調整官一人を置く。
２ 地域非行防止調整官は、命を受けて、第二十条第一号、第二号及び第四号に掲げる事務のうち特定事項に係るものを企画し、調整する事務をつかさどる。 （鑑別調査官）第二十三条 さいたま少年鑑別所、東京少年鑑別所及び大阪少年鑑別所に、それぞれ鑑別調査官一人を置く。
２ 鑑別調査官は、命を受けて、第二十条第一号に掲げる事務のうち特定事項に係るものを企画し、調整する事務をつかさどる。 （分所の名称及び位置）第二十四条 少年鑑別所の分所の名称及び位置は、別表第四のとおりとする。
（分所長）第二十五条 分所に、分所長を置く。
（分所に置く課等）第二十六条 小倉少年鑑別支所に、庶務課及び医務課並びに首席専門官一人を置く。
２ 小倉少年鑑別支所の庶務課は、第十九条第一号から第六号までに掲げる事務のほか、少年鑑別所の分所の所掌事務で他の所掌に属しないものに関する事務をつかさどる。 ３ 小倉少年鑑別支所の医務課は、第二十条第三号に掲げる事務をつかさどる。 ４ 小倉少年鑑別支所の首席専門官は、第二十条第一号、第二号及び第四号に掲げる事務をつかさどる。 （少年鑑別所の統括専門官）第二十七条 少年鑑別所及びその分所を通じて統括専門官百十二人以内を置く。
２ 少年鑑別所及びその分所の統括専門官の配置は、法務大臣が定める。 ３ 統括専門官は、第二十条各号（第二十一条第一項に掲げる少年鑑別所及び小倉少年鑑別支所に置かれる統括専門官にあっては、第二十条第一号、第二号及び第四号）に掲げる事務のうち、所長の指定する分担に係る事務を統括する。 （雑則）第二十八条 この省令に定めるもののほか、少年院又は少年鑑別所に関し必要な事項は、院長又は所長が定める。
２ 院長又は所長は、前項の規定に基づき、事務分掌その他組織の細目を定めようとするときは、法務大臣の承認を受けなければならない。附則
この中央省庁等改革推進本部令（次項において「本部令」という。）は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。 この本部令は、その施行の日に、少年院及び少年鑑別所組織規則（平成十三年法務省令第四号）となるものとする。附則（平成一三年三月三〇日法務省令第四一号）
この省令は、平成十三年五月一日から施行する。附則（平成一六年九月三日法務省令第六一号）
この省令は、平成十六年十二月五日から施行する。附則（平成一七年三月二二日法務省令第四〇号）
この省令は、平成十七年三月二十八日から施行する。 ただし、別表第一大分少年院の項の改正規定は、同月三十一日から施行する。附則（平成一七年九月二九日法務省令第九八号）
この省令は、平成十七年十月一日から施行する。 ただし、別表第一宮川医療少年院の項の改正規定は、同年十一月一日から施行する。附則（平成一八年三月三一日法務省令第三六号）
この省令は、平成十八年四月一日から施行する。附則（平成一八年五月二三日法務省令第五八号）
この省令は、刑事施設及び受刑者の処遇等に関する法律（平成十七年法律第五十号）の施行の日（平成十八年五月二十四日）から施行する。附則（平成二〇年三月三一日法務省令第一七号）
この省令は、平成二十年四月一日から施行する。附則（平成二四年四月六日法務省令第一六号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二五年五月一六日法務省令第七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二六年三月二八日法務省令第八号）
この省令は、平成二十六年四月一日から施行する。附則（平成二七年四月一〇日法務省令第一九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成二七年六月一日法務省令第三五号）
この省令は、平成二十七年六月一日から施行する。附則（平成二八年三月三一日法務省令第二二号）
この省令は、平成二十八年四月一日から施行する。附則（平成二九年三月三一日法務省令第九号）
この省令は、平成二十九年四月一日から施行する。 ただし、第七条第一項の改正規定は、同年十月一日から施行する。附則（平成三〇年三月三〇日法務省令第九号）
この省令は、平成三十年四月一日から施行する。 ただし、第二表に係る改正規定は、同年七月一日から施行する。附則（平成三一年三月二九日法務省令第二〇号）
この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。 ただし、第二表に係る改正規定は、同年五月三十一日から施行する。附則（令和二年三月三〇日法務省令第一二号）
この省令は、令和二年四月一日から施行する。附則（令和三年三月三一日法務省令第二三号）
この省令は、令和三年四月一日から施行する。附則（令和四年三月二五日法務省令第一六号）
この省令は、令和四年四月一日から施行する。附則（令和五年三月三〇日法務省令第一二号）
この省令は、令和五年四月一日から施行する。 ただし、第二表に係る改正規定は、同月十日から施行する。附則（令和六年三月二九日法務省令第一七号）
この省令は、令和六年四月一日から施行する。別表第一 （第一条関係）
| 名称 | 位置 |
| 北海少年院 | 千歳市 |
| 盛岡少年院 | 盛岡市 |
| 東北少年院 | 仙台市 |
| 茨城農芸学院 | 牛久市 |
| 水府学院 | 茨城県東茨城郡茨城町 |
| 喜連川少年院 | さくら市 |
| 赤城少年院 | 前橋市 |
| 榛名女子学園 | 群馬県北群馬郡榛東村 |
| 八街少年院 | 八街市 |
| 多摩少年院 | 東京都 |
| 東日本少年矯正医療・教育センター | 東京都 |
| 愛光女子学園 | 東京都 |
| 久里浜少年院 | 横須賀市 |
| 新潟少年学院 | 長岡市 |
| 有明高原寮 | 安曇野市 |
| 駿府学園 | 静岡市 |
| 湖南学院 | 金沢市 |
| 瀬戸少年院 | 瀬戸市 |
| 愛知少年院 | 豊田市 |
| 豊ケ岡学園 | 豊明市 |
| 宮川医療少年院 | 伊勢市 |
| 京都医療少年院 | 宇治市 |
| 浪速少年院 | 茨木市 |
| 交野女子学院 | 交野市 |
| 和泉学園 | 阪南市 |
| 加古川学園 | 加古川市 |
| 奈良少年院 | 奈良市 |
| 岡山少年院 | 岡山市 |
| 広島少年院 | 東広島市 |
| 丸亀少女の家 | 丸亀市 |
| 四国少年院 | 善通寺市 |
| 筑紫少女苑 | 福岡市 |
| 福岡少年院 | 福岡市 |
| 人吉農芸学院 | 熊本県球磨郡錦町 |
| 中津少年学院 | 中津市 |
| 大分少年院 | 豊後大野市 |
| 沖縄少年院 | 糸満市 |
別表第二 （第十二条関係）
| 所轄少年院 | 分院の名称 | 位置 |
| 北海少年院 | 紫明女子学院 | 千歳市 |
| 東北少年院 | 青葉女子学園 | 仙台市 |
| 和泉学園 | 泉南学寮 | 阪南市 |
| 加古川学園 | 播磨学園 | 加古川市 |
| 広島少年院 | 貴船原少女苑 | 東広島市 |
| 沖縄少年院 | 沖縄女子学園 | 糸満市 |
別表第三 （第十六条関係）
| 名称 | 位置 |
| 札幌少年鑑別所 | 札幌市 |
| 旭川少年鑑別所 | 旭川市 |
| 青森少年鑑別所 | 青森市 |
| 仙台少年鑑別所 | 仙台市 |
| 秋田少年鑑別所 | 秋田市 |
| 福島少年鑑別所 | 福島市 |
| 水戸少年鑑別所 | 水戸市 |
| 宇都宮少年鑑別所 | 宇都宮市 |
| 前橋少年鑑別所 | 前橋市 |
| さいたま少年鑑別所 | さいたま市 |
| 千葉少年鑑別所 | 千葉市 |
| 東京少年鑑別所 | 東京都 |
| 東京西少年鑑別所 | 東京都 |
| 横浜少年鑑別所 | 横浜市 |
| 新潟少年鑑別所 | 新潟市 |
| 甲府少年鑑別所 | 甲府市 |
| 長野少年鑑別所 | 長野市 |
| 静岡少年鑑別所 | 静岡市 |
| 金沢少年鑑別所 | 金沢市 |
| 岐阜少年鑑別所 | 岐阜市 |
| 名古屋少年鑑別所 | 名古屋市 |
| 津少年鑑別所 | 津市 |
| 大津少年鑑別所 | 大津市 |
| 京都少年鑑別所 | 京都市 |
| 大阪少年鑑別所 | 堺市 |
| 神戸少年鑑別所 | 神戸市 |
| 奈良少年鑑別所 | 奈良市 |
| 和歌山少年鑑別所 | 和歌山市 |
| 松江少年鑑別所 | 松江市 |
| 岡山少年鑑別所 | 岡山市 |
| 広島少年鑑別所 | 広島市 |
| 山口少年鑑別所 | 山口市 |
| 徳島少年鑑別所 | 徳島市 |
| 高松少年鑑別所 | 高松市 |
| 松山少年鑑別所 | 松山市 |
| 高知少年鑑別所 | 高知市 |
| 福岡少年鑑別所 | 福岡市 |
| 佐賀少年鑑別所 | 佐賀市 |
| 長崎少年鑑別所 | 長崎市 |
| 熊本少年鑑別所 | 熊本市 |
| 大分少年鑑別所 | 大分市 |
| 宮崎少年鑑別所 | 宮崎市 |
| 鹿児島少年鑑別所 | 鹿児島市 |
| 那覇少年鑑別所 | 那覇市 |
別表第四 （第二十四条関係）
| 所轄少年鑑別所 | 分所の名称 | 位置 |
| 札幌少年鑑別所 | 函館少年鑑別支所 | 函館市 |
| | 釧路少年鑑別支所 | 釧路市 |
| 仙台少年鑑別所 | 盛岡少年鑑別支所 | 盛岡市 |
| | 山形少年鑑別支所 | 山形市 |
| 名古屋少年鑑別所 | 富山少年鑑別支所 | 富山市 |
| | 福井少年鑑別支所 | 福井市 |
| 広島少年鑑別所 | 鳥取少年鑑別支所 | 鳥取市 |
| 福岡少年鑑別所 | 小倉少年鑑別支所 | 北九州市 |