第一条 この政令において「製造たばこ」又は「保税地域」とは、それぞれ一般会計における債務の承継等に伴い必要な財源の確保に係る特別措置に関する法律（以下「法」という。）第三条に規定する製造たばこ又は保税地域をいう。
（控除又は還付を受けようとするたばこ特別税額に関する書類）第二条 法第十一条第三項において準用するたばこ税法第十六条第六項に規定する政令で定める書類は、たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十条第三項に規定する書類で、同項第二号に掲げるたばこ税額に当該製造たばこに係るたばこ特別税額を合わせて記載したものとする。
（担保の提供）第三条 法第十三条第一項又は第二項の規定の適用がある場合において、たばこ税法第二十二条第一項、第二項若しくは第四項の規定により担保を提供する者又は同条第三項後段若しくは同法第二十三条第一項の規定により提供を命ぜられた担保を提供する者は、その提供する各担保物又は保証人の保証において、たばこ税額の八百九十二分の百八に相当するたばこ特別税額をあわせて担保しなければならない。
２ たばこ税法第十一条第二項の規定の適用を受ける製造たばこに係る前項の規定の適用については、同項中「八百九十二分の百八」とあるのは、「九百四十六分の五十四」とする。 ３ たばこ特別税に係る担保は、たばこ税に係る担保を提供すべき国税庁長官、国税局長、税務署長又は税関長に対してあわせて提供しなければならない。 （担保についての国税通則法等の適用の特例）第四条 たばこ特別税及びたばこ税に係る担保については、国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）及び国税通則法施行令（昭和三十七年政令第百三十五号）の規定による担保の提供、変更、処分その他の手続は、あわせて行わなければならない。
（たばこ特別税に係るたばこ税法施行令等の適用の特例）第五条 たばこ特別税に係る次の表の第一欄に掲げる政令の適用については、同表の第二欄に掲げる規定中同表の第三欄に掲げる字句は、それぞれ同表の第四欄に掲げる字句とする。
附則
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十年十二月一日から施行する。
（手持品課税に係る申告等）
第二条 法附則第三条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。 たばこ税法施行令第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。 この場合において、同条第二項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ特別税額」と読み替えるものとする。 法附則第三条第五項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出し、同条第五項の承認を受けて廃棄しなければならない。 前項の申請書の提出を受けた税関長は、法附則第三条第五項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。 法附則第三条第五項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ特別税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第五項の税関長に提出しなければならない。 前項の申請書の提出を受けた税関長は、法附則第三条第五項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。 法附則第三条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ特別税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で当該製造たばこにつき同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたものを添付し、これを同条第六項の税務署長に提出しなければならない。 第六項の規定は、前項の場合について準用する。 法附則第三条第六項第一号に規定する政令で定めるものは、同項に規定する製造たばこ製造者がその製造場から移出した製造たばこのうち同条第一項の規定によりたばこ特別税を課された、又は課されるべきものでたばこ税法施行令第九条第一項各号に掲げる製造たばこに該当するものとする。
（災害があった場合のたばこ税の控除等に関する経過措置）
第三条 この政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこ（法附則第三条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律（昭和二十二年法律第百七十五号。以下「災害被害者租税減免法」という。）第七条第一項の規定の適用がある場合において、同項の規定による控除を受けようとする月分が平成十年十二月分以後の月分であるときは、当該控除を受けようとする月分については、たばこ税法第十七条第一項の規定による申告書の提出を要しない月とみなして、災害被害者租税減免法第七条第四項及び災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の施行に関する政令（以下「災害被害者租税減免法施行令」という。）第十三条第二項の規定を適用する。 この場合において、たばこ税法第十七条第一項の規定の適用については、同項第五号中「たばこ税額（」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第一項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除くものとし、」とする。 施行日前に保税地域から引き取られた製造たばこ（法附則第三条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、災害被害者租税減免法第七条第一項の規定の適用がある場合において、同項の規定による控除を受けようとするときは、災害被害者租税減免法施行令第十三条第一項第二号の申告書の提出がないものとみなして、災害被害者租税減免法第七条第四項及び災害被害者租税減免法施行令第十三条第三項の規定を適用する。 この場合において、たばこ税法第十八条第一項の規定の適用については、同項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第二項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除く。）」とする。
附則（平成一一年三月三一日政令第一〇六号）
この政令は、電子情報処理組織による税関手続の特例等に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第十四号）の施行の日から施行する。附則（平成一一年三月三一日政令第一二〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十一年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
附則（平成一二年七月一二日政令第三七六号）
この政令は、関税定率法等の一部を改正する法律の一部の施行の日（平成十三年三月一日）から施行する。附則（平成一五年三月三一日政令第一三九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十五年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
附則（平成一八年三月三一日政令第一三五号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
附則（平成二〇年六月二七日政令第二一〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十年十月一日から施行する。
附則（平成二一年三月三一日政令第一〇七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十一年四月一日から施行する。
附則（平成二二年三月三一日政令第六〇号）
この政令は、平成二十二年十月一日から施行する。附則（平成二七年三月三一日政令第一四四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十七年七月一日から施行する。
附則（平成二九年三月三一日政令第一一二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成二十九年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
附則（平成三〇年三月三一日政令第一三七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成三十年十月一日から施行する。
（たばこ特別税に関する政令の一部改正に伴う経過措置）
第八条 平成三十年十月一日から令和三年九月三十日までの間における前条の規定による改正後のたばこ特別税に関する政令（以下この条において「新令」という。）の規定の適用については、次の表の第一欄に掲げる期間の区分に応じ、同表の第二欄に掲げる新令の規定中同表の第三欄に掲げる字句は、それぞれ同表の第四欄に掲げる字句とする。 前項の規定にかかわらず、平成三十年十月一日から令和元年九月三十日までの間における所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）附則第四十九条に規定する紙巻たばこ三級品（附則第十条第二項において「紙巻たばこ三級品」という。）に対する新令第三条第一項の規定の適用については、同項中「八百九十二分の百八」とあるのは、「八百六十六分の百三十四」とする。