漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第百三十三条の規定に基き、遠洋漁業手数料規則を次のように定める。
（手数料の額）第一条 漁業法（以下「法」という。）第百七十五条第二項の手数料の額は、次のとおりとする。
一 漁獲割当割合に係るもの
二 大臣許可漁業に係るもの
三 あざらし等の猟獲等に係るもの
四 鯨体処理場に係るもの
五 法第百八十三条の規定により農林水産大臣が免許を行う漁業権に係るもの
２ 漁獲物又はその製品の輸送又は転載の許可の申請に係る手数料の額についての前項の規定の適用については、当該手数料の額を定める単位として同項に規定する船舶は、法第三十六条第一項の許可を受けた船舶をいうものとする。 （納付の方法）第二条 手数料は、収入印紙を申請書に貼付して納めなければならない。
附則
この省令は、漁業法施行の日（昭和二十五年三月十四日）から施行する。 遠洋漁業手数料規則（昭和二十三年総理庁令、農林省令第十号）は、廃止する。 本則第一条第二項の規定は、前項の場合に準用する。附則（昭和二七年三月一三日農林省令第八号）
この省令は、昭和二十七年三月十四日から施行する。附則（昭和二七年四月二一日農林省令第二九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和三八年一月三一日農林省令第九号）
この省令は、昭和三十八年二月一日から施行する。附則（昭和三八年一二月七日農林省令第六九号）
この省令は、公布の日から施行する。附則（昭和四二年三月二八日農林省令第七号）
この省令は、昭和四十二年四月一日から施行する。附則（昭和五三年四月二八日農林省令第三一号）
この省令は、昭和五十三年五月一日から施行する。附則（昭和五三年七月五日農林省令第四九号）
第一条 この省令は、公布の日から施行する。
附則（昭和五六年五月二二日農林水産省令第二〇号）
この省令は、昭和五十六年六月一日から施行する。附則（昭和五九年五月一五日農林水産省令第一九号）
この省令は、各種手数料等の額の改定及び規定の合理化に関する法律（昭和五十九年法律第二十三号）の施行の日（昭和五十九年五月二十一日）から施行する。附則（昭和六二年三月二五日農林水産省令第三号）
この省令は、昭和六十二年四月一日から施行する。附則（平成三年三月二〇日農林水産省令第八号）
この省令は、平成三年四月一日から施行する。附則（平成三年七月二三日農林水産省令第三五号）
この省令は、平成三年十月十六日から施行する。附則（平成六年三月二四日農林水産省令第九号）
この省令は、平成六年四月一日から施行する。附則（平成九年三月二八日農林水産省令第一六号）
この省令は、平成九年四月一日から施行する。附則（平成一二年三月二四日農林水産省令第三〇号）
この省令は、平成十二年四月一日から施行する。附則（平成一四年三月二七日農林水産省令第一八号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十四年四月一日から施行する。
附則（平成一六年三月一八日農林水産省令第一八号）
この省令は、平成十六年三月二十九日から施行する。附則（平成一八年三月三一日農林水産省令第二二号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十八年四月一日から施行する。
附則（平成一九年七月二五日農林水産省令第六四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成十九年八月一日から施行する。
附則（平成二〇年三月一九日農林水産省令第一四号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十年四月一日から施行する。
（経過措置）
第十二条 この省令の施行前にした行為及びこの省令の附則によりなお従前の例によることとされた事項に係るこの省令の施行後にした行為並びに前条の規定によりなお処分が効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした当該処分に違反する行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
附則（平成二〇年七月二五日農林水産省令第五〇号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十年八月一日から施行する。
附則（平成二四年三月二六日農林水産省令第一七号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成二十四年八月一日から施行する。
附則（平成三一年三月一九日農林水産省令第一六号）
（施行期日）
第一条 この省令は、平成三十一年七月一日から施行する。