第一条 離島航路整備法（昭和二十七年法律第二百二十六号。以下「法」という。）第四条の規定により航路補助金の交付を申請しようとする者は、航路ごとに、次に掲げる事項を記載した航路補助金交付申請書三通を、航路補助金の交付を受けようとする会計年度（財政法（昭和二十二年法律第三十四号）第十一条に規定する会計年度をいう。以下同じ。）の前年度の五月三十一日（航路の新設その他特にやむを得ない理由がある場合にあつては、国土交通大臣の指定する日）までに、当該航路の拠点を管轄する地方運輸局長（運輸監理部長を含む。以下同じ。）を経由して国土交通大臣に提出するものとする。
一 住所及び氏名（法人にあつてはその住所、名称及び代表者の氏名。以下同じ。）
二 航路補助金の交付を受けようとする離島航路事業の概要
三 航路補助金の交付を受けようとする理由
２ 前項の申請書には、当該申請に係る離島航路の運航計画書、航路整備計画書、航路損益見込計算書及び最近一年間の航路損益計算書を添附するものとする。 ３ 前項の運航計画書の記載事項のうち、使用旅客船（予備船を含む。）の明細については、海上運送法施行規則（昭和二十四年運輸省令第四十九号）第一号様式の例により記載するものとする。 ４ 第二項の航路整備計画書には、航路補助金の交付を受けようとする会計年度以降の三年間における当該離島航路に係る次に掲げる事項に関する計画を記載するものとする。一 当該離島航路事業の合理化のため他の旅客定期航路事業者（海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第二条第四項に規定する旅客定期航路事業を営む者をいう。）とする次に掲げる事項 イ 合併又は分割
ロ 事業の譲渡及び譲受
ハ 海上運送法第二十八条の協定
二 当該離島航路の利用者の利便の増進のためにする使用旅客船の整備その他の運航計画の改善
（航路補助金の交付をする航路の決定）第二条 航路補助金の交付をする航路は、国土交通大臣が、前条の申請に係る離島航路の中から、別に定める基準により、これを決定する。
２ 国土交通大臣は、前項の規定により航路補助金の交付をする航路を決定したときは、その日から十日以内に、その旨を当該申請者に通知する。 （運航計画変更の認可申請）第三条 法第七条第一項の規定により運航計画の変更の認可を申請しようとする者は、左に掲げる事項を記載した運航計画変更認可申請書二通を、当該航路の拠点を管轄する地方運輸局長に提出するものとする。
一 住所及び氏名
二 変更しようとする事項（新旧の対照を明示すること。）
三 変更を必要とする理由
四 変更によりあらたに他の旅客定期航路事業と競争関係を生ずることとなる場合は、その概要
（運航計画の変更の届出）第三条の二 法第七条第一項ただし書の国土交通省令で定める軽微な事項に係る変更は、次のとおりとする。
一 使用旅客船の船名、船舶の種類、船質、船舶所有者、主機の種類又は連続最大出力の変更
二 使用旅客船の総トン数、貨物積載容積、自動車航送に係る自動車積載面積、旅客定員又は航海速力の変更（それぞれの変更後の数値が、航路補助金の交付をする航路の決定を受けた際の運航計画（当該運航計画について変更認可を受けた場合にあつては、変更後の運航計画のうち最近のもの）に記載されたものよりも十パーセント以上増加し、又は減少することとなる場合の変更を除く。）
三 航路補助金の交付をする航路の決定を受けた際の運航計画（当該運航計画について変更認可を受けた場合にあつては、変更後の運航計画のうち最近のもの）に記載された発着時刻の十分以下の変更
２ 法第七条第二項の規定により軽微な事項に係る変更の届出をしようとする者は、次に掲げる事項を記載した軽微事項変更届出書二通を当該航路の拠点を管轄する地方運輸局長に提出するものとする。一 住所及び氏名
二 変更した事項（新旧の対照を明示すること。）
三 変更した年月日
四 船舶の明細を変更した場合にあつては、当該船舶の運航開始日
五 変更を必要とした理由
（航路損益計算書等の提出）第四条 補助航路事業者は、航路ごとに、航路補助金の交付を受けようとする会計年度の九月三十日を末日とする一年間の航路損益計算書三通を作成し、これを当該年度の十一月三十日までに、当該航路の拠点を管轄する地方運輸局長を経由して国土交通大臣に提出するものとする。
２ 前項の航路損益計算書には、次に掲げる書類を添付するものとする。一 定款並びに最近の貸借対照表、事業報告書、損益計算書及び利益金処分に関する書類又はこれらに相当するもの
二 当該航路に関する帳簿組織一覧表
（航路補助金の交付額の決定）第五条 交付すべき航路補助金の額は、国土交通大臣が、運航計画書に記載された運航計画及び前条の規定により提出された航路損益計算書の記載事項に、別に定める基準を適用して決定する。
（権限の委任）第六条 法第七条第一項及び第二項に規定する国土交通大臣の権限は、当該航路の拠点を管轄する地方運輸局長が行なう。
２ 法第六条及び法第十七条第一項に規定する国土交通大臣の権限は、前項の地方運輸局長も行なうことができる。 （航路損益計算書等の様式）第七条 第一条第二項の航路損益見込計算書及び航路損益計算書並びに第四条第一項の航路損益計算書の様式は、別に定める。
附則
この省令は、公布の日から施行する。 航路補助規則（昭和二十五年運輸省令第二十号）は、廃止する。附則（昭和三一年八月三日運輸省令第四七号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和四一年三月一六日運輸省令第三号）
この省令は、昭和四十一年四月一日から施行し、昭和四十一年度分以後の航路補助金について適用する。附則（昭和四五年六月一日運輸省令第四二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五三年五月二三日運輸省令第二七号）
この省令は、公布の日から施行する。 改正後の第一条第三項及び第八条の規定は、昭和五十五年度分以降の航路補助金の交付の申請に係る離島航路の運航計画書について適用し、昭和五十三年度分及び昭和五十四年度分の航路補助金の交付の申請に係る離島航路の運航計画書（以下「旧運航計画書」という。）については、なお従前の例による。 前項の規定にかかわらず、旧運航計画書に記載されている事項のうち使用旅客船の明細に係るもので海上運送法施行規則第一号様式において記載することとされていないものは、当該運航計画書に記載されていないものとみなす。附則（昭和五六年三月三〇日運輸省令第一二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、地方支分部局の整理のための行政管理庁設置法等の一部を改正する法律の施行の日（昭和五十六年四月一日）から施行する。
附則（昭和五七年三月二四日運輸省令第四号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和五九年六月二二日運輸省令第一八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、昭和五十九年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行前に次の表の上欄に掲げる行政庁が法律若しくはこれに基づく命令の規定によりした許可、認可その他の処分又は契約その他の行為（以下「処分等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁がした処分等とみなし、この省令の施行前に同表の上欄に掲げる行政庁に対してした申請、届出その他の行為（以下「申請等」という。）は、同表の下欄に掲げるそれぞれの行政庁に対してした申請等とみなす。
附則（昭和六〇年六月一五日運輸省令第二二号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（平成六年三月三〇日運輸省令第一四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成六年四月一日から施行する。
附則（平成一二年九月一日運輸省令第三〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、海上運送法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十一号。以下「改正法」という。）の施行の日（平成十二年十月一日）から施行する。
附則（平成一二年一一月二九日運輸省令第三九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十三年一月六日から施行する。
附則（平成一三年三月一五日国土交通省令第三七号）
この省令は、平成十三年四月一日から施行する。附則（平成一四年六月二八日国土交通省令第七九号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十四年七月一日から施行する。
（経過措置）
第二条 この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式又は書式による申請書、証明書その他の文書は、この省令による改正後のそれぞれの様式又は書式にかかわらず、当分の間、なおこれを使用することができる。
附則（平成一八年四月二八日国土交通省令第五八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、会社法の施行の日（平成十八年五月一日）から施行する。
（経過措置）
第三条 この省令の施行前にしたこの省令による改正前の省令の規定による処分、手続、その他の行為は、この省令による改正後の省令（以下「新令」という。）の規定の適用については、新令の相当規定によってしたものとみなす。
附則（令和六年三月二九日国土交通省令第二六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、令和六年四月一日から施行する。