河川法施行令（昭和四十年政令第十四号）を実施するため、道の区域内の建設大臣が管理する河川に係る流水占用料等に関する省令を次のように定める。
（流水占用料等の額）第一条 道の区域内の指定区間外及び特別指定区間内の一級河川並びに指定河川（以下「国土交通大臣が管理する河川」という。）に係る流水占用料等の額は、当分の間、道知事が河川法第三十二条第一項の規定により徴収すべき流水占用料等の額とする。
（流水占用料等の徴収方法）第二条 道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水占用料等（以下「流水占用料等」という。）で、発電のためにする流水の占用等に係るものについては、四月一日から九月三十日までの間における流水の占用等に係る分又は十月一日から翌年三月三十一日までの間における流水の占用等に係る分ごとに、当該流水の占用等の許可又は登録に係る取水（設備の点検のためにするものを除く。）を始めた日の属する期間分にあつてはその取水を始めた日から一月以内に、その他の期間分にあつては当該期間の初日から一月以内にそれぞれ徴収するものとする。
２ 流水の占用等で発電のためにするもの以外のものに係る流水占用料等については、当該流水の占用等の許可又は登録があつた日から一月以内に（耕作のためにする土地の占用（養畜のための採草又は家畜の放牧のためにするものを含む。以下同じ。）に係る土地の占用にあつては、当該許可又は登録があつた日の属する年度の九月末日までに）、当該許可又は登録に係る流水の占用等に係る分を一括して徴収するものとする。 （流水占用料等の額の特例）第三条 道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水の占用等で次の各号に掲げるものについては、流水占用料等を徴収しない。
一 国又は地方公共団体が行なう流水の占用等
二 かんがいのためにする流水の占用等
２ 前項に規定するもののほか、国土交通大臣は、道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水の占用等に係る公益性の高い事業について特に必要があると認めるとき、又は道の区域内の国土交通大臣が管理する河川に係る流水の占用等をする者について被災その他の特別の事情があると認めるときは、第一条の規定にかかわらず、当該流水の占用等をする者の申請に基づき、同条に規定する流水占用料等の額の範囲内において、当該流水の占用等に係る流水占用料等の額を別に定め、又は変更することができる。 ３ 前項の規定による申請は、公益性の高い事業に着手した後又は被災その他の特別の事情のやんだ後一年以内に、別記様式による申請書を提出してしなければならない。 （流水占用料等の返還）第四条 前条第二項の規定により流水占用料等を変更した場合において、既に納めた流水占用料等の額が当該変更後の額をこえるときは、そのこえる額の流水占用料等は返還するものとする。
附則
この省令は、昭和四十年四月一日から施行する。附則（昭和四二年九月三〇日建設省令第二五号）
この省令は、公布の日から施行し、昭和四十二年四月一日から適用する。附則（平成元年三月二七日建設省令第三号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成六年二月二三日建設省令第四号）
この省令は、公布の日から施行する。 この省令による改正前の建設業法施行規則、建築士法施行規則、建築動態統計調査規則、建設機械抵当法施行規則、河川法施行規則、道の区域内の建設大臣が管理する河川に係る流水占用料等に関する省令、都市再開発法施行規則、浄化槽設備士に関する省令、浄化槽工事業に係る登録等に関する省令、浄化槽の型式の認定に関する省令及び建設省関係研究交流促進法施行規則に規定する様式による書面は、平成六年三月三十一日までの間は、これを使用することができる。附則（平成一二年一一月二〇日建設省令第四一号）
この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。附則（平成二五年一二月一一日国土交通省令第九八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、水防法及び河川法の一部を改正する法律の一部の施行の日（平成二十五年十二月十一日）から施行する。
附則（令和元年六月二八日国土交通省令第二〇号）
この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。附則（令和二年一二月二三日国土交通省令第九八号）
この省令は、令和三年一月一日から施行する。 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式による用紙は、当分の間、これを取り繕って使用することができる。別記様式
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