第一条 種苗法（以下「法」という。）第二条第一項の政令で定める植物は、次に掲げる種に属する植物（子実体の生産のために栽培されるものに限る。）とする。
一 あらげきくらげ
二 うすひらたけ
三 えのきたけ
四 エリンギ
五 おおひらたけ
六 きくらげ
七 きぬがさたけ
八 くりたけ
九 くろあわびたけ
十 こむらさきしめじ
十一 しいたけ
十二 しろたもぎたけ
十三 たまちょれいたけ
十四 たもぎたけ
十五 つくりたけ
十六 とんびまいたけ
十七 なめこ
十八 におうしめじ
十九 ぬめりすぎたけ
二十 はたけしめじ
二十一 はなびらたけ
二十二 ひめまつたけ
二十三 ひらたけ
二十四 ぶなしめじ
二十五 ぶなはりたけ
二十六 ほんしめじ
二十七 まいたけ
二十八 まんねんたけ
二十九 むきたけ
三十 むらさきしめじ
三十一 やなぎまつたけ
三十二 やまぶしたけ
（加工品）第二条 法第二条第四項の政令で定める加工品は、次の各号に掲げる農林水産植物の種類の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める加工品とする。
一 小豆
豆を水煮したもの（砂糖を加えたものを含む。）及びあん
二 いぐさ
ござ
三 稲
米飯
四 いんげん豆
豆を水煮したもの（砂糖を加えたものを含む。）及びあん
五 かんしょ
干し芋及び焼き芋
六 茶
葉又は茎を製茶したもの
七 落花生
煎ったものその他の加熱による調理をしたもの
第三条 法第二条第六項の政令で定めるものは、葉及び芽とする。
（品種の育成に関する業務を行う独立行政法人）第四条 法第六条第二項の政令で定める独立行政法人は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター、国立研究開発法人森林研究・整備機構及び国立研究開発法人水産研究・教育機構とする。
（都道府県が処理する事務）第五条 法第五十九条第四項、第六十条並びに第六十一条第二項及び第三項に規定する農林水産大臣の権限に属する事務のうち、稲、大麦、はだか麦、小麦及び大豆の種苗に係るもの（二以上の都道府県の区域内に営業所を設けて種苗を販売する法第二条第六項に規定する種苗業者（以下「広域種苗業者」という。）に関するものを除く。）は、都道府県知事が行うこととする。
２ 法第六十二条及び第六十五条に規定する農林水産大臣の権限に属する事務のうち、稲、大麦、はだか麦、小麦及び大豆の種苗に係るものは、都道府県知事が行うこととする。 ３ 第一項及び前項本文の場合においては、法中これらの規定に規定する事務に係る農林水産大臣に関する規定は、都道府県知事に関する規定として都道府県知事に適用があるものとする。 ４ 都道府県知事は、第二項本文の規定に基づき、法第六十二条第一項の規定により広域種苗業者から指定種苗を集取し、又は法第六十五条の規定により広域種苗業者に対し報告若しくは書類の提出を命じた場合には、農林水産省令で定めるところにより、その結果を農林水産大臣に報告しなければならない。附則
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日から施行する。
附則（平成一一年一二月二二日政令第四一六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
（種苗法施行令の一部改正に伴う経過措置）
第二十一条 この政令の施行前に第四十五条の規定による改正前の種苗法施行令第四条第二項の規定により権限を委任された都道府県知事が整備法第三百五条の規定による改正前の種苗法（平成十年法律第八十三号）第五十三条第一項の規定により指定種苗を集取し、又は同法第五十四条の規定により報告若しくは書類の提出を命じた場合については、第四十五条の規定による改正後の種苗法施行令第四条第四項の規定は、適用しない。
附則（平成一二年六月七日政令第三三三号）
この政令（第一条を除く。）は、平成十三年四月一日から施行する。附則（平成一五年八月二九日政令第三九〇号）
この政令は、平成十五年十月一日から施行する。附則（平成一六年九月八日政令第二六七号）
この政令は、公布の日から施行する。附則（平成一七年一一月一八日政令第三四八号）
この政令は、種苗法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年十二月一日）から施行する。附則（平成一八年三月三一日政令第一六五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、整備法の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。
附則（平成一九年三月三〇日政令第一一一号）
この政令は、平成十九年四月一日から施行する。附則（平成一九年一〇月三日政令第三〇八号）
この政令は、平成十九年十二月一日から施行する。附則（平成二一年一二月一一日政令第二八五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、農地法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十一年十二月十五日）から施行する。
附則（平成二七年三月一八日政令第七四号）
この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。附則（平成二八年一月二九日政令第二七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
附則（平成二八年三月三〇日政令第八六号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。