船員法（昭和二十二年法律第百号）第七十九条の二の規定に基づき、指定漁船に乗り組む船員の有給休暇に関する省令を次のように定める。
（趣旨）第一条 指定漁船に乗り組む船員（以下「船員」という。）の有給休暇に関しては、この省令の定めるところによる。
（定義）第二条 この省令で「指定漁船」とは、次に掲げる漁船をいう。
一 船員法第一条第二項第三号の漁船の範囲を定める政令第二号の漁船の範囲を定める省令（令和二年国土交通省令第九十五号）第一条第一項第一号から第五号まで、第七号から第十一号まで及び第十三号に掲げる漁業（同項第九号に掲げる漁業にあっては総トン数十トン以上二十トン未満の動力漁船によるものを、同項第十三号に掲げる漁業にあっては総トン数百三十九トン未満の動力漁船によるものを除く。）に従事する漁船
二 前号の漁業の漁獲物又はその製品を漁場から運搬する漁船
（有給休暇の付与）第三条 船舶所有者は、船員が同一の事業に属する船舶において一年間連続して勤務（船舶のぎ装又は修繕中の勤務を含む。以下同じ。）に従事したときは、その一年の経過後一年以内にその船員に次条の規定による日数の有給休暇を与えなければならない。
２ 船員が船員法施行規則（昭和二十二年運輸省令第二十三号）第四十九条の二に規定する勤務に従事した期間並びに船員が職務上負傷し、又は疾病にかかり療養のため勤務に従事しない期間、育児休業、介護休業等育児又は家族介護を行う労働者の福祉に関する法律（平成三年法律第七十六号）第二条第一号に規定する育児休業又は同条第二号に規定する介護休業をした期間及び女子の船員が船員法（昭和二十二年法律第百号）第八十七条第一項又は第二項の規定によって勤務に従事しない期間は、前項の一年間連続して勤務に従事した期間の計算については、同一の事業に属する船舶において勤務に従事した期間とみなす。 ３ 船舶における勤務が中断した場合において、その中断の事由が船員の故意又は過失によるものでなく、かつ、その中断の期間の合計が六週間を超えないときは、その中断の期間は、船員が当該期間の前後の勤務と連続して勤務に従事した期間とみなす。 （有給休暇の日数）第四条 有給休暇の日数は、連続した勤務一年について十五日とし、連続した勤務三箇月を増すごとに三日を加える。
２ 船舶所有者が船員に週休日、祝日の休日、慣習による休日又はこれらに代わるべき休日を与えているときは、その休日の日数は、これを前項の有給休暇の日数に算入しないものとする。 （有給休暇の与え方）第五条 有給休暇を与えるべき時期及び場所については、船舶所有者と船員との協議による。
２ 有給休暇は、労働協約の定めるところにより、期間を分けて、これを与えることができる。 （有給休暇中の報酬）第六条 船舶所有者は、有給休暇中船員に給料並びに船員法施行規則第四十九条の三に規定する手当及び食費を支払わなければならない。
２ 船舶所有者は、有給休暇を請求することができる船員が有給休暇を与えられる前に解雇され、又は退職したときは、その者に与えるべき有給休暇の日数に応じ前項の給料、手当及び食費を支払わなければならない。附則
この省令は、平成七年四月一日から施行する。附則（平成七年九月二八日運輸省令第五三号）
この省令は、育児休業等に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成七年十月一日）から施行する。附則（平成七年九月二九日運輸省令第五四号）
この省令は、育児休業等に関する法律の一部を改正する法律附則第一条ただし書に定める規定の施行の日（平成十一年四月一日）から施行する。附則（平成一二年一一月二九日運輸省令第三九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十三年一月六日から施行する。
附則（平成一四年三月二九日国土交通省令第三五号）
この省令は、平成十四年四月一日から施行する。附則（平成一四年六月二八日国土交通省令第七九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十四年七月一日から施行する。