第一条 環境大臣が絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（以下「法」という。）第十一条第二項、第十四条第二項若しくは第四十条第三項の規定により、又は経済産業大臣等が法第十六条第三項の規定により費用を負担させようとするときは、負担させようとする者の意見を聴かなければならない。
第二条 法第五十二条第一項の規定により、環境大臣が納付を命ずる費用の額は、実際に要した費用の額とし、その納付期限は、次の各号に掲げる場合に応じ、当該各号に定める日とする。
一 法第十一条第二項の規定により費用を負担させようとする場合
当該規定により環境大臣が国内希少野生動植物種等の生きている個体の譲渡しその他の必要な措置をとった日から相当の期間経過した日
二 法第十四条第二項の規定により費用を負担させようとする場合
当該規定により環境大臣が希少野生動植物種の個体等の譲渡しその他の必要な措置をとった日から相当の期間経過した日
三 法第四十条第三項の規定により費用を負担させようとする場合
当該規定により環境大臣が原状回復その他必要な措置をとった日から相当の期間経過した日
第三条 法第五十二条第一項の規定により、経済産業大臣等が納付を命ずる費用の額は、実際に要した費用の額とし、その納付期限は、法第十六条第三項の規定により経済産業大臣等が返送をした日から相当の期間経過した日とする。
第四条 法第五十二条第二項の規定により環境大臣又は経済産業大臣等が督促状により指定する期限は、督促状を発する日から起算して十日以上経過した日でなければならない。
第五条 法第五十二条第三項の規定により環境大臣又は経済産業大臣等が徴収する延滞金の額は、負担金の額に、年十・七五パーセントの割合を乗じて計算した額とする。
第六条 法第十九条第二項の証明書は、別記様式による。
附則
この命令は、法の施行の日（平成五年四月一日）から施行する。附則（平成七年六月一四日総理府・通商産業省令第一号）
この命令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律（平成六年法律第五十二号）の施行の日（平成七年六月二十八日）から施行する。附則（平成一二年八月一四日総理府・通商産業省令第九号）
この命令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。附則（平成一五年七月一七日経済産業省・環境省令第四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成十五年七月二十日）から施行する。
（経過措置）
第四条 この省令の施行の際現に交付されている第二条の規定による改正前の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令別記様式による身分証明書は、同条の規定による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令の様式によるものとみなす。
附則（平成一九年四月二〇日経済産業省・環境省令第七号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（平成二六年五月三〇日経済産業省・環境省令第五号）
この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律（平成二十五年法律第三十七号）の施行の日（平成二十六年六月一日）から施行する。附則（平成三〇年四月三日経済産業省・環境省令第三号）
この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年六月一日）から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の別記様式による証明書は、この省令による改正後の別記様式によるものとみなす。附則（令和元年六月一七日経済産業省・環境省令第一号）
この省令は、令和元年七月一日から施行する。附則（令和六年四月一日経済産業省・環境省令第六号）
この省令は、公布の日から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の特定工場における公害防止組織の整備に関する法律に基づく指定試験機関に関する省令様式第一、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令別記様式並びに特定国際種事業に係る届出及び特別国際種事業に係る登録等に関する省令様式第一から様式第三まで及び様式第五（次項において「旧様式」という。）により使用されている証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。別記様式
（第６条関係）[PDF]