第一条 とん税法（以下「法」という。）第四条第二項（船長以外の者による納付）に規定する承認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を税関長に提出しなければならない。
一 とん税の納付についての事務を行うべき者の住所及び氏名又は名称
二 前号に規定する者がそのとん税を納付すべき外国貿易船の名称、国籍及び純トン数（同号に規定する者が当該承認を受けようとする者の運航に属する外国貿易船に係るとん税の納付についての事務を一括して行うものであるときは、これらの事項に代えて、その旨）
２ 前項第一号に規定する者が法人である場合には、同項に規定する承認を受けようとする者は、当該法人の登記事項証明書を同項の申請書に添付しなければならない。 （申告書の記載事項及び納付の手続）第二条 法第五条第一項（申告による納付）に規定するとん税の申告書には、当該とん税に係る外国貿易船の名称、国籍、入港年月日及び純トン数並びに適用すべき税率及び納付すべきとん税額を記載しなければならない。
２ とん税を納付しようとする者は、その税額に相当する金銭に財務省令で定める納付書を添えて、これを日本銀行（国税の収納を行う代理店を含む。）又はそのとん税の収納を行う税関職員に納付しなければならない。 （更正又は決定の手続）第三条 法第六条第一項（更正及び決定）の規定による更正又は決定は、税関長が更正通知書又は決定通知書を送達して行なう。
２ 更正通知書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一 更正前の課税標準たる純トン数及び納付すべき税額
二 更正後の課税標準たる純トン数及び納付すべき税額
三 更正前の納付すべき税額が更正により増加し、又は減少するときは、その増加し、又は減少する部分の税額
四 更正により納付すべきこととなるとん税額の納期日（法第六条第二項（更正又は決定に係るとん税の納期日）に規定する期日をいう。次項において同じ。）
３ 決定通知書には、その決定に係る課税標準たる純トン数、納付すべき税額及びその納期日を記載しなければならない。 （非課税の場合の証明）第四条 外国貿易船が開港に入港した場合において、法第七条第一項本文（非課税）の規定に該当すべき事実があるとき（同項ただし書の規定に該当すべきときを除く。）は、当該外国貿易船の船長は、その入港後遅滞なくその事実を税関長に証明しなければならない。
（とん税の納付前に出港する場合の承認の申請手続等）第五条 法第九条第一項（とん税の納付前に出港する場合の承認及び担保）に規定する承認を受けようとする者は、当該とん税を納付すべき外国貿易船の名称、国籍及び純トン数、その入港年月日及び出港予定年月日並びに同項の規定の適用を受けるべき理由を記載した申請書を税関長に提出しなければならない。
２ 税関長は、法第九条第一項の承認を受けてとん税の納付前に出港した外国貿易船に係るとん税について、当該とん税に係る法第五条第一項（申告による納付）に規定する申告書に記載された税額に誤りがないと認めた場合には、当該税額及びこれを納付すべき旨（とん税の納付を要しないときは、その旨）を記載した納税通知書を当該承認を受けた者に送達する。 ３ 前項の納税通知書に記載された納付すべき税額は、当該通知書が発せられた日の翌日から起算して一月を経過する日までに納付しなければならない。 ４ 法第十条第一項（延滞税に係る関税法の準用）に規定する政令で定める日は、第二項の納税通知書又は第三条第一項の更正通知書が発せられた日（第二項の納税通知書が発せられた後第三条第一項の更正通知書が発せられた場合には、第二項の納税通知書が発せられた日）とする。 （担保の提供の手続等）第六条 関税法施行令（昭和二十九年政令第百五十号）第八条から第八条の三まで（担保として提供した国債等の価額・担保の提供の手続・増担保又は保証人の変更等）及び第八条の五（金銭担保による納付の手続）の規定は、法第九条第一項（とん税の納付前に出港する場合の承認及び担保）の規定により提供する担保について準用する。
２ 税関長は、法第九条第一項の規定による担保の提供があつた場合において、当該担保の提供に係るとん税の納付があつたとき、又は当該とん税を納付する必要がなくなつたときは、直ちに当該担保を解除する手続をしなければならない。 （犯則事件の調査及び処分の手続）第七条 関税法施行令第九章（犯則事件の調査及び処分）の規定は、とん税に係る犯則事件の調査及び処分について準用する。
（税関長の権限の委任）第八条 法に基づくとん税に係る税関長の権限は、法第八条（純トン数の測度）の規定に基づくものを除き、次の各号の区分に応じ、当該各号に掲げる税関官署の長に委任されるものとする。
一 当該とん税に係る外国貿易船が入港する開港におけるけい留場所を所轄する税関官署として税関支署がある場合（次号に該当する場合を除く。）
当該税関支署
二 当該とん税に係る外国貿易船が入港する開港のある市町村の区域内に税関及び税関支署が設置されていないが、税関出張所、税関支署出張所その他の税関官署がある場合
当該税関官署
附則
この政令は、昭和三十二年四月一日から施行する。 改正後のとん税法施行令（以下「令」という。）の規定は、昭和三十二年四月一日以後に課すべきこととなるとん税について適用する。 法附則第六項に規定する国際基幹航路で政令で定めるものは、次項に規定する国際戦略港湾と北アメリカ大陸（メキシコ以南の地域を除く。）又はヨーロッパ大陸（ロシア（ベーリング海、オホーツク海及び日本海を含む太平洋に面する地域を除く。）を含む。）の港との間の航路とする。 法附則第六項に規定する国際戦略港湾で政令で定めるものは、港湾法施行令（昭和二十六年政令第四号）別表第一に掲げる港湾のうち、京浜、大阪、神戸、名古屋及び四日市とする。附則（昭和三四年一二月二六日政令第三八三号）
この政令は、国税徴収法の施行の日（昭和三十五年一月一日）から施行する。附則（昭和四一年三月三一日政令第七九号）
この政令は、昭和四十一年四月一日から施行する。附則（昭和五七年一月二六日政令第一一号）
この政令は、船舶のトン数の測度に関する法律の施行の日（昭和五十七年七月十八日）から施行する。附則（昭和六三年一二月三〇日政令第三六一号）
（施行期日）
第一条 この政令は、昭和六十四年四月一日から施行する。 ただし、第七条（大蔵省組織令第三十四条第一号の改正規定を除く。）、第十一条（関税法施行令第十一条を削り、第十条の二を第十一条とする改正規定及び同令第六十二条の二第一号の改正規定を除く。）、第十三条（輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律施行令第十六条を削る改正規定に限る。）、第十四条及び第十九条（沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する政令目次の改正規定及び同令第五章第四節中第九十条の前に一条を加える改正規定に限る。）の規定は、消費税法の施行の日から施行する。
附則（平成一二年六月七日政令第三〇七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、平成十三年一月六日から施行する。
附則（平成一六年三月一二日政令第三五号）
この政令は、平成十六年三月二十二日から施行する。附則（平成一七年二月一八日政令第二四号）
（施行期日）
第一条 この政令は、不動産登記法の施行の日（平成十七年三月七日）から施行する。
附則（令和二年三月三一日政令第一二八号）
この政令は、令和二年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。一 第一条中関税法施行令附則の改正規定、第三条及び第四条の規定並びに第七条中電子情報処理組織による輸出入等関連業務の処理等に関する法律施行令別表第四七号の二の次に一号を加える改正規定 令和二年十月一日