内閣は、水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）第十八条第一項、第三項、第四項及び第五項の規定に基き、この政令を制定する。
（工事の許可の申請）第一条 水産資源保護法（以下「法」という。）第二十二条第一項の規定による許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該工事の事業計画書及び設計書並びに当該工事が他の法令に基づく行政庁の許可、免許その他の処分を要するものであるときは、当該処分のあつたことを証する書類を添えて、当該保護水面を管理する都道府県知事又は農林水産大臣に提出しなければならない。
一 申請者の氏名又は名称及び住所
二 保護水面における工事の概要及びその区域
三 工事をしようとする理由
（協議又は勧告）第二条 法第二十二条第三項から第五項までの規定による協議又は同条第六項の規定による勧告は、書面をもつてしなければならない。
附則
この政令は、法の施行の日（昭和二十七年六月十六日）から施行する。 水産資源枯渇防止法第四条の規定による補償金の交付方法を定める政令（昭和二十五年政令第三百六十二号）は、廃止する。附則（昭和四三年七月一五日政令第二四一号）
この政令は、法の施行の日（昭和四十三年八月二十九日）から施行する。附則（昭和五三年七月五日政令第二八二号）
（施行期日）
第一条 この政令は、公布の日から施行する。
附則（令和二年七月八日政令第二一七号）
（施行期日）
第一条 この政令は、改正法施行日（令和二年十二月一日）から施行する。
（罰則に関する経過措置）
第五条 この政令の施行前にした行為及び附則第二条の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの政令の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。