第一条 水産資源保護法（以下「法」という。）第十三条第一項の農林水産省令で定める輸入防疫対象疾病は、次の表の上欄に掲げる水産動物の種類に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる伝染性疾病とする。
２ 法第十三条第一項の農林水産省令で定める水産動物は、前項の表の上欄に掲げる水産動物であつて、次に掲げるものとする。一 生きている水産動物（食用に供するものにあつては、公共の用に供する水面又はこれに直接排水する施設において保管するものに限る。）
二 生きていない水産動物（加工したものを含み、養殖の用に供するもの（魚粉及び魚油を除く。）に限る。）
（輸入の申請）第二条 法第十三条第一項の許可を受けようとする者は、別記様式第一号による申請書を提出しなければならない。
２ 法第十三条第二項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。一 荷受人及び荷送人の氏名又は名称及び住所
二 輸入しようとする水産動物の搭載予定地、搭載予定年月日及び搭載予定船舶名又は搭載予定航空機名
三 輸入しようとする水産動物の仕向地
四 その他参考となるべき事項
（電磁的記録による作成）第二条の二 法第十三条第二項に規定する検査証明書又はその写しについては、当該検査証明書又はその写しに記載されるべき事項が記録され、かつ、輸出国の政府機関が作成したと認められる電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）が作成されたものを輸入する場合には、電磁的記録をもつてこれに代えることができる。
（輸入許可証の交付）第三条 法第十三条第四項の規定により交付する輸入許可証の様式は、別記様式第二号による。
（管理すべき期間）第四条 法第十四条第一項の農林水産省令で定める期間は、次の表の上欄に掲げる水産動物の種類に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる期間とする。
（管理の方法）第五条 法第十四条第一項の農林水産省令で定める方法は、次のとおりとする。
一 管理すべき水産動物を他の水産動物と区別して保管すること。
二 当該水産動物の容器包装に入れられていた水その他の液体又は当該水産動物の飼育用水を排出する場合には、これを消毒すること。
三 前条の管理すべき期間中に当該水産動物をその容器包装又はいけす（以下この号において「容器包装等」という。）から他の容器包装又はいけすに移す場合には、容器包装等を消毒すること。
四 当該水産動物の容器包装を廃棄する場合には、これを焼却又は埋却により行うこと。
五 前条の管理すべき期間中に当該水産動物がへい死した場合には、当該水産動物について、焼却、埋却その他の必要な措置をとること。
（輸入防疫対象疾病の検査）第六条 法第十四条第二項の規定により検査を受ける者は、あらかじめ、文書又は口頭により、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
一 水産動物の所有者及び管理者の氏名又は名称及び住所
二 水産動物がかかり、又はかかつている疑いがある輸入防疫対象疾病の種類
三 水産動物の種類
四 水産動物の所在地
五 水産動物が輸入防疫対象疾病にかかり、又はかかつている疑いがあることを発見した年月日時及び発見時の状態
六 その他参考となるべき事項
（身分証明書の様式）第七条 法第十六条第二項に規定する身分を示す証明書の様式は、別記様式第三号による。
（通路設置計画等の作成及びその承認）第八条 法第二十六条第二項の規定による命令を受けた者は、当該命令を受けた日から六十日以内に、左表の上欄に掲げる命令の区分に従い、それぞれ同表の中欄に掲げる事項を記載した計画書に同表の下欄に掲げる書類を添え、農林水産大臣に提出しなければならない。
（除害工事命令）第九条 法第二十七条第四項の利害関係人が、同条第一項に規定する除害工事の命令を申請しようとするときは、左の各号に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 申請者の氏名又は名称及び住所
二 工作物の所有者又は占有者の氏名又は名称及び住所
三 工作物の種類、規模及び用途
四 除害工事を必要とする理由
五 除害工事の内容
六 除害工事を命ずるべき時期
七 除害工事によつて当該工作物について権利を有する者のこうむるべき損失
（補償金額決定の通知）第十条 農林水産大臣は、法第二十七条第三項の補償金額を決定したときは、当該金額及び支払の期限を、当該工作物について権利を有する者に通知するものとする。
２ 農林水産大臣は、法第二十七条第四項の補償金額を決定したときは、当該金額及び支払の期限を当該申請者に通知するとともに、当該金額、支払の期限並びに当該申請者の氏名又は名称及び住所を、当該工作物について権利を有する者に通知するものとする。 （届出の義務）第十一条 法第三十条の農林水産省令で定める水産動植物は、あゆとする。
第十二条 法第三十条前段の規定による届出は、その業を開始しようとする日の三十日前までに、別記様式第四号による届出書を農林水産大臣に提出してしなければならない。
２ 法第三十条前段又は法附則第二項の規定による届出をした者は、当該届出書の記載事項を変更しようとするときは、当該変更をしようとする事項を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。第十三条 法第三十条後段の規定による届出は、その業を廃止した日から十日以内に、その旨を記載した書面を農林水産大臣に提出してしなければならない。
（生産及び配付の指示）第十四条 法第三十一条の規定による指示は、水産動植物の生産についてする場合は当該水産動植物の種苗の種類及び生産数量又は生産方法を、水産動植物の種苗の配付についてする場合には、当該水産動植物の種苗の種類及び配付価格、配付方法、配付先別数量、又は時期別配付数量を記載した書面を交付してするものとする。
（報告の徴収）第十五条 総トン数二十トン以上の漁船の船長は、農林水産大臣が漁具の流失につき水産資源の保護培養のため必要と認めて報告すべき事項及び方法を告示して定めた場合には、当該定めに従つて報告しなければならない。
附則
この省令は、法の施行の日（昭和二十七年六月十六日）から施行する。 左に掲げる省令は、廃止する。一水産資源枯渇防止法施行規則（昭和二十五年農林省令第六十六号）
二水産資源枯渇防止法第三条第六項の規定により漁業の許可の取消を受けた漁船の乗組員及び作業員に対し支給すべき金額に関する省令（昭和二十五年農林省令第百三十二号）
附則（昭和五三年七月五日農林省令第四九号）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
附則（平成五年四月一日農林水産省令第一五号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成八年七月一〇日農林水産省令第三二号）
この省令は、法の施行の日（平成八年七月二十日）から施行する。附則（平成八年一一月二九日農林水産省令第六五号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成八年一二月二七日農林水産省令第六九号）
この省令は、平成九年一月一日から施行する。附則（平成一二年九月一日農林水産省令第八二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附則（平成一五年六月三〇日農林水産省令第六五号）
この省令は、平成十五年七月十四日から施行する。附則（平成一七年一〇月五日農林水産省令第一〇八号）
この省令は、水産資源保護法及び持続的養殖生産確保法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年十月二十日）から施行する。附則（平成一九年二月二日農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の水産資源保護法施行規則の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の水産資源保護法施行規則の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（平成一九年一二月三日農林水産省令第九一号）
この省令は、平成二十年一月一日から施行する。附則（平成二四年一二月一四日農林水産省令第五九号）
この省令は、平成二十五年一月一日から施行する。附則（平成二八年一月二七日農林水産省令第三号）
この省令は、公布の日から起算して六月を経過した日から施行する。附則（令和元年六月二七日農林水産省令第一〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和二年七月八日農林水産省令第四九号）
この省令は、漁業法等の一部を改正する等の法律（以下「改正法」という。）の施行の日（令和二年十二月一日）から施行する。 この省令の施行前に第二条の規定による改正前の水産資源保護法施行規則別記様式第二号により交付された輸入許可証及び同令別記様式第三号により交付された立入検査をする職員の身分証明証は、同条の規定による改正後の同令別記様式により交付されたものとみなす。 この省令の施行前にした行為及び前項の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。附則（令和二年一二月二一日農林水産省令第八三号）
（施行期日）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。 この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和四年一二月一日農林水産省令第六八号）
この省令は、公布の日から施行する。別記様式第一号
（第二条関係）[PDF]
別記様式第二号
（第三条関係）[PDF]
別記様式第三号
（第七条関係）[PDF]
別記様式第四号
（第十二条関係）[PDF]