第一条 感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（以下「法」という。）第六条第三項第六号の政令で定める血清亜型は、次に掲げるものとする。
一 Ｈ五Ｎ一
二 Ｈ七Ｎ九
（四類感染症）第一条の二 法第六条第五項第十一号の政令で定める感染性の疾病は、次に掲げるものとする。
一 ウエストナイル熱
二 エキノコックス症
三 エムポックス
四 オウム病
五 オムスク出血熱
六 回帰熱
七 キャサヌル森林病
八 コクシジオイデス症
九 ジカウイルス感染症
十 重症熱性血小板減少症候群（病原体がフレボウイルス属ＳＦＴＳウイルスであるものに限る。）
十一 腎症候性出血熱
十二 西部ウマ脳炎
十三 ダニ媒介脳炎
十四 チクングニア熱
十五 つつが虫病
十六 デング熱
十七 東部ウマ脳炎
十八 ニパウイルス感染症
十九 日本紅斑熱
二十 日本脳炎
二十一 ハンタウイルス肺症候群
二十二 Ｂウイルス病
二十三 鼻
二十四 ブルセラ症
二十五 ベネズエラウマ脳炎
二十六 ヘンドラウイルス感染症
二十七 発しんチフス
二十八 ライム病
二十九 リッサウイルス感染症
三十 リフトバレー熱
三十一 類鼻疽
三十二 レジオネラ症
三十三 レプトスピラ症
三十四 ロッキー山紅斑熱
（病院又は診療所に準ずる医療機関）第一条の三 法第六条第十七項の病院又は診療所に準ずるものとして政令で定めるものは、健康保険法（大正十一年法律第七十号）第八十八条第一項に規定する指定訪問看護事業者とする。
（一種病原体等）第一条の四 法第六条第二十二項第六号の政令で定める病原体等は、次に掲げるものとする。
一 アレナウイルス属チャパレウイルス
二 エボラウイルス属ブンディブギョエボラウイルス
（三種病原体等の結核菌が耐性を有する薬剤）第一条の五 法第六条第二十四項第二号の政令で定める薬剤は、第一号に掲げる薬剤及び第二号に掲げる薬剤とする。
一 モキシフロキサシン又はレボフロキサシン
二 ベダキリン又はリネゾリド
（三種病原体等）第二条 法第六条第二十四項第四号の政令で定める病原体等は、次に掲げるものとする。
一 アルファウイルス属イースタンエクインエンセファリティスウイルス（別名東部ウマ脳炎ウイルス）、ウエスタンエクインエンセファリティスウイルス（別名西部ウマ脳炎ウイルス）及びベネズエラエクインエンセファリティスウイルス（別名ベネズエラウマ脳炎ウイルス）
二 オルソポックスウイルス属モンキーポックスウイルス（別名エムポックスウイルス）
三 コクシディオイデス属イミチス
四 シンプレックスウイルス属Ｂウイルス
五 バークホルデリア属シュードマレイ（別名類鼻疽菌）及びマレイ（別名鼻疽菌）
六 ハンタウイルス属アンデスウイルス、シンノンブレウイルス、ソウルウイルス、ドブラバーベルグレドウイルス、ニューヨークウイルス、バヨウウイルス、ハンタンウイルス、プーマラウイルス、ブラッククリークカナルウイルス及びラグナネグラウイルス
七 フラビウイルス属オムスクヘモラジックフィーバーウイルス（別名オムスク出血熱ウイルス）、キャサヌルフォレストディジーズウイルス（別名キャサヌル森林病ウイルス）及びティックボーンエンセファリティスウイルス（別名ダニ媒介脳炎ウイルス）
八 ブルセラ属アボルタス（別名ウシ流産菌）、カニス（別名イヌ流産菌）、スイス（別名ブタ流産菌）及びメリテンシス（別名マルタ熱菌）
九 フレボウイルス属ＳＦＴＳウイルス及びリフトバレーフィーバーウイルス（別名リフトバレー熱ウイルス）
十 ベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルス
十一 ヘニパウイルス属ニパウイルス及びヘンドラウイルス
十二 リケッチア属ジャポニカ（別名日本紅斑熱リケッチア）、ロワゼキイ（別名発しんチフスリケッチア）及びリケッチイ（別名ロッキー山紅斑熱リケッチア）
（四種病原体等であるインフルエンザウイルスＡ属インフルエンザＡウイルスの血清亜型）第二条の二 法第六条第二十五項第一号の政令で定める血清亜型は、次に掲げるものとする。
一 Ｈ二Ｎ二
二 Ｈ五Ｎ一
三 Ｈ七Ｎ七
四 Ｈ七Ｎ九
（四種病原体等）第三条 法第六条第二十五項第十一号の政令で定める病原体等は、次に掲げるものとする。
一 クラミドフィラ属シッタシ（別名オウム病クラミジア）
二 フラビウイルス属ウエストナイルウイルス、ジャパニーズエンセファリティスウイルス（別名日本脳炎ウイルス）及びデングウイルス
三 ベータコロナウイルス属のコロナウイルス（令和二年一月に、中華人民共和国から世界保健機関に対して、人に伝染する能力を有することが新たに報告されたものに限る。）
（疑似症患者を患者とみなす感染症）第四条 法第八条第一項の政令で定める二類感染症は、次に掲げるものとする。
一 結核
二 重症急性呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＳＡＲＳコロナウイルスであるものに限る。）
三 中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルスであるものに限る。）
四 鳥インフルエンザ（病原体がインフルエンザウイルスＡ属インフルエンザＡウイルスであってその血清亜型がＨ五Ｎ一又はＨ七Ｎ九であるものに限る。次条第九号において「鳥インフルエンザ（Ｈ五Ｎ一・Ｈ七Ｎ九）」という。）
（獣医師の届出）第五条 法第十三条第一項の政令で定める感染症は、次の各号に掲げる感染症とし、同項に規定する政令で定める動物は、それぞれ当該各号に定める動物とする。
一 エボラ出血熱
サル
二 マールブルグ病
サル
三 ペスト
プレーリードッグ
四 重症急性呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＳＡＲＳコロナウイルスであるものに限る。）
イタチアナグマ、タヌキ及びハクビシン
五 細菌性赤痢
サル
六 ウエストナイル熱
鳥類に属する動物
七 エキノコックス症
犬
八 結核
サル
九 鳥インフルエンザ（Ｈ五Ｎ一・Ｈ七Ｎ九）
鳥類に属する動物
十 新型インフルエンザ等感染症（法第六条第七項第三号に掲げる新型コロナウイルス感染症及び同項第四号に掲げる再興型コロナウイルス感染症を除く。）
鳥類に属する動物
十一 中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルスであるものに限る。）
ヒトコブラクダ
第六条 法第二十五条第六項（法第二十六条において準用する場合を含む。）の審議会等で政令で定めるものは、疾病・障害認定審査会とする。
（二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に関する読替え）第七条 法第二十六条第一項の規定による技術的読替えは、次の表のとおりとする。
２ 法第二十六条第二項の規定による技術的読替えは、次の表のとおりとする。 （建物に係る措置の基準）第八条 法第三十二条第二項の政令で定める基準は、次のとおりとする。
一 一類感染症の建物の外部へのまん延を防止することができるよう、当該一類感染症の発生の状況、当該措置を実施する建物の構造及び設備の状況その他の事情を考慮して適切な方法で行うこと。
二 法第三十二条第二項に規定する緊急の必要がなくなったときに、できる限り原状回復に支障をきたさない方法で行うこと。
（交通の制限又は遮断の基準）第九条 法第三十三条の政令で定める基準は、次のとおりとする。
一 一類感染症の広範囲の地域にわたるまん延を防止することができるよう、当該一類感染症の発生の状況、当該措置を実施する場所の交通の状況その他の事情を考慮して適切な方法で行うこと。
二 法第三十三条に規定する緊急の必要がなくなったときは、定められた期間内であっても、速やかに当該措置を解除すること。
三 当該措置の対象となる者の人権を尊重しつつ行うこと。
（流行初期医療確保措置の実施期間）第九条の二 法第三十六条の九第一項の政令で定める期間は、法第十六条第二項に規定する新型インフルエンザ等感染症等に係る発生等の公表（次条第二項において「新型インフルエンザ等感染症等に係る発生等の公表」という。）が行われた新型インフルエンザ等感染症、指定感染症又は新感染症のまん延の状況その他の事情を勘案して当該感染症について厚生労働大臣が定める期間とする。
（対象医療機関の診療報酬の額等）第九条の三 法第三十六条の九第一項に規定する対象医療機関（以下この条において単に「対象医療機関」という。）が同項に規定する医療協定等措置を講じたと認められる日（次項において「医療協定等措置認定日」という。）の属する月における当該対象医療機関の診療報酬の額として政令で定めるところにより算定した額は、次の各号に掲げる医療機関の区分に応じ、当該月の当該各号に定める費用（次項において「公的医療保険給付費」という。）として当該対象医療機関に支払われる額とする。
一 法第三十六条の二第一項第一号に掲げる措置を講じたと認められる医療機関
健康保険法、船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）、国民健康保険法（昭和三十三年法律第百九十二号）、国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号。他の法律において準用し、又は例による場合を含む。次号において同じ。）、地方公務員等共済組合法（昭和三十七年法律第百五十二号）又は高齢者の医療の確保に関する法律（昭和五十七年法律第八十号）による療養の給付並びに入院時食事療養費、入院時生活療養費、保険外併用療養費、家族療養費及び高額療養費の支給に要する費用
二 前号に掲げる医療機関以外の医療機関
外来療養（健康保険法第六十三条第一項第一号から第四号までに掲げる療養（同項第五号に掲げる療養に伴うものを除く。）、船員保険法第五十三条第一項第一号から第四号まで及び第六号に掲げる療養（同項第五号に掲げる療養に伴うものを除く。）、国民健康保険法第三十六条第一項第一号から第四号までに掲げる療養（同項第五号に掲げる療養に伴うものを除く。）、国家公務員共済組合法第五十四条第一項第一号から第四号までに掲げる療養（同項第五号に掲げる療養に伴うものを除く。）、地方公務員等共済組合法第五十六条第一項第一号から第四号までに掲げる療養（同項第五号に掲げる療養に伴うものを除く。）並びに高齢者の医療の確保に関する法律第六十四条第一項第一号から第四号までに掲げる療養（同項第五号に掲げる療養に伴うものを除く。）をいう。以下この号において同じ。）の給付並びに外来療養に係る保険外併用療養費、家族療養費及び高額療養費の支給に要する費用
第九条の四 法第三十六条の十の政令で定めるところにより算定した額は、前条第二項の規定により算定した額から同条第一項の規定により算定した額を控除した額に八分の十を乗じて得た額（その額に一円未満の端数があるときは、これを切り捨てるものとする。）とする。
（国の交付金の額）第九条の五 法第三十六条の十二の規定により国が都道府県に対して交付する額は、各都道府県につき、新型インフルエンザ等感染症等発生等公表日の属する月から第九条の二に規定する厚生労働大臣が定める期間が経過する日の属する月までの間（次条において「流行初期医療確保措置実施期間」という。）における流行初期医療確保措置（法第三十六条の九第一項に規定する流行初期医療確保措置をいう。次条において同じ。）に要した費用の額の八分の三に相当する額とする。
（流行初期医療確保交付金の額）第九条の六 法第三十六条の十三の規定により社会保険診療報酬支払基金（以下「支払基金」という。）が都道府県に対して交付する額は、各都道府県につき、流行初期医療確保措置実施期間における流行初期医療確保措置に要した費用の額の二分の一に相当する額とする。
（保険者の合併等の場合における流行初期医療確保拠出金等の額の算定の特例）第九条の七 合併若しくは分割により成立した保険者（高齢者の医療の確保に関する法律第七条第二項に規定する保険者をいう。以下この条において同じ。）、合併若しくは分割後存続する保険者又は解散をした保険者の権利義務を承継した保険者（以下この条において「成立保険者等」という。）に係る合併、分割又は解散が行われた年度（以下この条において「合併等年度」という。）の法第三十六条の十四第三項に規定する流行初期医療確保拠出金等（以下単に「流行初期医療確保拠出金等」という。）の額は、次の各号に掲げる成立保険者等の区分に応じ、当該各号に定める額とする。
一 合併又は分割により成立した保険者
当該保険者が当該合併により消滅した保険者又は当該分割により消滅した保険者若しくは当該分割後存続する保険者から承継した合併等年度の流行初期医療確保拠出金等に係る債務の額
二 合併後存続する保険者又は解散をした保険者の権利義務を承継した保険者
当該合併又は解散前における当該保険者に係る合併等年度の流行初期医療確保拠出金等の額に当該合併又は解散により消滅した保険者から承継した合併等年度の流行初期医療確保拠出金等に係る債務の額を加えて得た額
三 分割後存続する保険者
当該分割前における当該保険者に係る合併等年度の流行初期医療確保拠出金等の額から当該分割により成立した保険者が承継した合併等年度の流行初期医療確保拠出金等に係る債務の額を控除して得た額
第九条の八 法第三十六条の十九第三項の規定による流行初期医療確保拠出金等及び延滞金（法第三十六条の二十に規定する延滞金をいう。）の徴収の請求は、法第三十六条の十九第一項の規定による督促を受けた保険者等（法第三十六条の十四第一項に規定する保険者等をいう。以下この条において同じ。）の主たる事務所の所在地の都道府県知事に対して行うものとする。
（流行初期医療の確保に要する費用の返納）第九条の九 法第三十六条の二十三第一項の政令で定める収入は、法第三十六条の二第一項第一号又は第二号に掲げる措置に係る補助金のうち法第三十六条の九第一項に規定する流行初期医療の確保に要する費用に係るものとして厚生労働大臣が定めるもの（次項において「流行初期医療確保補助金」という。）とする。
２ 法第三十六条の二十三第一項の政令で定める額は、第一号に掲げる額から第二号に掲げる額を控除した額（当該額が同項の流行初期医療の確保に要する費用に係る収入の額（以下この項において「流行初期医療確保費用収入額」という。）を上回る場合には、流行初期医療確保費用収入額）とする。一 第九条の三第一項の規定により算定した額、流行初期医療確保費用収入額及び流行初期医療確保補助金の額の合計額
二 第九条の三第二項の規定により算定した額及び当該額から同条第一項により算定した額を控除した額に八分の二を乗じて得た額の合計額（その額に一円未満の端数があるときは、これを切り捨てるものとする。）
第九条の十 法第三十六条の二十三第四項において法第三十六条の十九から第三十六条の二十二までの規定を準用する場合においては、これらの規定中「支払基金」とあるのは「都道府県知事」と、「保険者等」とあるのは「対象医療機関」と読み替えるほか、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
（流行初期医療の確保に要する費用の返還に関する読替え）第九条の十一 法第三十六条の二十四第二項において法第三十六条の十九から第三十六条の二十二まで並びに第三十六条の二十三第二項及び第三項の規定を準用する場合においては、これらの規定中「支払基金」とあるのは「都道府県知事」と、「保険者等」とあるのは「対象医療機関」と読み替えるほか、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
（基金流行初期医療確保措置債券の形式）第九条の十二 法第三十六条の三十二第一項の規定により支払基金が発行する債券（以下「基金流行初期医療確保措置債券」という。）は、無記名式とする。
（基金流行初期医療確保措置債券の発行の方法）第九条の十三 基金流行初期医療確保措置債券の発行は、募集の方法による。
（基金流行初期医療確保措置債券申込証）第九条の十四 基金流行初期医療確保措置債券の募集に応じようとする者は、基金流行初期医療確保措置債券申込証にその引き受けようとする基金流行初期医療確保措置債券の数並びにその氏名又は名称及び住所を記載しなければならない。
２ 社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号。以下「社債等振替法」という。）の規定の適用がある基金流行初期医療確保措置債券（次条第二項において「振替基金流行初期医療確保措置債券」という。）の募集に応じようとする者は、前項の記載事項のほか、自己のために開設された当該基金流行初期医療確保措置債券の振替を行うための口座（同条第二項において「振替口座」という。）を基金流行初期医療確保措置債券申込証に記載しなければならない。 ３ 基金流行初期医療確保措置債券申込証は、支払基金が作成し、これに次に掲げる事項を記載しなければならない。一 基金流行初期医療確保措置債券の名称
二 基金流行初期医療確保措置債券の総額
三 各基金流行初期医療確保措置債券の金額
四 基金流行初期医療確保措置債券の利率
五 基金流行初期医療確保措置債券の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 基金流行初期医療確保措置債券の発行の価額
八 社債等振替法の規定の適用があるときは、その旨
九 社債等振替法の規定の適用がないときは、無記名式である旨
十 応募額が基金流行初期医療確保措置債券の総額を超える場合の措置
十一 募集又は管理の委託を受けた会社があるときは、その商号
（基金流行初期医療確保措置債券の引受け）第九条の十五 前条の規定は、政府若しくは地方公共団体が基金流行初期医療確保措置債券を引き受ける場合又は基金流行初期医療確保措置債券の募集の委託を受けた会社が自ら基金流行初期医療確保措置債券を引き受ける場合においては、その引き受ける部分については、適用しない。
２ 前項の場合において、振替基金流行初期医療確保措置債券を引き受ける政府若しくは地方公共団体又は振替基金流行初期医療確保措置債券の募集の委託を受けた会社は、その引受けの際に、振替口座を支払基金に示さなければならない。 （基金流行初期医療確保措置債券の成立の特則）第九条の十六 基金流行初期医療確保措置債券の応募総額が基金流行初期医療確保措置債券の総額に達しないときでも基金流行初期医療確保措置債券を成立させる旨を基金流行初期医療確保措置債券申込証に記載したときは、その応募額をもって基金流行初期医療確保措置債券の総額とする。
（基金流行初期医療確保措置債券の払込み）第九条の十七 基金流行初期医療確保措置債券の募集が完了したときは、支払基金は、遅滞なく、各基金流行初期医療確保措置債券についてその全額の払込みをさせなければならない。
（債券の発行）第九条の十八 支払基金は、前条の払込みがあったときは、遅滞なく、債券を発行しなければならない。
２ 各債券には、第九条の十四第三項第一号から第六号まで、第九号及び第十一号に掲げる事項並びに番号を記載し、支払基金の理事長がこれに記名押印しなければならない。 （基金流行初期医療確保措置債券原簿）第九条の十九 支払基金は、主たる事務所に基金流行初期医療確保措置債券原簿を備えて置かなければならない。
２ 基金流行初期医療確保措置債券原簿には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 基金流行初期医療確保措置債券の発行の年月日
二 基金流行初期医療確保措置債券の数（社債等振替法の規定の適用がないときは、基金流行初期医療確保措置債券の数及び番号）
三 第九条の十四第三項第一号から第六号まで、第八号及び第十一号に掲げる事項
四 元利金の支払に関する事項
（利札が欠けている場合）第九条の二十 基金流行初期医療確保措置債券を償還する場合において、欠けている利札があるときは、これに相当する金額を償還額から控除する。
２ 前項の利札の所持人がこれと引換えに控除金額の支払を請求したときは、支払基金は、これに応じなければならない。 （基金流行初期医療確保措置債券の発行の認可）第九条の二十一 支払基金は、法第三十六条の三十二第一項の規定により基金流行初期医療確保措置債券の発行の認可を受けようとするときは、基金流行初期医療確保措置債券の募集の日の二十日前までに次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一 基金流行初期医療確保措置債券の発行を必要とする理由
二 第九条の十四第三項第一号から第八号までに掲げる事項
三 基金流行初期医療確保措置債券の募集の方法
四 基金流行初期医療確保措置債券の発行に要する費用の概算額
五 第二号に掲げるもののほか、債券に記載しようとする事項
２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一 作成しようとする基金流行初期医療確保措置債券申込証
二 基金流行初期医療確保措置債券の発行により調達する資金の使途を記載した書面
三 基金流行初期医療確保措置債券の引受けの見込みを記載した書面
（医療に関する審査機関）第十条 法第四十条第五項の政令で定める医療に関する審査機関は、社会保険診療報酬支払基金法（昭和二十三年法律第百二十九号）に定める特別審査委員会、国民健康保険法第四十五条第六項に規定する厚生労働大臣が指定する法人に設置される診療報酬の審査に関する組織及び介護保険法（平成九年法律第百二十三号）第百七十九条に規定する介護給付費等審査委員会とする。
（施設）第十一条 法第五十三条の二第一項の規定によりその長が定期の健康診断を行わなければならない施設は、次に掲げるものとする。
一 刑事施設
二 社会福祉法（昭和二十六年法律第四十五号）第二条第二項第一号及び第三号から第六号までに規定する施設
（定期の健康診断の対象者、定期及び回数）第十二条 法第五十三条の二第一項の規定により定期の健康診断を受けるべき者は、次の各号に掲げる者とし、同項の政令で定める定期は、それぞれ当該各号に定めるものとする。
一 学校（専修学校及び各種学校を含み、幼稚園を除く。）、病院、診療所、助産所、介護老人保健施設、介護医療院又は前条第二号に掲げる施設において業務に従事する者
毎年度
二 大学、高等学校、高等専門学校、専修学校又は各種学校（修業年限が一年未満のものを除く。）の学生又は生徒
入学した年度
三 前条第一号に掲げる施設に収容されている者
二十歳に達する日の属する年度以降において毎年度
四 前条第二号に掲げる施設に入所している者
六十五歳に達する日の属する年度以降において毎年度
一 法第五十三条の二第一項の健康診断の対象者以外の者（市町村が定期の健康診断の必要がないと認める者及び次号に掲げる者を除く。）
六十五歳に達する日の属する年度以降において毎年度
二 市町村がその管轄する区域内における結核の発生の状況、定期の健康診断による結核患者の発見率その他の事情を勘案して特に定期の健康診断の必要があると認める者
市町村が定める定期
一 第一項各号及び前項第一号の定期の健康診断にあっては、それぞれの定期において一回
二 前項第二号の定期の健康診断にあっては、市町村が定める定期において市町村が定める回数
（指定動物）第十三条 法第五十四条の政令で定める動物は、イタチアナグマ、コウモリ、サル、タヌキ、ハクビシン、プレーリードッグ及びヤワゲネズミとする。
（輸入検疫の対象となる感染症）第十四条 法第五十五条第一項の指定動物ごとに政令で定める感染症は、サルについて、エボラ出血熱及びマールブルグ病とする。
（特定一種病原体等）第十五条 法第五十六条の三第一項第一号に規定する政令で定める一種病原体等は、次に掲げるものとする。
一 アレナウイルス属ガナリトウイルス、サビアウイルス、チャパレウイルス、フニンウイルス、マチュポウイルス及びラッサウイルス
二 エボラウイルス属アイボリーコーストエボラウイルス、ザイールウイルス、スーダンエボラウイルス、ブンディブギョエボラウイルス及びレストンエボラウイルス
三 ナイロウイルス属クリミア・コンゴヘモラジックフィーバーウイルス（別名クリミア・コンゴ出血熱ウイルス）
四 マールブルグウイルス属レイクビクトリアマールブルグウイルス
（二種病原体等の所持の許可）第十六条 法第五十六条の六第一項の許可は、事業所ごとに受けなければならない。
（法第五十六条の七第七号、第九号及び第十号の政令で定める使用人）第十七条 法第五十六条の七第七号、第九号及び第十号に規定する政令で定める使用人は、申請者の使用人で、次に掲げるものの代表者であるものとする。
一 本店又は支店（商人以外の者にあっては、主たる事務所又は従たる事務所）
二 前号に掲げるもののほか、継続的に業務を行うことができる施設を有する場所で、二種病原体等の所持に係る契約を締結する権限を有する者を置くもの
（所持の許可に係る変更の許可の申請）第十八条 二種病原体等許可所持者は、法第五十六条の十一第一項（法第五十六条の十四において準用する場合を含む。）の規定による変更の許可を受けようとするときは、厚生労働省令で定めるところにより、次の事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
一 氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、その代表者の氏名
二 変更に係る事業所の名称及び所在地
三 変更の内容
四 変更の理由
（二種病原体等の輸入の許可）第十九条 法第五十六条の十二第一項の許可は、輸入しようとする二種病原体等の種類ごとに受けなければならない。
（三種病原体等の所持の届出）第二十条 法第五十六条の十六第一項の届出は、事業所ごとにしなければならない。
（運搬証明書の書換え）第二十一条 運搬証明書の交付を受けた者は、当該運搬証明書の記載事項に変更を生じたときは、国家公安委員会規則で定めるところにより、遅滞なく、交付を受けた都道府県公安委員会に届け出て、その書換えを受けなければならない。
（運搬証明書の再交付）第二十二条 運搬証明書の交付を受けた者は、当該運搬証明書を喪失し、汚損し、又は盗取されたときは、国家公安委員会規則で定めるところにより、その事由を付して交付を受けた都道府県公安委員会にその再交付を文書で申請しなければならない。
（不要となった運搬証明書の返納）第二十三条 運搬証明書の交付を受けた者は、次の各号のいずれかに該当することとなったときは、速やかに、当該運搬証明書（第三号の場合にあっては、発見し、又は回復した運搬証明書）を交付を受けた都道府県公安委員会に返納しなければならない。
一 運搬を終了したとき。
二 運搬をしないこととなったとき。
三 運搬証明書の再交付を受けた場合において、喪失し、又は盗取された運搬証明書を発見し、又は回復したとき。
（都道府県公安委員会の間の連絡）第二十四条 運搬が二以上の都道府県にわたることとなる場合には、関係都道府県公安委員会（以下この条において「関係公安委員会」という。）は、次に掲げる措置をとるものとする。
一 出発地を管轄する都道府県公安委員会（以下この号において「出発地公安委員会」という。）以外の関係公安委員会にあっては、出発地公安委員会を通じて、法第五十六条の二十七第一項の届出の受理及び運搬証明書の交付並びに同条第二項の指示を行うこと。
二 法第五十六条の二十七第二項の指示を行おうとするときは、あらかじめ、当該指示の内容を他の関係公安委員会に通知すること。
三 前二号に定めるもののほか、その運搬する一種病原体等、二種病原体等又は三種病原体等について盗取、所在不明その他の事故の発生を防止するため、他の関係公安委員会と緊密な連絡を保つこと。
２ 前項に規定するもののほか、運搬が二以上の都道府県にわたることとなる場合には、関係公安委員会は、一の関係公安委員会を通じて、第二十一条の規定による届出、第二十二条の規定による申請及び前条の規定による返納の受理を行うことができるものとする。 （手数料の額等）第二十四条の二 法第五十六条の四十九第一項の規定により匿名感染症関連情報利用者（法第五十六条の四十二に規定する匿名感染症関連情報利用者をいう。次条第二項及び第三項において同じ。）が納付すべき手数料の額は、匿名感染症関連情報（法第五十六条の四十一第一項に規定する匿名感染症関連情報をいう。次条第三項において同じ。）の提供に要する時間一時間までごとに七千二百円とする。
２ 前項の手数料は、厚生労働省令で定める書面に収入印紙を貼って納付しなければならない。 （手数料の免除）第二十四条の三 法第五十六条の四十九第二項の政令で定める者は、次のとおりとする。
一 都道府県その他の法第五十六条の四十一第一項第一号に掲げる者
二 法第五十六条の四十一第一項第二号又は第三号に掲げる者のうち、それぞれ同項第二号又は第三号に定める業務（補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）第二条第一項に規定する補助金等、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百三十二条の二（同法第二百八十三条第一項の規定により適用する場合を含む。）の規定により地方公共団体が支出する補助金又は国立研究開発法人日本医療研究開発機構法（平成二十六年法律第四十九号）第十六条第三号に掲げる業務として国立研究開発法人日本医療研究開発機構が交付する助成金を充てて行うものに限る。）を行う者
三 法第五十六条の四十一第一項第二号又は第三号に掲げる者のうち、第一号に掲げる者から同項第一号に定める業務の委託（二以上の段階にわたる委託を含む。以下この号において同じ。）を受けた者又は前号に掲げる者から同号に規定する業務の委託を受けた者
四 前三号に掲げる者のみにより構成されている団体
２ 厚生労働大臣は、匿名感染症関連情報利用者が前項各号に掲げる者のいずれかである場合には、法第五十六条の四十九第一項の手数料を免除する。 ３ 前項の規定による手数料の免除を受けようとする匿名感染症関連情報利用者は、当該免除を求める旨及びその理由を記載した書面を厚生労働大臣（法第五十六条の四十八の規定により厚生労働大臣からの委託を受けて、支払基金等が法第五十六条の四十一第一項の規定による匿名感染症関連情報の提供に係る事務の全部を行う場合にあっては、支払基金等）に提出しなければならない。 （都道府県の負担）第二十五条 法第五十九条の規定による都道府県の負担は、各年度において法第五十七条第一号から第四号までの規定により市町村が支弁した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。
２ 前項の規定により控除しなければならない額が、その年度において市町村が支弁した費用の額を超過したときは、その超過額は、後年度における支弁額から控除する。 （都道府県の補助）第二十六条 法第六十条第一項の規定による都道府県の補助は、各年度において法第五十八条の三の規定により学校又は施設の設置者が健康診断の実施のために支弁した費用の額から、その年度におけるその実施に関する収入の額を控除した額につき、都道府県知事が定める基準に従って行う。
２ 第一種感染症指定医療機関又は第二種感染症指定医療機関の設置に要する費用に係る法第六十条第二項の規定による都道府県の補助は、各年度において第一種感染症指定医療機関又は第二種感染症指定医療機関の設置者が、その設置のために支弁した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ３ 第一種感染症指定医療機関又は第二種感染症指定医療機関の運営に要する費用に係る法第六十条第二項の規定による都道府県の補助は、各年度において第一種感染症指定医療機関又は第二種感染症指定医療機関の設置者が、その運営のために支弁した費用の額から、その年度における診療収入その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ４ 法第六十条第三項の規定による都道府県の補助は、各年度において法第三十六条の二第一項各号に掲げる措置を講ずる同項に規定する公的医療機関等、地域医療支援病院及び特定機能病院並びに法第三十六条の三第一項に規定する医療措置協定を締結した医療機関又は法第三十六条の六第一項に規定する検査等措置協定を締結した同項に規定する病原体等の検査を行っている機関等の設置者が、その設置のために支弁した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ５ 前条第二項の規定は、第一項及び第三項の場合に準用する。 （国の負担）第二十七条 法第六十一条第二項の規定による国の負担並びに法第五十八条第一号から第九号まで及び第十八号の費用に係る法第六十一条第三項の規定による国の負担は、各年度において法第五十八条の規定により都道府県が支弁した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。
２ 法第五十九条の費用に係る規定による法第六十一条第三項の規定による国の負担は、各年度において都道府県が負担した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ３ 第二十五条第二項の規定は、第一項の場合に準用する。 （国の補助）第二十八条 法第六十二条第一項の規定による国の補助は、各年度において法第五十八条第十号及び第十六号の規定により都道府県が支弁した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。
２ 法第六十二条第二項の規定による国の補助は、各年度において法第五十八条第十二号及び第十三号の規定により都道府県が支弁した費用（法第三十七条の二第一項に規定する厚生労働省令で定める医療に係るものに限る。）の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ３ 法第六十二条第三項の規定による国の補助は、各年度において法第六十条第二項及び第三項の規定により都道府県が補助した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行うものとし、その補助率は二分の一とする。 ４ 特定感染症指定医療機関の設置に要する費用に係る法第六十二条第四項の規定による国の補助は、各年度において特定感染症指定医療機関の設置者が、その設置のために支弁した費用の額から、その年度におけるその費用のための寄附金その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ５ 特定感染症指定医療機関の運営に要する費用に係る法第六十二条第四項の規定による国の補助は、各年度において特定感染症指定医療機関の設置者が、その運営のために支弁した費用の額から、その年度における診療収入その他の収入の額を控除した額につき、厚生労働大臣が定める基準に従って行う。 ６ 第二十五条第二項の規定は、第一項、第二項及び前項の場合に準用する。 （総務大臣及び財務大臣との協議）第二十九条 厚生労働大臣は、第二十五条第一項、第二十六条第二項から第四項まで、第二十七条第一項及び第二項並びに前条第一項から第五項までに規定する基準を定めるに当たっては、あらかじめ、総務大臣及び財務大臣と協議しなければならない。
（大都市等の特例）第三十条 地方自治法第二百五十二条の十九第一項の指定都市（以下「指定都市」という。）において、法第六十四条の二の規定により、指定都市が処理する事務については、地方自治法施行令（昭和二十二年政令第十六号）第百七十四条の三十七第一項から第三項までに定めるところによる。
２ 地方自治法第二百五十二条の二十二第一項の中核市（以下「中核市」という。）において、法第六十四条の二の規定により、中核市が処理する事務については、地方自治法施行令第百七十四条の四十九の十六に定めるところによる。附則
この政令は、平成十一年四月一日から施行する。 ただし、第七条及び第八条の規定は、法の一部の施行の日（平成十二年一月一日）から施行する。附則（平成一二年六月七日政令第三〇九号）
この政令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。附則（平成一五年二月五日政令第三五号）
この政令は、平成十五年三月一日から施行する。附則（平成一五年一〇月二二日政令第四五九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律及び検疫法の一部を改正する法律（平成十五年法律第百四十五号）の施行の日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第四条 施行日前に行われた行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（平成一六年七月九日政令第二三一号）
この政令は、平成十六年十月一日から施行する。附則（平成一九年三月九日政令第四四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の一部を改正する法律の施行の日（平成十九年六月一日）から施行する。 ただし、第一条の規定、第二条中感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行令第一条及び第十三条の改正規定、同条を同令第二十九条とし、同条の次に一条を加える改正規定、同令第十二条の改正規定、同条を同令第二十八条とする改正規定、同令第十一条第一項の改正規定、同条を同令第二十七条とする改正規定、同令第十条の改正規定、同条を同令第二十六条とする改正規定、同令第九条第一項の改正規定、同条を同令第二十五条とする改正規定、同令第八条を同令第十四条とする改正規定、同令第七条を同令第十三条とする改正規定、同令第六条の改正規定、同条を同令第十条とし、同条の次に二条を加える改正規定、同令第五条第三号の改正規定、同条を同令第九条とし、同令第四条を同令第八条とする改正規定、同令第三条の表第二十二条第三項の項の次に次のように加える改正規定、同表第二十三条の項の改正規定、同項の次に次のように加え、同条を同令第七条とする改正規定、同令第二条の二を同令第六条とする改正規定、同令第二条第四号の改正規定、同条に一号を加え、同条を同令第五条とする改正規定、同令第一条の二の改正規定、同条を同令第四条とし、同令第一条の次に二条を加える改正規定、第三条及び第四条の規定、第五条中検疫法施行令第一条の三の改正規定、第六条、第八条から第二十条まで及び第二十二条の規定並びに次条から附則第四条までの規定は、平成十九年四月一日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第四条 附則第一条ただし書に規定する規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（平成二〇年五月二日政令第一七五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律及び検疫法の一部を改正する法律の施行の日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第四条 施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（平成二三年一月一四日政令第五号）
この政令は、平成二十三年二月一日から施行する。 ただし、第一条中感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行令第一条の次に一条を加える改正規定及び同令第十五条の改正規定は、公布の日から起算して十日を経過した日から施行する。附則（平成二五年二月二二日政令第三八号）
この政令は、公布の日から起算して十日を経過した日から施行する。附則（平成二五年四月二六日政令第一三〇号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（平成二六年七月一六日政令第二五七号）
この政令は、公布の日から起算して十日を経過した日から施行する。附則（平成二七年一月九日政令第一号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第四条 附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（平成二七年三月三一日政令第一三八号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。
附則（平成二七年一一月二六日政令第三九二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、行政不服審査法の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
（経過措置の原則）
第二条 行政庁の処分その他の行為又は不作為についての不服申立てであってこの政令の施行前にされた行政庁の処分その他の行為又はこの政令の施行前にされた申請に係る行政庁の不作為に係るものについては、この附則に特別の定めがある場合を除き、なお従前の例による。
附則（平成二八年二月五日政令第四一号）
この政令は、公布の日から起算して十日を経過した日から施行する。附則（平成三〇年三月二二日政令第五五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成三十年四月一日から施行する。
附則（令和元年六月一四日政令第二七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、成年被後見人等の権利の制限に係る措置の適正化等を図るための関係法律の整備に関する法律（第二号において「整備法」という。）の施行の日から施行する。
附則（令和二年三月二六日政令第五九号）
この政令は、公布の日の翌日から施行する。附則（令和三年二月三日政令第二五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、改正法の施行の日から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第六条 施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則（令和四年一二月九日政令第三七七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（令和五年四月二六日政令第一七五号）
この政令は、令和五年五月八日から施行する。附則（令和五年五月二六日政令第一九二号）
この政令は、令和六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一 第一条中感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行令第一条の二、第二条第二号及び第五条第四号の改正規定 公布の日
二 第一条中感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行令第一条の四各号の改正規定及び次項の規定 公布の日から起算して十日を経過した日
前項第二号に掲げる規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。附則（令和六年一月一七日政令第九号）
この政令は、令和六年四月一日から施行する。附則（令和六年三月二九日政令第一一六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、令和六年四月一日から施行する。