第一条 排他的経済水域における漁業等に関する主権的権利の行使等に関する法律（以下「法」という。）第三条第二項の政令で定める法律は、次のとおりとする。
一 臘虎膃肭獣猟獲取締法（明治四十五年法律第二十一号）
二 水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）
（禁止海域における転載等の禁止の特例）第二条 法第四条第二項の政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
一 当該漁獲物又はその製品が外国積出漁獲物等（外国人漁業の規制に関する法律（昭和四十二年法律第六十号）第四条第一項第二号に規定する外国積出漁獲物等をいう。）である場合
二 当該漁獲物又はその製品が特定輸入承認（外国人漁業の規制に関する法律施行令（昭和四十二年政令第三百二十五号）第二条に規定する特定輸入承認をいう。）に係るものである場合
三 外国漁船（外国人漁業の規制に関する法律第二条第七項に規定する外国漁船をいう。次号において同じ。）以外の船舶から他の船舶へ転載する場合
四 外国漁船以外の船舶から積み込む場合
五 前各号に掲げる場合のほか、我が国漁業の正常な秩序の維持に支障を生ずることとならないと認めて農林水産大臣が許可した場合
（許可の基準）第三条 法第六条第一項の政令で定める基準は、申請に係る外国人の属する外国が当該外国周辺水域における我が国漁業者の漁獲につき妥当な考慮を払っていないものでないこととする。
（意見の聴取）第四条 農林水産大臣は、法第六条第一項の漁獲量の限度を定めようとするときは、我が国の排他的経済水域（以下単に「排他的経済水域」という。）（法第四条第一項に規定する禁止海域を除く。以下この条において同じ。）における海洋生物資源の動向及び我が国漁業者の漁獲の実情、排他的経済水域における外国人による漁業の状況、外国周辺水域における我が国漁業の状況等に関して、学識経験がある者及び漁業者その他の関係者の意見を聴くものとする。
（入漁料の額等）第五条 法第七条第一項の政令で定める入漁料の額は、法第五条第一項の許可を受けた外国人が当該許可に基づき採捕することができる水産動植物の数量に入漁料単価を乗じて得た額とする。
２ 前項の入漁料単価は、農林水産大臣が、農林水産省令で定める外国人の属する外国ごと、水産動植物の種類ごと及び期間ごとに、当該水産動植物の取引価格（政府が作成した統計その他の資料により明らかとなっている最近の数年間における取引価格をいう。）を基礎とし、当該水産動植物の生息又は生育の状況、採捕の実績その他の事情を勘案して定めるものとする。 ３ 法第五条第一項の許可を受けた外国人の属する外国との相互主義に基づき特に必要がある場合その他これに準ずる特別の事由がある場合には、第一項の規定にかかわらず、入漁料を徴収せず、又は同項の規定により算出した額から農林水産大臣が定める額を減じた額の入漁料を徴収することができる。 （手数料の額等）第六条 法第十一条第一項の政令で定める手数料の額は、法第八条から第十条までの承認（以下この条において単に「承認」という。）の申請一件につき九千六百円とする。
２ 次に掲げる場合には、前項の規定にかかわらず、同項の手数料を徴収せず、又は同項の規定による手数料の額から農林水産大臣が定める額を減じた額の手数料を徴収することができる。一 我が国が締結した条約その他の国際約束を誠実に履行するため必要がある場合
二 承認を受けようとする外国人の属する外国との相互主義に基づき特に必要がある場合その他これに準ずる特別の事由がある場合
三 承認を受けようとする外国人が行おうとする水産動植物の採捕、漁業等付随行為又は探査が我が国の漁業の発展又は国際協力の推進に寄与するため特に必要がある場合
（農林水産省令への委任）第七条 前二条に定めるもののほか、入漁料及び前条第一項の手数料の納付に関し必要な事項は、農林水産省令で定める。
（大陸棚の定着性種族に係る漁業等に関する技術的読替え等）第八条 法第十四条第一項の規定により法第三条から第十三条までの規定を準用する場合には、次の表の上欄に掲げる法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
２ 第一条及び第三条から前条までの規定は、大陸棚であって排他的経済水域でない区域の定着性種族に係る漁業、水産動植物の採捕（漁業に該当するものを除き、漁業等付随行為を含む。附則第二条において同じ。）及び探査について準用する。 （法第二十四条第一項の政令で定める罪）第九条 法第二十四条第一項の政令で定める罪は、法の規定に違反した罪とする。
（取締官）第十条 法第二十四条第一項の政令で定める者は、漁業監督官、海上保安官及び警察官とする。
（担保金の額に関する基準）第十一条 法第二十四条第二項の基準は、違反の類型、その罪につき定められた刑、違反の程度、違反の回数等を考慮して定めなければならない。
（担保金等の提供）第十二条 担保金（担保金の提供を保証する書面（以下「保証書」という。）に記載されているところに従って提供されるものを除く。第一号において同じ。）又は保証書は、次に掲げるところに従って提供されなければならない。
一 担保金にあっては、法第二十四条第一項の規定による告知があった日の翌日から起算して十日以内（取締官がやむを得ない事由があると認めて当該告知があった日の翌日から起算して二十日を超えない範囲内において当該期間を延長したときは、その期間内）に、違反者又は捕に係る船舶の船長その他主務大臣が担保金を提供する者として適当と認める者から、本邦通貨で提供されること。
二 保証書にあっては、次に掲げる要件に適合するものが前号の期間内に提供されること。 イ 当該保証書が提供された日の翌日から起算して一月以内に本邦通貨で担保金が提供されることを保証するものであり、かつ、当該保証書に記載されているところに従って担保金が確実に提供されると認められるものであること。
ロ 当該保証書に係る担保金を提供する者が前号に規定する者に該当するものであること。
第十三条 法第二十四条第一項、第二十五条第一項及び第二十六条第一項並びに前条第一項における主務大臣は、漁業監督官に係る事件については農林水産大臣、海上保安官に係る事件については国土交通大臣、警察官に係る事件については内閣総理大臣とし、法第二十四条第二項における主務大臣は、農林水産大臣、国土交通大臣及び内閣総理大臣とする。
２ 法第十七条第二項における主務省令は、農林水産省令・国土交通省令・内閣府令とする。附則
（施行期日）
第一条 この政令は、法の施行の日（平成八年七月二十日）から施行する。 ただし、次条の表の三の項に係る規定は、平成九年一月一日から施行する。
（適用の特例）
第二条 法第五条から第十三条までの規定は、次の表の中欄に掲げる外国人がそれぞれ同表の下欄に掲げる海域において行う漁業、水産動植物の採捕又は探査に関しては、適用しない。
（漁業水域に関する暫定措置法施行令の廃止）
第三条 漁業水域に関する暫定措置法施行令（昭和五十二年政令第二百十二号）は、廃止する。
附則（平成一一年一月二一日政令第一〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、漁業に関する日本国と大韓民国との間の協定の効力発生の日から施行する。
（日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定第一条１の漁業に関する水域の設定に関する政令の廃止）
第二条 日本国と大韓民国との間の漁業に関する協定第一条１の漁業に関する水域の設定に関する政令（昭和四十年政令第三百七十三号）は、廃止する。
附則（平成一二年五月二六日政令第二二八号）
この政令は、漁業に関する日本国と中華人民共和国との間の協定の効力発生の日から施行する。附則（平成一二年六月七日政令第三一〇号）
（施行期日）
第一条 この政令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附則（平成一三年一二月二八日政令第四三四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、測量法及び水路業務法の一部を改正する法律の施行の日（平成十四年四月一日）から施行する。