第一条 公害健康被害の補償等に関する法律（以下「法」という。）第十三条第二項の規定による支払は、毎年度（毎年四月一日から翌年三月三十一日までをいう。以下同じ。）、当該ばい煙発生施設等設置者（法第五十二条第一項に規定するばい煙発生施設等設置者をいう。以下同じ。）が当該補償給付の支給の原因となつた行為に基づき損害を補したために当該年度において都道府県知事又は法第四条第三項の政令で定める市の長が補償給付の支給を免れることとなつた額（その額が当該ばい煙発生施設等設置者が当該年度において納付する汚染負荷量賦課金の額（次条の規定により算定した額を除く。）を超える場合にあつては、その汚染負荷量賦課金の額）を限度として行うものとする。
第二条 公害健康被害の補償等に関する法律施行令第六条の環境省令で定めるところにより算定した額は、当該年度分として徴収すべき汚染負荷量賦課金の総額に対する当該年度における第一種地域に係る指定疾病（法第二条第三項の規定により定められた疾病をいう。以下この条において同じ。）による被害に関して行う公害保健福祉事業に要する費用の二分の一に相当する額及び独立行政法人環境再生保全機構（以下「機構」という。）が第一種地域に係る指定疾病による被害に関して行う事務の処理に要する費用の額（独立行政法人通則法第四十六条の規定により政府から交付された金額に相当する額を除く。）の合計額の割合を、当該ばい煙発生施設等設置者が当該年度において納付する汚染負荷量賦課金の額に乗じて得た額とする。
（年間排出量の算定の方式）第三条 法第五十三条第二項の環境省令で定める同条第一項の年間排出量の算定の方式は、次の各号に掲げる区分に応じて当該各号に定める算式により得た値の硫黄酸化物の量（温度が零度で圧力が一気圧の状態に換算した立方メートルをいう。以下この条において同じ。）を合計するものとする。
一 使用する原材料又は燃料が液体又は固体の場合にあつては、それぞれ、使用する原材料又は燃料の別に応じて次のいずれかの算式により算出するものとする。 イ
ロ
二 使用する原材料又は燃料が気体の場合にあつては、それぞれ、使用する原材料又は燃料の別に応じて次の算式により算出するものとする。
２ 前項の場合において、脱硫（原材料中又は製品等中に吸収されること及び原材料中又は灰分中に残留することを含む。第六条第一項第六号において同じ。）により除去される硫黄酸化物の量は控除して算定するものとする。 （申告書等）第四条 法第五十五条第一項の環境省令で定める事項は、次の各号に掲げる事項とし、同条第三項の環境省令で定める事項は、第一号から第五号までに掲げる事項とする。
一 ばい煙発生施設等設置者の氏名又は名称及び住所又は所在地
二 硫黄酸化物の法第五十三条第一項第二号イに規定する算定基礎期間における累積量
三 硫黄酸化物の前年度の初日の属する年における年間排出量
四 硫黄酸化物の法第五十四条第二項第一号の単位排出量当たりの賦課金額
五 硫黄酸化物の法第五十四条第二項第二号の単位排出量当たりの賦課金額
六 その他参考となるべき事項
２ 法第五十五条第一項の申告書は、汚染負荷量賦課金申告書（様式第一号）とする。 （納付の方法）第五条 汚染負荷量賦課金は、これを工場又は事業場を単位として納付するものとする。
（添付書類）第六条 法第五十五条第二項の環境省令で定める書類は、次のとおりとする。
一 第三条第一項本文の年間排出量の算定の方式による算定の過程を示す書類
二 第三条第一項ただし書の年間排出量の算定の方式により算定する納付義務者にあつては、その算定の過程を示す書類及びその算定の基礎となつた数値の根拠を明らかにすることができる書類
三 前年度の初日の属する年における原材料又は燃料の使用量を明らかにすることができる書類
四 原材料又は燃料中の硫黄分の成分割合を明らかにすることができる書類
五 原材料又は燃料の密度を明らかにすることができる書類
六 脱硫により除去される硫黄酸化物がある場合にあつては、脱硫の程度及びその根拠を明らかにすることができる書類
（電磁的記録媒体による手続）第六条の二 法第五十五条第二項の規定に基づく同条第一項の申告書への前条の書類の添付については、第四条第一項各号に定める事項及び当該書類の作成に必要となる事項を電磁的記録媒体（電磁的記録に係る記録媒体をいう。）をもつて調製するファイルに記録したものを添付することにより、行うことができる。
（汚染負荷量賦課金の充当）第七条 機構は、法第五十五条第五項の規定により、未納の汚染負荷量賦課金その他法の規定による徴収金に充当したときは、その旨を納付義務者に通知しなければならない。
（納付義務者が申告した汚染負荷量賦課金の延納の方法）第八条 法第五十五条第一項の規定により納付すべき汚染負荷量賦課金の額が三十万円以上である納付義務者は、同項の申告書を提出する際に法第五十六条の規定による延納の申請をした場合には、その汚染負荷量賦課金を、四月一日から六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日までの各期に分けて納付することができる。
２ 前項の規定により延納をする納付義務者は、その汚染負荷量賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の汚染負荷量賦課金として、最初の期分の汚染負荷量賦課金についてはその年度の初日から起算して四十五日以内に、その後の各期分の汚染負荷量賦課金についてはそれぞれその期の初日の属する月の翌月十五日までに納付しなければならない。 （機構が決定した汚染負荷量賦課金の延納の方法）第九条 前条の規定は、法第五十五条第四項の規定により納付すべきその不足する汚染負荷量賦課金に係る法第五十六条の規定による延納について準用する。
２ 前項の規定により延納をする納付義務者は、最初の期分以外の各期分の汚染負荷量賦課金のうち、前項の規定により準用される前条第二項の規定による納期限が最初の期分の汚染負荷量賦課金の納期限よりさきに到来することとなるものについては、同項の規定にかかわらず、最初の期分の汚染負荷量賦課金の納期限までに、最初の期分の汚染負荷量賦課金とともに納付するものとする。 （特定賦課金の充当）第十条 機構は、法第六十四条第三項（法第六十五条第四項において準用する場合を含む。）の規定により、未納の特定賦課金その他法の規定による徴収金に充当したときは、その旨を納付義務者（法第六十二条第二項の規定により特定賦課金を納付する義務を負う特定施設等設置者（法第六十二条第一項に規定する特定施設等設置者をいう。以下同じ。）をいう。第十二条及び第十四条第一項において同じ。）に通知しなければならない。
（共同納付の申出）第十一条 法第六十五条第一項の申出は、共同納付申出書（様式第二号）をもつてしなければならない。
（特定賦課金の延納の方法）第十二条 法第六十四条第一項の規定により納付すべき特定賦課金の額が三十万円以上である納付義務者は、当該特定賦課金を納付する際に法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納の申請をした場合には、その特定賦課金を、四月一日から六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日までの各期に分けて納付することができる。
２ 前項の規定により延納をする納付義務者は、その特定賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の特定賦課金として、最初の期分の特定賦課金については法第六十四条第一項の規定により通知を受けた納期限までに、その後の各期分の特定賦課金についてはそれぞれその期の初日の属する月の翌月十五日までに納付しなければならない。 ３ 前項の規定により延納をする納付義務者は、最初の期分以外の各期分の特定賦課金のうち、同項の規定による納期限が最初の期分の特定賦課金の納期限よりさきに到来することとなるものについては、同項の規定にかかわらず、最初の期分の特定賦課金の納期限までに、最初の期分の特定賦課金とともに納付するものとする。第十三条 前条の規定は、法第六十四条第三項の規定により納付すべきその不足する特定賦課金に係る法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納について準用する。
（特定賦課金の共同納付の場合の延納の方法）第十四条 法第六十五条第一項の規定による承認を受けた場合にあつては、その共同で納付すべき特定賦課金の額が三十万円以上である共同納付義務者（法第六十五条第一項の規定により、特定賦課金を共同で納付する旨の申出をし、承認を受けた納付義務者をいう。以下この条において同じ。）は、当該特定賦課金を納付する際に法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納の申請をした場合には、その特定賦課金を、四月一日から六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日までの各期に分けて納付することができる。
２ 前項の規定により延納をする共同納付義務者は、その特定賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の特定賦課金として、最初の期分の特定賦課金については法第六十四条第一項の規定により通知を受けた納期限までに、その後の各期分の特定賦課金についてはそれぞれその期の初日の属する月の翌月十五日までに納付しなければならない。 ３ 前項の規定により延納をする共同納付義務者は、最初の期分以外の各期分の特定賦課金のうち、同項の規定による納期限が最初の期分の特定賦課金の納期限よりさきに到来することとなるものについては、同項の規定にかかわらず、最初の期分の特定賦課金の納期限までに、最初の期分の特定賦課金とともに納付するものとする。第十五条 前条の規定は、法第六十五条第四項において準用する法第六十四条第三項の規定により納付すべきその不足する特定賦課金に係る法第六十六条において準用する法第五十六条の規定による延納について準用する。
（汚染負荷量賦課金等の申告及び納付）第十六条 汚染負荷量賦課金申告書は、機構に提出しなければならない。
２ 汚染負荷量賦課金、特定賦課金その他法の規定による徴収金は、機構に直接納付する場合のほかは、金融機関に設けられた機構の口座に払い込むことによつて納付しなければならない。 ３ 汚染負荷量賦課金、特定賦課金その他法の規定による徴収金の納付は、納入告知書に係るものを除き納付書によつて行わなければならない。 ４ 法第五十五条第三項並びに法第六十四条第一項及び第二項（法第六十五条第四項において準用する場合を含む。）の規定による通知は、納入告知書によつて行わなければならない。 （滞納処分の証明書）第十七条 法第五十七条第五項又は第六項（法第六十六条において準用する場合を含む。）の規定による滞納処分のため財産の差押えをするときは、差押えをする市町村（特別区を含む。）又は機構の職員は、その行為に関し正当な権限を有する者であることを示す証明書（様式第三号）を提示しなければならない。
（公示送達の方法）第十八条 法第六十条（法第六十六条において準用する場合を含む。）の規定により国税徴収の例によることとされる汚染負荷量賦課金、特定賦課金その他法の規定による徴収金に関する公示送達は、機構の理事長が送達すべき書類を保管し、いつでも送達を受けるべき者に交付する旨を機構の掲示場に掲示して行う。
（書類の保存義務）第十九条 ばい煙発生施設等設置者若しくは特定施設等設置者又はばい煙発生施設等設置者若しくは特定施設等設置者であつた者は、法又はこの省令による書類を、その完結の日から五年間保存しなければならない。
（代理人選任の届出）第二十条 ばい煙発生施設等設置者又は特定施設等設置者は、法の規定に基づいてばい煙発生施設等設置者又は特定施設等設置者がしなければならない事項につき、代理人をして処理させようとするときは、あらかじめ、文書でその旨を機構に届け出なければならない。
（証明書の様式）第二十一条 法第百四十一条第二項の証明書は、様式第四号によるものとする。
（電子情報処理組織による申告等）第二十二条 情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第六条第一項の規定に基づき、環境省の所管する法令に係る情報通信技術を活用した行政の推進等に関する法律施行規則（平成十五年環境省令第七号）第三条に規定する電子情報処理組織を使用した法第五十五条第一項の規定による申告書の提出、法第五十六条の規定による延納の申請、第五条ただし書の規定による別の方法による納付の届出及び第二十条の規定による代理人選任の届出（以下「電子申告等」という。）を行おうとする者は、あらかじめ、電子申告等を行う者の氏名その他必要な事項を文書で機構に届け出なければならない。
２ 機構は、前項の規定による届出を受けたときは、識別番号及び暗証番号を付し、これらの番号を電子申告等を行う者として届け出られた者に通知するものとする。 ３ 電子申告等を行う者は、機構の使用に係る電子計算機に備えられたファイルから入手可能な様式に記録すべき事項（次項において「電子申告等記録事項」という。）その他必要な事項を、電子申告等を行う者の使用に係る電子計算機であつて次に掲げる技術的基準に適合するものから入力して、電子申告等を行わなければならない。一 機構の使用に係る電子計算機に備えられたファイルから入手した様式に入力できる機能
二 機構の使用に係る電子計算機と通信できる機能
４ 前項の規定により電子情報処理組織を使用した法第五十五条第一項の規定による申告書の提出を行う者は、第六条の二の規定にかかわらず、第六条各号に掲げる書類に記載すべき事項を電子申告等記録事項と併せて入力し、これを送信しなければならない。附則
この命令は、法の施行の日（昭和四十九年九月一日）から施行する。 昭和五十三年度分の汚染負荷量賦課金に関する第八条及び第九条の規定並びに特定賦課金に関する第十二条から第十五条までの規定の適用については、第八条第一項中「五百万円」とあるのは「三十万円」と、「七月三十一日まで、八月一日から十一月三十日まで及び十二月一日から翌年三月三十一日」とあるのは「六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日」と、同条第二項中「その後の各期分の汚染負荷量賦課金についてはそれぞれその前の期の末日までに」とあるのは「七月一日から九月三十日までの期分の汚染負荷量賦課金については八月十五日までに、十月一日から十二月三十一日までの期分の汚染負荷量賦課金については十一月十五日までに、翌年一月一日から三月三十一日までの期分の汚染負荷量賦課金については同年二月十五日までに、それぞれ」と、第十二条及び第十四条中「五百万円」とあるのは「三十万円」と、「七月三十一日まで、八月一日から十一月三十日まで及び十二月一日から翌年三月三十一日」とあるのは「六月三十日まで、七月一日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日」と、「その後の各期分の特定賦課金についてはそれぞれその前の期の末日までに」とあるのは「七月一日から九月三十日までの期分の特定賦課金については八月十五日までに、十月一日から十二月三十一日までの期分の特定賦課金については十一月十五日までに、翌年一月一日から三月三十一日までの期分の特定賦課金については同年二月十五日までに、それぞれ」とする。 公害健康被害補償法施行令の一部を改正する政令（昭和五十三年政令第二百二十四号）附則第二項の汚染負荷量賦課金に関する第八条及び第九条の規定の適用については、前項の規定にかかわらず、第八条第一項中「五百万円」とあるのは「三十万円」と、「四月一日から七月三十一日まで、八月一日から十一月三十日まで及び十二月一日から翌年三月三十一日」とあるのは「六月二日から九月三十日まで、十月一日から十二月三十一日まで及び翌年一月一日から三月三十一日」と、同条第二項（第九条第一項において準用する場合を含む。）中「その汚染負荷量賦課金の額を期の数で除して得た額を各期分の汚染負荷量賦課金として」とあるのは「その汚染負荷量賦課金の額の十分の四に相当する額を最初の期分の汚染負荷量賦課金と、その汚染負荷量賦課金の額の十分の六に相当する額をその後の期の数で除して得た額をその後の各期分の汚染負荷量賦課金として」と、「その年度の初日」とあるのは「昭和五十三年七月二日」と、「その後の各期分の汚染負荷量賦課金についてはそれぞれその前の期の末日までに」とあるのは「十月一日から十二月三十一日までの期分の汚染負荷量賦課金については十一月十五日までに、翌年一月一日から三月三十一日までの期分の汚染負荷量賦課金については同年二月十五日までに、それぞれ」とする。附則（昭和五〇年三月二五日総理府・通商産業省令第一号）
この命令は、昭和五十年四月一日から施行する。附則（昭和五一年三月三一日総理府・通商産業省令第一号）
この命令は、昭和五十一年四月一日から施行する。 この命令による改正後の公害健康被害補償法施行規程の規定は、昭和五十一年度以降の年度分の汚染負荷量賦課金及び特定賦課金について適用し、昭和五十年度以前の年度分の汚染負荷量賦課金及び特定賦課金については、なお従前の例による。附則（昭和五二年三月二九日総理府・通商産業省令第一号）
この命令は、昭和五十二年四月一日から施行する。 この命令による改正後の公害健康被害補償法施行規程の規定は、昭和五十二年度以降の年度分の汚染負荷量賦課金及び特定賦課金について適用し、昭和五十一年度以前の年度分の汚染負荷量賦課金及び特定賦課金については、なお従前の例による。附則（昭和五三年三月三一日総理府・通商産業省令第二号）
この命令は、昭和五十三年四月一日から施行する。 この命令による改正後の公害健康被害補償法施行規程の規定は、昭和五十三年度以降の年度分の汚染負荷量賦課金及び特定賦課金について適用し、昭和五十二年度以前の年度分の汚染負荷量賦課金及び特定賦課金については、なお従前の例による。附則（昭和五三年六月二九日総理府・通商産業省令第三号）
この命令は、公布の日から施行する。附則（昭和五四年三月二九日総理府・通商産業省令第二号）
この命令は、昭和五十四年四月一日から施行する。附則（昭和六三年二月二九日総理府・通商産業省令第二号）
この命令は、昭和六十三年三月一日から施行する。附則（平成元年三月三〇日総理府・通商産業省令第三号）
この命令は、平成元年四月一日から施行する。附則（平成五年一〇月二九日総理府・通商産業省令第四号）
この命令は、平成六年四月一日から施行する。附則（平成七年九月二五日総理府・通商産業省令第三号）
この命令は、公布の日から施行する。附則（平成一〇年四月二四日総理府・通商産業省令第一号）
この命令は、公布の日から施行する。附則（平成一一年三月三一日総理府・通商産業省令第五号）
この命令は、公布の日から施行し、平成十一事業年度の汚染負荷量賦課金の納付から適用する。附則（平成一二年八月一四日総理府・通商産業省令第九号）
この命令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。附則（平成一五年三月二七日環境省令第一〇号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成一六年四月一日環境省令第一一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十六年四月一日から施行する。
附則（平成一九年四月二〇日環境省令第一一号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（平成一九年九月二八日環境省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十九年九月三十日から施行する。
附則（令和元年一二月一六日環境省令第一八号）
この省令は、情報通信技術の活用による行政手続等に係る関係者の利便性の向上並びに行政運営の簡素化及び効率化を図るための行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律等の一部を改正する法律（令和元年法律第十六号）の施行の日から施行する。附則（令和二年三月三〇日環境省令第九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（令和二年一二月二八日環境省令第三一号）
この省令は、公布の日から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、合理的に必要と認められる範囲内で、当分の間、これを取り繕って使用することができる。附則（令和六年二月二〇日環境省令第六号）
この省令は、公布の日から施行する。様式第１号
（第４条関係）[PDF]
様式第２号
（第１１条関係）[PDF]
様式第３号
（１）（第１７条関係）[PDF]
様式第３号
（２）（第１７条関係）[PDF]
様式第４号
（第２１条関係）[PDF]