第一条 最低賃金法（以下「法」という。）第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第四条第三項第一号の規定により国土交通省令で定める賃金は、歩合によつて支払われる賃金以外のものとする。
２ 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第四条第三項第二号の規定により国土交通省令で定める賃金は、船員法（昭和二十二年法律第百号）第六十六条の割増手当とする。 （最低賃金の減額の許可の申請）第二条 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第七条の許可を受けようとする者は、次の書類を添えた申請書を当該申請に係る船員の労務管理の事務を行う事務所の所在地を管轄する地方運輸局長（運輸監理部長を含む。以下同じ。）に提出しなければならない。
一 当該最低賃金の内容を記載した書面
二 当該船員の氏名並びに許可を受けた後に予定される業務の内容、所定労働時間及び賃金額を記載した書面
三 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第七条各号のいずれかに該当することを証明する書面
２ 前項に規定する申請書及び添付書類の数は、正本一通及び写し一通とする。 （最低賃金の減額の率）第三条 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第七条の国土交通省令で定める率は、次の表の上欄に掲げる者の区分に応じ、それぞれ同表の下欄に定める率以下の率であつて、当該者の職務の内容、職務の成果、労働能力、経験等を勘案して定めるものとする。
（法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第七条第四号の国土交通省令で定める者）第四条 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第七条第四号の規定により国土交通省令で定める者は、次のとおりとする。
一 所定労働時間の特に短い者
二 軽易な業務に従事する者
（周知義務）第五条 最低賃金の適用を受ける使用者が法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第八条の規定により船員に周知させるべき事項は、次のとおりとする。
一 最低賃金額
二 当該最低賃金の適用を受ける地域及び船員の範囲
三 当該最低賃金に算入しない賃金の範囲
（最低賃金の決定等に関する申出）第六条 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第十五条第一項の規定による申出は、申出の内容及び理由並びに申出をする者が代表する船員又は使用者の範囲を記載した書面を提出してしなければならない。
２ 前項の書面には、申出をする者が同項の範囲の船員又は使用者を代表する者であることを証明する書面を添えなければならない。 （交通政策審議会等の意見に関する異議の申出）第七条 国土交通大臣又は地方運輸局長は、法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第十五条第二項及び法第三十五条第三項の規定による交通政策審議会又は地方交通審議会（以下「交通政策審議会等」という。）の意見があつたときは、その意見の要旨を官報に公示するものとする。
２ 法第十五条第三項及び法第三十五条第四項の規定により準用する法第十一条第二項の規定による異議の申出は、異議の内容及び理由を記載した書面を提出してしなければならない。 （公示）第八条 国土交通大臣又は地方運輸局長は、最低賃金に関する決定をしたときは、その内容及び効力が生ずる日を官報に公示するものとする。
（意見の聴取）第九条 交通政策審議会等は、法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第二十五条第五項（法第三十七条第五項において準用する場合に限る。）の規定により関係船員及び関係使用者の意見を聴こうとするときは、事案の要旨並びに意見を述べようとする関係船員及び関係使用者は一定の期日までに意見を記載した書面を提出しなければならない旨を官報に公示するものとする。
２ 交通政策審議会等は、前項の書面によるほか、当該書面を提出した者その他の関係船員及び関係使用者のうち適当と認める者を、その会議に出席させる等により意見を聴くものとする。 （報告）第十条 最低賃金の適用を受ける使用者は、最低賃金に関する決定又はその実施について必要な事項に関し国土交通大臣又は地方運輸局長から要求があつたときは、当該事項について報告しなければならない。
（職権）第十一条 法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第三十条第一項の指定は、関係地方運輸局長に通知することにより行うものとする。
（船員労務官）第十二条 船員労務官は、法第四条第一項並びに法第三十五条第二項の規定により読み替えて適用される法第八条及び法第二十九条の規定の実施の監査を行うものとする。
附則
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和三七年九月二八日運輸省令第五一号）
この省令は、昭和三十七年十月一日から施行する。附則（昭和四二年六月二日運輸省令第三二号）
この省令は、昭和四十二年十二月一日から施行する。附則（昭和四三年八月三〇日運輸省令第四二号）
この省令は、最低賃金法の一部を改正する法律（昭和四十三年法律第九十号。以下「改正法」という。）の施行の日（昭和四十三年九月一日）から施行する。附則（昭和五六年三月三〇日運輸省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、地方支分部局の整理のための行政管理庁設置法等の一部を改正する法律の施行の日（昭和五十六年四月一日）から施行する。
附則（昭和五七年三月二四日運輸省令第四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五九年六月二二日運輸省令第一八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、昭和五十九年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行前に次の表の上欄に掲げる行政庁が法律若しくはこれに基づく命令の規定によりした許可、認可その他の処分又は契約その他の行為（以下「処分等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁がした処分等とみなし、この省令の施行前に同表の上欄に掲げる行政庁に対してした申請、届出その他の行為（以下「申請等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁に対してした申請等とみなす。
第三条 この省令の施行前に海運局支局長が法律又はこれに基づく命令の規定によりした処分等は、相当の地方運輸局又は海運監理部の海運支局長がした処分等とみなし、この省令の施行前に海運局支局長に対してした申請等は、相当の地方運輸局又は海運監理部の海運支局長に対してした申請等とみなす。
附則（平成元年二月七日運輸省令第三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、船員法の一部を改正する法律の施行の日（平成元年四月一日）から施行する。
（船員の最低賃金に関する省令の一部改正に伴う経過措置）
第三条 この省令の施行の際現に航海中である船舶に乗り組む海員については、航海終了日までは、第四条の規定による改正後の船員の最低賃金に関する省令の規定にかかわらず、なお従前の例による。
附則（平成元年一〇月二六日運輸省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二年四月一日から施行する。
（船員の最低賃金に関する省令の一部改正に伴う経過措置）
第五条 この省令の施行の際現に航海中である船舶に乗り組む海員については、当該航海が終了する日までは、前条の規定による改正後の船員の最低賃金に関する省令の規定にかかわらず、なお従前の例による。
附則（平成四年一二月二一日運輸省令第三六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、船員法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成五年四月一日）から施行する。
附則（平成一二年一一月二九日運輸省令第三九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十三年一月六日から施行する。
附則（平成一四年六月二八日国土交通省令第七九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十四年七月一日から施行する。
附則（平成二〇年六月三〇日国土交通省令第五五号）
この省令は、最低賃金法の一部を改正する法律の施行の日（平成二十年七月一日）から施行する。附則（平成二〇年九月一日国土交通省令第七七号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十年十月一日から施行する。