第一条 この省令において「国税」、「国税関係帳簿書類」、「電磁的記録」、「保存義務者」、「電子取引」又は「電子計算機出力マイクロフィルム」とは、それぞれ電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（平成十年法律第二十五号。以下「法」という。）第二条に規定する国税、国税関係帳簿書類、電磁的記録、保存義務者、電子取引又は電子計算機出力マイクロフィルムをいう。
２ この省令において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一 電子計算機処理
電子計算機を使用して行われる情報の入力、蓄積、編集、加工、修正、更新、検索、消去、出力又はこれらに類する処理をいう。
二 納税地等
保存義務者が、国税関係帳簿書類に係る国税の納税者（国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第二条第五号（定義）に規定する納税者をいう。以下この号及び第五条第五項第二号ホにおいて同じ。）である場合には当該国税の納税地をいい、国税関係帳簿書類に係る国税の納税者でない場合には当該国税関係帳簿書類に係る対応業務（国税に関する法律の規定により業務に関して国税関係帳簿書類の保存をしなければならないこととされている場合における当該業務をいう。）を行う事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地をいう。
第二条 法第四条第一項に規定する財務省令で定める国税関係帳簿は、所得税法（昭和四十年法律第三十三号）又は法人税法（昭和四十年法律第三十四号）の規定により備付け及び保存をしなければならないこととされている帳簿であって、資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引につき、正規の簿記の原則（同法の規定により備付け及び保存をしなければならないこととされている帳簿にあっては、複式簿記の原則）に従い、整然と、かつ、明瞭に記録されているもの以外のものとする。
２ 法第四条第一項の規定により国税関係帳簿（同項に規定する国税関係帳簿をいう。第六項第三号を除き、以下同じ。）に係る電磁的記録の備付け及び保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えようとする保存義務者は、次に掲げる要件（当該保存義務者が第五条第五項第一号に定める要件に従って当該電磁的記録の備付け及び保存を行っている場合には、第三号に掲げる要件を除く。）に従って当該電磁的記録の備付け及び保存をしなければならない。一 当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存に併せて、次に掲げる書類（当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理に当該保存義務者が開発したプログラム（電子計算機に対する指令であって、一の結果を得ることができるように組み合わされたものをいう。以下この項及び第六項第四号において同じ。）以外のプログラムを使用する場合にはイ及びロに掲げる書類を除くものとし、当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理を他の者（当該電子計算機処理に当該保存義務者が開発したプログラムを使用する者を除く。）に委託している場合にはハに掲げる書類を除くものとする。）の備付けを行うこと。 イ 当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理システム（電子計算機処理に関するシステムをいう。以下同じ。）の概要を記載した書類
ロ 当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理システムの開発に際して作成した書類
ハ 当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理システムの操作説明書
ニ 当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理並びに当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存に関する事務手続を明らかにした書類（当該電子計算機処理を他の者に委託している場合には、その委託に係る契約書並びに当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存に関する事務手続を明らかにした書類）
二 当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存をする場所に当該電磁的記録の電子計算機処理の用に供することができる電子計算機、プログラム、ディスプレイ及びプリンタ並びにこれらの操作説明書を備え付け、当該電磁的記録をディスプレイの画面及び書面に、整然とした形式及び明瞭な状態で、速やかに出力することができるようにしておくこと。
三 国税に関する法律の規定による当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることができるようにしておくこと。
３ 前項の規定は、法第四条第二項の規定により国税関係書類（法第二条第二号に規定する国税関係書類をいう。以下同じ。）に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えようとする保存義務者の当該電磁的記録の保存について準用する。 ４ 法第四条第三項に規定する財務省令で定める書類は、国税関係書類のうち、棚卸表、貸借対照表及び損益計算書並びに計算、整理又は決算に関して作成されたその他の書類とする。 ５ 法第四条第三項に規定する財務省令で定める装置は、スキャナとする。 ６ 法第四条第三項の規定により国税関係書類（同項に規定する国税関係書類に限る。以下この条において同じ。）に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えようとする保存義務者は、次に掲げる要件（当該保存義務者が国税に関する法律の規定による当該電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることができるようにしている場合には、第五号（ロ及びハに係る部分に限る。）に掲げる要件を除く。）に従って当該電磁的記録の保存をしなければならない。一 次に掲げる方法のいずれかにより入力すること。 イ 当該国税関係書類に係る記録事項の入力をその作成又は受領後、速やかに行うこと。
ロ 当該国税関係書類に係る記録事項の入力をその業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに行うこと（当該国税関係書類の作成又は受領から当該入力までの各事務の処理に関する規程を定めている場合に限る。）。
二 前号の入力に当たっては、次に掲げる要件（当該保存義務者が同号イ又はロに掲げる方法により当該国税関係書類に係る記録事項を入力したことを確認することができる場合にあっては、ロに掲げる要件を除く。）を満たす電子計算機処理システムを使用すること。 イ スキャナ（次に掲げる要件を満たすものに限る。）を使用する電子計算機処理システムであること。
ロ 当該国税関係書類の作成又は受領後、速やかに一の入力単位ごとの電磁的記録の記録事項に総務大臣が認定する時刻認証業務（電磁的記録に記録された情報にタイムスタンプを付与する役務を提供する業務をいう。）に係るタイムスタンプ（次に掲げる要件を満たすものに限る。以下この号並びに第四条第一項第一号及び第二号において「タイムスタンプ」という。）を付すこと（当該国税関係書類の作成又は受領から当該タイムスタンプを付すまでの各事務の処理に関する規程を定めている場合にあっては、その業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに当該記録事項に当該タイムスタンプを付すこと）。
ハ 当該国税関係書類に係る電磁的記録の記録事項について、次に掲げる要件のいずれかを満たす電子計算機処理システムであること。
三 当該国税関係書類に係る電磁的記録の記録事項と当該国税関係書類に関連する法第二条第二号に規定する国税関係帳簿の記録事項（当該国税関係帳簿が、法第四条第一項の規定により当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えられているもの又は法第五条第一項若しくは第三項の規定により当該電磁的記録の備付け及び当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えられているものである場合には、当該電磁的記録又は当該電子計算機出力マイクロフィルムの記録事項）との間において、相互にその関連性を確認することができるようにしておくこと。
四 当該国税関係書類に係る電磁的記録の保存をする場所に当該電磁的記録の電子計算機処理の用に供することができる電子計算機、プログラム、映像面の最大径が三十五センチメートル以上のカラーディスプレイ及びカラープリンタ並びにこれらの操作説明書を備え付け、当該電磁的記録をカラーディスプレイの画面及び書面に、次のような状態で速やかに出力することができるようにしておくこと。 イ 整然とした形式であること。
ロ 当該国税関係書類と同程度に明瞭であること。
ハ 拡大又は縮小して出力することが可能であること。
ニ 国税庁長官が定めるところにより日本産業規格Ｚ八三〇五に規定する四ポイントの大きさの文字を認識することができること。
五 当該国税関係書類に係る電磁的記録の記録事項の検索をすることができる機能（次に掲げる要件を満たすものに限る。）を確保しておくこと。 イ 取引年月日その他の日付、取引金額及び取引先（ロ及びハにおいて「記録項目」という。）を検索の条件として設定することができること。
ロ 日付又は金額に係る記録項目については、その範囲を指定して条件を設定することができること。
ハ 二以上の任意の記録項目を組み合わせて条件を設定することができること。
六 第二項第一号の規定は、法第四条第三項の規定により国税関係書類に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えようとする保存義務者の当該電磁的記録の保存について準用する。
７ 法第四条第三項の規定により国税関係書類に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えようとする保存義務者は、当該国税関係書類のうち国税庁長官が定める書類（以下この項及び第九項において「一般書類」という。）に記載されている事項を電磁的記録に記録する場合には、前項第一号及び第三号に掲げる要件にかかわらず、当該電磁的記録の保存に併せて、当該電磁的記録の作成及び保存に関する事務の手続を明らかにした書類（当該事務の責任者が定められているものに限る。）の備付けを行うことにより、当該一般書類に係る電磁的記録の保存をすることができる。 ８ 法第四条第三項の保存義務者が、災害その他やむを得ない事情により、同項前段に規定する財務省令で定めるところに従って同項前段の国税関係書類に係る電磁的記録の保存をすることができなかったことを証明した場合には、前二項の規定にかかわらず、当該電磁的記録の保存をすることができる。 ９ 法第四条第三項の規定により国税関係書類に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えている保存義務者は、当該国税関係書類のうち当該国税関係書類の保存に代える日（第二号において「基準日」という。）前に作成又は受領をした書類（一般書類を除く。以下第十一項までにおいて「過去分重要書類」という。）に記載されている事項を電磁的記録に記録する場合において、あらかじめ、その記録する事項に係る過去分重要書類の種類及び次に掲げる事項を記載した届出書（以下この項及び次項において「適用届出書」という。）を納税地等の所轄税務署長（当該過去分重要書類が、酒税法施行令（昭和三十七年政令第九十七号）第五十二条第四項ただし書（記帳義務）、たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十七条第五項ただし書（記帳義務）、揮発油税法施行令（昭和三十二年政令第五十七号）第十七条第五項ただし書（記帳義務）、石油ガス税法施行令（昭和四十一年政令第五号）第二十一条第四項ただし書（記帳義務）若しくは石油石炭税法施行令（昭和五十三年政令第百三十二号）第二十条第八項ただし書（記帳義務）の書類若しくは輸入の許可書、消費税法施行規則（昭和六十三年大蔵省令第五十三号）第二十七条第六項（帳簿の記載事項等）の書類若しくは輸入の許可があったことを証する書類又は国際観光旅客税法施行令（平成三十年政令第百六十一号）第七条ただし書（同条の国外事業者に係る部分に限る。）（記帳義務）に規定する旅客名簿である場合にあっては、納税地等の所轄税関長。次項において「所轄税務署長等」という。）に提出したとき（従前において当該過去分重要書類と同一の種類の書類に係る適用届出書を提出していない場合に限る。）は、第六項第一号に掲げる要件にかかわらず、当該電磁的記録の保存に併せて、当該電磁的記録の作成及び保存に関する事務の手続を明らかにした書類（当該事務の責任者が定められているものに限る。）の備付けを行うことにより、当該過去分重要書類に係る電磁的記録の保存をすることができる。一 届出者の氏名又は名称、住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地及び法人番号（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成二十五年法律第二十七号）第二条第十五項（定義）に規定する法人番号をいう。以下この号及び第五条第一項から第三項までにおいて同じ。）（法人番号を有しない者にあっては、氏名又は名称及び住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地）
二 基準日
三 その他参考となるべき事項
１０ 前項の保存義務者は、同項の規定の適用を受けようとする過去分重要書類につき、所轄税務署長等のほかに適用届出書の提出に当たり便宜とする税務署長（以下この項において「所轄外税務署長」という。）がある場合において、当該所轄外税務署長がその便宜とする事情について相当の理由があると認めたときは、当該所轄外税務署長を経由して、その便宜とする事情の詳細を記載した適用届出書を当該所轄税務署長等に提出することができる。 １１ 第九項の規定により過去分重要書類に係る電磁的記録の保存をする保存義務者が、災害その他やむを得ない事情により、法第四条第三項前段に規定する財務省令で定めるところに従って当該電磁的記録の保存をすることができないこととなったことを証明した場合には、第九項の規定にかかわらず、当該電磁的記録の保存をすることができる。 １２ 法第四条第三項後段に規定する財務省令で定める要件は、同項後段の国税関係書類に係る電磁的記録について、当該国税関係書類の保存場所に、国税に関する法律の規定により当該国税関係書類の保存をしなければならないこととされている期間、保存が行われることとする。 （国税関係帳簿書類の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存等）第三条 法第五条第一項の規定により国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えようとする保存義務者は、前条第二項各号に掲げる要件（当該保存義務者が第五条第五項第二号に定める要件に従って当該電磁的記録の備付け及び当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存を行っている場合には、前条第二項第三号に掲げる要件を除く。）及び次に掲げる要件に従って当該電磁的記録の備付け及び当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をしなければならない。
一 当該電子計算機出力マイクロフィルムの保存に併せて、次に掲げる書類の備付けを行うこと。 イ 当該電子計算機出力マイクロフィルムの作成及び保存に関する事務手続を明らかにした書類
ロ 次に掲げる事項が記載された書類
二 当該電子計算機出力マイクロフィルムの保存をする場所に、日本産業規格Ｂ七一八六に規定する基準を満たすマイクロフィルムリーダプリンタ及びその操作説明書を備え付け、当該電子計算機出力マイクロフィルムの内容を当該マイクロフィルムリーダプリンタの画面及び書面に、整然とした形式及び明瞭な状態で、速やかに出力することができるようにしておくこと。
２ 前項の規定は、法第五条第二項の規定により国税関係書類に係る電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもって当該国税関係書類の保存に代えようとする保存義務者の当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存について準用する。 ３ 法第五条第三項に規定する財務省令で定める場合は、法第四条第一項の規定により国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えている保存義務者の当該国税関係帳簿又は同条第二項の規定により国税関係書類に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えている保存義務者の当該国税関係書類の全部又は一部について、その保存期間（国税に関する法律の規定により国税関係帳簿又は国税関係書類の保存をしなければならないこととされている期間をいう。）の全期間（電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもってこれらの電磁的記録の保存に代えようとする日以後の期間に限る。）につき電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもってこれらの電磁的記録の保存に代えようとする場合とする。 ４ 第一項及び第二項の規定は、法第五条第三項の規定により国税関係帳簿又は国税関係書類に係る電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもって当該国税関係帳簿又は国税関係書類に係る電磁的記録の保存に代えようとする保存義務者の当該国税関係帳簿又は国税関係書類に係る電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存について準用する。 （電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存）第四条 法第七条に規定する保存義務者は、電子取引を行った場合には、当該電子取引の取引情報（法第二条第五号に規定する取引情報をいう。以下この項及び第三項において同じ。）に係る電磁的記録を、当該取引情報の受領が書面により行われたとした場合又は当該取引情報の送付が書面により行われその写しが作成されたとした場合に、国税に関する法律の規定により、当該書面を保存すべきこととなる場所に、当該書面を保存すべきこととなる期間、次に掲げる措置のいずれかを行い、第二条第二項第二号及び第六項第五号並びに同項第六号において準用する同条第二項第一号（同号イに係る部分に限る。）に掲げる要件（当該保存義務者が国税に関する法律の規定による当該電磁的記録の提示又は提出の要求（以下この項において「電磁的記録の提示等の要求」という。）に応じることができるようにしている場合には、同条第六項第五号（ロ及びハに係る部分に限る。）に掲げる要件（当該保存義務者が、その判定期間に係る基準期間における売上高が五千万円以下である事業者である場合又は国税に関する法律の規定による当該電磁的記録を出力することにより作成した書面で整然とした形式及び明瞭な状態で出力され、取引年月日その他の日付及び取引先ごとに整理されたものの提示若しくは提出の要求に応じることができるようにしている場合であって、当該電磁的記録の提示等の要求に応じることができるようにしているときは、同号に掲げる要件）を除く。）に従って保存しなければならない。
一 当該電磁的記録の記録事項にタイムスタンプが付された後、当該取引情報の授受を行うこと。
二 次に掲げる方法のいずれかにより、当該電磁的記録の記録事項にタイムスタンプを付すこと。 イ 当該電磁的記録の記録事項にタイムスタンプを付すことを当該取引情報の授受後、速やかに行うこと。
ロ 当該電磁的記録の記録事項にタイムスタンプを付すことをその業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに行うこと（当該取引情報の授受から当該記録事項にタイムスタンプを付すまでの各事務の処理に関する規程を定めている場合に限る。）。
三 次に掲げる要件のいずれかを満たす電子計算機処理システムを使用して当該取引情報の授受及び当該電磁的記録の保存を行うこと。 イ 当該電磁的記録の記録事項について訂正又は削除を行った場合には、これらの事実及び内容を確認することができること。
ロ 当該電磁的記録の記録事項について訂正又は削除を行うことができないこと。
四 当該電磁的記録の記録事項について正当な理由がない訂正及び削除の防止に関する事務処理の規程を定め、当該規程に沿った運用を行い、当該電磁的記録の保存に併せて当該規程の備付けを行うこと。
２ 前項及びこの項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一 事業者
個人事業者（業務を行う個人をいう。以下この項において同じ。）及び法人をいう。
二 判定期間
次に掲げる事業者の区分に応じそれぞれ次に定める期間をいう。
イ
ロ
三 基準期間
個人事業者についてはその年の前々年をいい、法人についてはその事業年度の前々事業年度（当該前々事業年度が一年未満である法人については、その事業年度開始の日の二年前の日の前日から同日以後一年を経過する日までの間に開始した各事業年度を合わせた期間）をいう。
第五条 法第八条第四項に規定する財務省令で定める国税関係帳簿は、同項に規定する修正申告等（以下この項及び次項において「修正申告等」という。）の基因となる事項に係る所得税法施行規則（昭和四十年大蔵省令第十一号）第五十八条第一項（取引に関する帳簿及び記載事項）に規定する仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿（財務大臣の定める取引に関する事項の記載に係るものに限る。）、法人税法施行規則（昭和四十年大蔵省令第十二号）第五十四条（取引に関する帳簿及び記載事項）に規定する仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿（手形（融通手形を除く。）上の債権債務に関する事項、売掛金（未収加工料その他売掛金と同様の性質を有するものを含む。）その他債権に関する事項（当座預金の預入れ及び引出しに関する事項を除く。）、買掛金（未払加工料その他買掛金と同様の性質を有するものを含む。）その他債務に関する事項、法人税法第二条第二十一号（定義）に規定する有価証券（商品であるものを除く。）に関する事項、同条第二十三号に規定する減価償却資産に関する事項、同条第二十四号に規定する繰延資産に関する事項、売上げ（加工その他の役務の給付その他売上げと同様の性質を有するものを含む。）その他収入に関する事項及び仕入れその他経費（賃金、給料手当、法定福利費及び厚生費を除く。）に関する事項の記載に係るものに限る。）又は消費税法（昭和六十三年法律第百八号）第三十条第七項（仕入れに係る消費税額の控除）、第三十八条第二項（売上げに係る対価の返還等をした場合の消費税額の控除）、第三十八条の二第二項（特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた場合の消費税額の控除）及び第五十八条（帳簿の備付け等）に規定する帳簿（保存義務者が、あらかじめ、これらの帳簿（以下この項及び次項において「特例国税関係帳簿」という。）に係る電磁的記録又は電子計算機出力マイクロフィルムに記録された事項に関し修正申告等があった場合には法第八条第四項の規定の適用を受ける旨及び次に掲げる事項を記載した届出書を納税地等の所轄税務署長（当該修正申告等の基因となる事項に係る当該特例国税関係帳簿が、消費税法第三十条第七項に規定する帳簿（同条第八項第三号に掲げるものに限る。）及び同法第五十八条に規定する帳簿（同条に規定する課税貨物の同法第二条第一項第二号（定義）に規定する保税地域からの引取りに関する事項の記録に係るものに限る。）である場合にあっては、納税地等の所轄税関長。次項及び第三項において「所轄税務署長等」という。）に提出している場合における当該特例国税関係帳簿に限る。）とする。
一 届出に係る特例国税関係帳簿の種類
二 届出者の氏名又は名称、住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地及び法人番号（法人番号を有しない者にあっては、氏名又は名称及び住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地）
三 届出に係る特例国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存又は当該電磁的記録の備付け及び当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもって当該特例国税関係帳簿の備付け及び保存に代える日
四 その他参考となるべき事項
２ 前項の保存義務者は、特例国税関係帳簿に係る電磁的記録又は電子計算機出力マイクロフィルムに記録された事項に関し修正申告等があった場合において法第八条第四項の規定の適用を受けることをやめようとするときは、あらかじめ、その旨及び次に掲げる事項を記載した届出書を所轄税務署長等に提出しなければならない。一 届出者の氏名又は名称、住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地及び法人番号（法人番号を有しない者にあっては、氏名又は名称及び住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地）
二 前項の届出書を提出した年月日
三 その他参考となるべき事項
３ 第一項の保存義務者は、同項の届出書に記載した事項の変更をしようとする場合には、あらかじめ、その旨及び次に掲げる事項を記載した届出書を所轄税務署長等に提出しなければならない。一 届出者の氏名又は名称、住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地及び法人番号（法人番号を有しない者にあっては、氏名又は名称及び住所若しくは居所又は本店若しくは主たる事務所の所在地）
二 第一項の届出書を提出した年月日
三 変更をしようとする事項及び当該変更の内容
四 その他参考となるべき事項
４ 第二条第十項の規定は、前三項の届出書の提出について準用する。 ５ 法第八条第四項に規定する財務省令で定める要件は、次の各号に掲げる保存義務者の区分に応じ当該各号に定める要件とする。一 法第八条第四項第一号に規定する保存義務者
次に掲げる要件（当該保存義務者が国税に関する法律の規定による当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることができるようにしている場合には、ハ（（２）及び（３）に係る部分に限る。）に掲げる要件を除く。）
イ 当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理に、次に掲げる要件を満たす電子計算機処理システムを使用すること。
ロ 当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の記録事項と関連国税関係帳簿（当該国税関係帳簿に関連する第二条国税関係帳簿（法第二条第二号に規定する国税関係帳簿をいう。）をいう。ロにおいて同じ。）の記録事項（当該関連国税関係帳簿が、法第四条第一項の規定により当該関連国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存をもって当該関連国税関係帳簿の備付け及び保存に代えられているもの又は法第五条第一項若しくは第三項の規定により当該電磁的記録の備付け及び当該電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルムによる保存をもって当該関連国税関係帳簿の備付け及び保存に代えられているものである場合には、当該電磁的記録又は当該電子計算機出力マイクロフィルムの記録事項）との間において、相互にその関連性を確認することができるようにしておくこと。
ハ 当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の記録事項の検索をすることができる機能（次に掲げる要件を満たすものに限る。）を確保しておくこと。
二 法第八条第四項第二号に規定する保存義務者
次に掲げる要件
イ 前号に定める要件
ロ 第三条第一項第一号ロ（１）の電磁的記録に、前号イ（１）及び（２）に規定する事実及び内容に係るものが含まれていること。
ハ 当該電子計算機出力マイクロフィルムの保存に併せて、国税関係帳簿の種類及び取引年月日その他の日付を特定することによりこれらに対応する電子計算機出力マイクロフィルムを探し出すことができる索引簿の備付けを行うこと。
ニ 当該電子計算機出力マイクロフィルムごとの記録事項の索引を当該索引に係る電子計算機出力マイクロフィルムに出力しておくこと。
ホ 当該国税関係帳簿の保存期間（国税に関する法律の規定により国税関係帳簿の保存をしなければならないこととされている期間をいう。）の初日から当該国税関係帳簿に係る国税の国税通則法第二条第七号（定義）に規定する法定申告期限（当該法定申告期限のない国税に係る国税関係帳簿については、当該国税の同条第八号に規定する法定納期限）後三年を経過する日までの間（当該保存義務者が当該国税関係帳簿に係る国税の納税者でない場合には、当該保存義務者が当該納税者であるとした場合における当該期間に相当する期間）、当該電子計算機出力マイクロフィルムの保存に併せて第二条第二項第二号及び前号ハに掲げる要件（当該保存義務者が国税に関する法律の規定による当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることができるようにしている場合には、同号ハ（（２）及び（３）に係る部分に限る。）に掲げる要件を除く。）に従って当該電子計算機出力マイクロフィルムに係る電磁的記録の保存をし、又は当該電子計算機出力マイクロフィルムの記録事項の検索をすることができる機能（同号ハに規定する機能（当該保存義務者が国税に関する法律の規定による当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることができるようにしている場合には、同号ハ（１）に掲げる要件を満たす機能）に相当するものに限る。）を確保しておくこと。
附則
この省令は、平成十年七月一日から施行する。附則（平成一二年七月一二日大蔵省令第六五号）
この省令は、平成十三年三月一日から施行する。附則（平成一二年八月二一日大蔵省令第六九号）
この省令は、平成十三年一月六日から施行する。附則（平成一五年九月三〇日財務省令第九一号）
この省令は、平成十五年十月一日から施行する。附則（平成一七年一月三一日財務省令第一号）
この省令は、平成十七年四月一日から施行する。 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則第八条第一項の規定は、この省令の施行の日以後に行う電子取引の取引情報（電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（平成十年法律第二十五号）第十条に規定する電子取引の取引情報をいう。以下同じ。）について適用し、同日前に行った電子取引の取引情報については、なお従前の例による。附則（平成二一年三月三一日財務省令第二二号）
この省令は、平成二十一年四月一日から施行する。附則（平成二六年七月九日財務省令第六一号）
この省令は、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成二十五年法律第二十七号）附則第一条第四号に掲げる規定の施行の日から施行する。 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（以下「新規則」という。）第五条第一項第一号の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に提出する電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第六条第一項又は第二項の申請書（以下この項において「申請書」という。）について適用し、施行日前に提出した申請書については、なお従前の例による。 新規則第六条第一項第一号及び第二項第一号の規定は、施行日以後に提出する電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第七条第一項又は第二項の届出書（以下この項において「届出書」という。）について適用し、施行日前に提出した届出書については、なお従前の例による。附則（平成二七年三月三一日財務省令第三六号）
この省令は、平成二十七年九月三十日から施行する。 ただし、第八条第一項第一号の改正規定及び附則第三項の規定は、平成二十八年一月一日から施行する。 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（以下「新規則」という。）第三条第三項、第五項及び第六項の規定は、この省令の施行の日以後に提出する電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第六条第二項の申請書（以下この項において「申請書」という。）に係る国税関係書類（同法第二条第二号に規定する国税関係書類をいう。以下この項において同じ。）について適用し、同日前に提出した申請書に係る国税関係書類については、なお従前の例による。 新規則第八条第一項の規定は、平成二十八年一月一日以後に行う電子取引の取引情報（電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第十条に規定する電子取引の取引情報をいう。以下同じ。）について適用し、同日前に行った電子取引の取引情報については、なお従前の例による。附則（平成二八年三月三一日財務省令第二六号）
この省令は、平成二十八年九月三十日から施行する。 ただし、第五条第一項第一号の改正規定並びに第六条第一項第一号及び第二項第一号の改正規定並びに附則第三項及び第四項の規定は、平成二十九年一月一日から施行する。 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（以下「新規則」という。）第三条の規定は、この省令の施行の日以後に提出する電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（以下「法」という。）第六条第二項の申請書（以下この項において「申請書」という。）に係る国税関係書類（法第二条第二号に規定する国税関係書類をいう。以下この項において同じ。）について適用し、同日前に提出した申請書に係る国税関係書類については、なお従前の例による。 新規則第五条第一項の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出する法第六条第一項又は第二項の申請書（以下この項において「申請書」という。）について適用し、同日前に提出した申請書については、なお従前の例による。 新規則第六条第一項及び第二項の規定は、平成二十九年一月一日以後に提出する法第七条第一項又は第二項の届出書（以下この項において「届出書」という。）について適用し、同日前に提出した届出書については、なお従前の例による。附則（平成三〇年四月一八日財務省令第三九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年一月七日から施行する。
附則（平成三一年三月二九日財務省令第二一号）
この省令は、令和元年九月三十日から施行する。 ただし、第三条第五項の改正規定及び第四条第一項第四号の改正規定は、同年七月一日から施行する。 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則第三条第七項及び第八項の規定は、この省令の施行の日以後に提出する同条第七項に規定する適用届出書に係る同項に規定する過去分重要書類について適用する。附則（令和二年三月三一日財務省令第二四号）
この省令は、令和二年十月一日から施行する。 ただし、次項の規定は、同年四月一日から施行する。附則（令和三年三月三一日財務省令第二五号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和四年一月一日から施行する。 ただし、第四条第一項第一号ロ（１）の改正規定（「記名押印」を「その氏名」に改める部分に限る。）及び同号ロ（２）の改正規定は、令和三年四月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（以下「新令」という。）第二条第六項の規定の適用については、改正前の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（以下「旧令」という。）第三条第五項第五号に規定する承認を受けている同号の国税関係帳簿に係る電磁的記録又は電子計算機出力マイクロフィルムの記録事項は、新令第二条第六項第四号に規定する国税関係帳簿の記録事項とみなす。 新令第二条第九項の規定の適用については、旧令第三条第七項に規定する適用届出書は、新令第二条第九項に規定する適用届出書とみなす。 この省令の施行の日から令和五年十二月三十一日までの間に電子取引を行う場合における新令第四条第三項の規定の適用については、同項中「証明したとき」とあるのは「証明したとき、又は納税地等の所轄税務署長が当該財務省令で定めるところに従って当該電磁的記録の保存をすることができなかったことについてやむを得ない事情があると認め、かつ、当該保存義務者が国税に関する法律の規定による当該電磁的記録を出力することにより作成した書面（整然とした形式及び明瞭な状態で出力されたものに限る。）の提示若しくは提出の要求に応じることができるようにしているとき」と、同項ただし書中「当該事情」とあるのは「これらの事情」とする。 新令第五条第五項の規定の適用については、旧令第三条第一項第二号に規定する承認を受けている同号に規定する関連国税関係帳簿に係る電磁的記録又は電子計算機出力マイクロフィルムの記録事項は、新令第五条第五項第一号ロに規定する関連国税関係帳簿の記録事項とみなす。
附則（令和三年一二月二七日財務省令第八〇号）
この省令は、令和四年一月一日から施行する。附則（令和四年三月三一日財務省令第二八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和四年四月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（次項において「新令」という。）第二条第六項（第二号ロに係る部分に限る。）及び第四条第一項（第一号及び第二号に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に保存が行われる電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第四条第三項に規定する国税関係書類（以下「国税関係書類」という。）又は電子取引の取引情報に係る電磁的記録について適用し、施行日前に保存が行われた国税関係書類又は電子取引の取引情報に係る電磁的記録については、なお従前の例による。 施行日から令和五年七月二十九日までの間に国税関係書類又は電子取引の取引情報に係る電磁的記録について保存が行われる場合における新令第二条第六項の規定の適用については、同項第二号ロ中「業務をいう。）」とあるのは、「業務をいう。）又は一般財団法人日本データ通信協会が認定する業務」とする。
附則（令和五年三月三一日財務省令第二二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年一月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 改正後の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則（以下「新令」という。）第二条第六項及び第七項の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に保存が行われる電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第四条第三項に規定する国税関係書類（以下この項において「国税関係書類」という。）について適用し、施行日前に保存が行われた国税関係書類については、なお従前の例による。 新令第四条の規定は、施行日以後に行う電子取引の取引情報について適用し、施行日前に行った電子取引の取引情報については、なお従前の例による。 新令第五条第一項の規定は、施行日以後に国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第二条第七号に規定する法定申告期限（国税に関する法律の規定により当該法定申告期限とみなされる期限を含み、同法第六十一条第一項第二号に規定する還付請求申告書については、当該申告書を提出した日とする。以下この項において「法定申告期限」という。）が到来する国税について適用し、施行日前に法定申告期限が到来した国税については、なお従前の例による。