内閣は、排他的経済水域及び大陸棚に関する法律（平成八年法律第七十四号）第三条第三項の規定に基づき、この政令を制定する。
（定義）第一条 この政令において「特定外国船舶」とは、我が国の排他的経済水域にある外国船舶（船舶法（明治三十二年法律第四十六号）第一条に規定する日本船舶以外の船舶をいい、我が国の大陸棚における天然資源の探査及び開発並びに我が国の大陸棚の掘削に従事しているもの並びに我が国の各港間のみを航行するものを除く。次条第三項において同じ。）をいう。
（海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の適用関係）第二条 海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号。以下「法」という。）第八条の規定は、タンカー以外の特定外国船舶で総トン数四百トン未満のものについては、適用しない。
２ 法第八条第三項の規定は、タンカーである特定外国船舶で総トン数百五十トン未満のものについては、適用しない。 ３ 法第八条の三第三項の規定は、我が国の排他的経済水域において船舶間貨物油積替えを行う外国船舶については、適用しない。 ４ 特定外国船舶（国際航海に従事する船舶を除く。）からの廃棄物の排出についての法第十条第二項の規定の適用については、同項第一号中「排出（総トン数又は搭載人員の規模が政令で定める総トン数又は搭載人員以上の船舶からの政令で定めるふん尿等の排出にあつては、排出海域及び排出方法に関し政令で定める基準に従つてする排出に限る。）」とあるのは、「排出」とする。 ５ 法第六章（第三十八条第一項、第二項、第六項及び第七項並びに第四十二条を除く。）の規定は、特定外国船舶については、適用しない。 （海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律施行令の適用関係）第三条 特定外国船舶からの廃棄物の排出についての法第十条第二項第三号の排出海域及び排出方法に関し政令で定める基準は、海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律施行令（昭和四十六年政令第二百一号。以下「令」という。）第四条の二第二項の規定にかかわらず、次の表の上欄に掲げる廃棄物の区分ごとに、それぞれ同表の中欄及び下欄に掲げるとおりとする。
（国土交通省令等への委任）第四条 前条に規定するもののほか、排他的経済水域及び大陸棚に関する法律第三条第一項の規定により我が国の排他的経済水域に適用される法に基づく命令の適用関係の整理のため必要な事項は、国土交通省令若しくは環境省令又は国土交通省令・環境省令で定める。
附則
この政令は、排他的経済水域及び大陸棚に関する法律の施行の日から施行する。附則（平成一二年六月七日政令第三一二号）
この政令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。附則（平成一三年一二月二八日政令第四四二号）
この政令は、平成十四年三月一日から施行する。附則（平成一五年九月一〇日政令第四〇二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十五年九月二十七日から施行する。
附則（平成一六年九月二九日政令第二九三号）
（施行期日）
第一条 この政令は、海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日から施行する。
附則（平成一七年六月一〇日政令第二〇九号）
（施行期日）
第一条 この政令は、海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成十九年四月一日）から施行する。